一、沿用所有殖民地的“領主制度”
葡萄牙國王在聽取德索薩兄弟的報告後，於是就重新採用雅克斯所提的建議。同時再參照德索薩兄弟實際勘探的經驗，以馬德拉和亞速爾兩群島的領主制度為藍本，在巴西樹立起葡萄牙的新殖民地統治制度。所謂
馬德拉和亞速爾群島的領主制度，就是當這些土地一發現時就分給了葡萄牙貴族，由這些貴族的終身領主和世襲領主兼知事從事開拓。這些世襲領主有極大的權利，除了非常特殊的案件以外，領主手握行政司法大權。所有島上的土地都算是領主私有，不過必須依照法律或特許狀，把適當的土地分給島上移民耕種。凡是島上的農工設備以及商業，都是屬於領主的獨佔特權。例如領主有建造水車之特權，又有按照一定價販賣食鹽之特權。在15世紀中葉以前，所有領內的一切產物，領主都可以徵收什一稅。到了15世紀末葉，這些封建領主就都成了專制君主，除了國王派駐在島上的稅務官以外，國王並不派任何官吏到島上去。
歐洲水車
不過只有傳教士獨享治外法權，因而常常跟領主發生對立衝突。到了16世紀初葉，領主的權利受到了限制，就是由國王派出的官吏，逐漸接替了領主的統治權。葡萄牙國王所以能夠這樣做，是由於葡萄牙已經樹立起中央集權統治，因此當然不允許封建領主的繼續獨立。到後來國王派遣監察官，使領主的權限更加受到限制。這種監察官，是15世紀時為預防領主，法官濫用職權而設。最初是由貴族出任的終身制，可是並沒有達到設置此職預期目的。到了若昂二世時代，為了彌補這項缺陷，才選任忠於王室的法學家為監察官。若昂三世時代，更在1527年再度改革，使監察官更能壓制領主的專制特權，對於整個葡萄牙王權的統一貢獻極大。
古代歐洲貴族
在亞速爾群島裡面，被開發的是以特賽拉和聖米格爾兩島為主，16世紀後半期兩島的白人是一萬人左右，因此農業也逐漸發達，而且有小麥、家畜、染料木等輸出。此外，還經常供應來往船隻的食糧，例如西葡兩國開往新大陸的所有船隻，幾乎都是在這裡裝運沿途所需的糧食。全群島國王的收入也很可觀，1530年是一萬金幣，1582年竟達三萬金幣之多。至於馬德拉群島更為繁榮，雖然面積只有亞速爾群島的三分之二，可是在1557年所繳給國王的稅金也高達三萬金幣。其中島上所產的砂糖和葡萄酒，品質之優良冠甲全歐。把這兩個群島的收入和聖圖美島合起來，那麼葡萄牙王室的收入就多得相當可觀，以1585年為例就有16萬金幣之多。如果以這兩座群島和印度半島的面積來比，那麼印度半島的稅收真是瞠乎其後了。
二、把巴西劃分成十五個移民區
就因為馬德拉群島和亞速爾群島的領主制度，對王室的收入有如此巨大的貢獻，所以葡萄牙政府才要把這個半封建制度，移植到新大陸的巴西去。巴西土地面積遼闊，因此葡萄牙政府就沿著赤道，把巴西全土地劃分成15個移民區，每區的面積是600到1200裡格，其中有12個移民區封給世襲領主。在這些世襲領主的領地內，國王仍然保有下列幾種特權：
(一)國王有徵收關稅之權；
(二)國王有獨佔重要產物之權；
(三)國王有徵收貴金屬五分之一之權；
(四)國王有徵收一切產物十分之一之權。
除了國王所保留的這些特權之外，其餘一切權利都屬於世襲領主支配。不過世襲領主跟國王一樣，也規定有種種特權由自己獨佔。例如有分得貴金屬五分之一之權，有分得普通產物十分之一之權，有分得巴西樹木二分之一之權，此外更有獨佔漁業、製鹽、水車之權。這些世襲領主為了開發巴西，特別請準使用不信基督教的土人為奴隸。同時為了吸收大量的人力來到巴西，不僅歡迎葡萄牙人移民，而且歡迎所有國家的天主教徒遷來巴西。
不過葡萄牙的巴西殖民政府，卻禁止外國人跟土人直接交往，此外葡萄牙移民一切都免稅，而外國商人則必須繳納關稅。三、十五區中只有三區開發最成功
這些形同封建采邑的世襲領主土地，並不是每個移民區都達到了開發效果。因為在15個規劃區當中，實際被經營開發的，只是從聖維森特到伊塔馬拉卡的半數區域，也就是相當於南緯24度到南緯8度之間一帶地方。因為由葡萄牙國王所封的12個世襲領主，有的在赴任途中就沉船葬身大海，有的是因為恐懼土人而棄官逃亡。其中只有開發巴西的原始建議人德索薩，一直到1571年他逝世為止，對於自己領地聖維森特的開發始終不灰心。不過在後半期他本人出任印度總督，而無法在巴西親自督導移民，可是他仍然不斷從印度補充人力物力，把自己的世襲領土建設成模範移民區。
巴西原始森林
葡萄牙的開發巴西，人力方面主要是靠從非洲運來的黑奴，由黑奴大量砍伐原始森林。同時開墾荒地種植玉米，香蕉，菸草，棉花，此外又栽培從大西洋馬德拉群島移植來的甘蔗。1545年就在南部海岸附近開創了聖多斯城(Santos)，1554年耶穌會傳教士又建設聖保羅城。葡萄牙的巴西殖民地，一開始就鼓舞跟土人結婚，所以很快就有混血的第二代出世。
巴西殖民地混血兒越來越多
與聖維森特區為鄰的聖保馬羅區，葡萄牙移民經常遭受土人的襲擊，不得已他們都逃難到聖保羅城。還有聖埃斯皮裡圖區，也由於土人的襲擊和重罪犯人的搗亂，以致無法開墾而完全荒廢。至於塞古魯港，由於區內有很多西班牙移民，所以對於漁獵與森林砍伐事業都很成功。在伊雅奧區，雖然曾經大量栽種甘蔗，但是由於世襲領主和移民不和，最後也弄得沒什麼成績。只有北部的伯南布哥區，所種植的甘蔗與棉花都極成功，其繁榮可比德索薩的聖維森特，1535年，並且在區內建設奧林達城。總而言之，在15個區當中，開發成績最好的只有三區而已，其餘各州都很晚以後才逐漸開發。不過總計來說，葡萄牙巴西殖民地的開放，在人力物力方面都微弱得很可憐。就拿成績最好的聖維森特來說，在殖民地開始的第14年，白人才增到600人，其餘的全部都是當地的紅番和非洲黑人。1550年全巴西殖民地，連白人帶黑人合計才5000人而已。
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