中國生產了佔世界總量16%的糧食，但卻使用了佔世界31%的化肥，如果按糧肥比例測算，化肥完全可以減半。
不合理的農用化學品的投入等問題，讓耕地不堪重負，土傳病害增加、土壤有機質下降、酸化、板結、鹽漬化和重金屬超標，直接影響到了農產品安全。
“鎘大米”事件曾引發社會廣泛關注，為我們敲響了土壤汙染的警鐘。近期，環境保護部和國土資源部又聯合發佈了全國土壤汙染狀況調查公報。
結果顯示，在實際調查面積630萬平方公里中，全國土壤環境狀況總體不容樂觀，部分地區土壤汙染較重，全國土壤總超標率16.1%，土壤汙染已成為我國許多地方的“公害”。
農業部微生物肥料質量監督檢驗中心主任李俊表示，由於長期使用化肥肥料，導致農業生產出現一系列問題，加上中國耕地複種指數高和連作生產，土壤持續生產能力、肥料利用率下降，土壤質量、農產品質量安全問題日益嚴重，而解決這些問題，離不開微生物肥料。
另外相關土肥專家建議，可以通過農藝手段如增加土壤有機質、施用土壤調理劑、採用生物吸收法等能夠鈍化、減輕甚至修復大多數的超標土壤。
特別是向土壤中施入微生物肥料將是土壤生態修復的重要發展方向。
為什麼微生物肥料是土壤汙染的“剋星”？
首先，我國土地施肥存在的問題是：重數量、輕質量、重無機、輕有機，造就化肥增產效果逐漸降低;氮肥平均利用率為30%~35%，磷肥平均利用率為10%~20%，鉀肥平均利用率為35%~50%;發達國家氮磷鉀肥利用率均達到50%左右。
我國土壤有機質不足世界平均水平的一半，土壤肥力面臨衰竭，土壤變得板結，保水保肥能力下降，造成化肥吸收利用率很低，平均利用率接近30%，先進國家接近60%---也就是說我們有一半的化肥沒被吸收，而流失進入了環境，中國每年化肥使用量近6000萬噸，居世界第一。
土壤酸化滋生真菌，青枯根、腐根、腫病、線蟲害加重;氫離子對吸收其它陽離子生產拮抗作用，土壤結構被破壞，土壤板結，各種離子大量析出對作物產毒害作用。優勢微生物具有：土壤抗性，物質轉化，土壤健康，環境容量，養分循環，緩衝性能。
土壤汙染的主要因素有：農用殘膜、放射性元素、病菌物質，重金屬、抗生素、化肥農藥，影響農作物生長和農產品品質進而影響人類健康。
然而，微生物肥料修復土壤的基本原理是在適當的條件(水分、溫度、pH值等)下，肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優勢菌群，促進土壤生態系統中碳、氮、氧等元素的良性循環，從而修復土壤生態環境系統，使生態系統達到新的穩定的平衡。
其中，微生物肥料對無機汙染物的修復機理是微生物肥料進入土壤生態系統後，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過自身的生物反應，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害;
同時肥料中的微生物菌可以將重金屬固定，促使土壤中活性重金屬變為有機結合態，形成過濾層和隔離層，降低作物對土壤中重金屬的吸收，從而避免了土壤中重金屬等有害物質或其分解產物通過“土壤植物人體”，或通過“土壤水人體”間接被人體吸收，損害身體健康。
微生物肥料在對土壤中農藥等有機汙染物修復方面的作用是降低病蟲害的防治次數，降低農藥的使用量，從而減少農藥在作物中的殘留量。
其一，微生物肥料能改變土壤耕作層微生物區系，在作物根系周圍形成優勢菌落，從而強烈抑制病原菌繁殖，降低病蟲害發生次數;
另一方面，微生物在其生命活動過程中產生多種物質，如激素類、腐植酸類以及抗生素類，這些物質能刺激作物生長健壯，增強作物自身抗病害能力。
農業部微生物肥料和食用菌質檢中心主任李俊認為，“該種肥料市場前景可觀，預計‘十三五’結束時，年總產量比現在翻一番，達到3000萬噸左右。”
因此，微生物肥料在我國的食品安全、環境保護和農業可持續發展中具有十分重要的地位和作用，而且會越來越重要。
再次，國家支持微生物肥料發展，同時鼓勵進行微生物肥料在“土壤調理”方面的技術研發。
生物產業是我國七大戰略性新興產業之一，生物肥料部分則是生物產業的重要部分。
最後，微生物肥料具有“四兩撥千斤”的獨特功能，既能活化土壤，提升肥效，又能保障農產品質量安全，是農業可持續發展不可缺失的投入品。
同樣，微生物肥料功能多樣，能夠充當分解者(秸稈分解、土壤有毒有害物質降解)、轉化者(磷、鉀、鈣、鎂等養分的有效形態轉化)、生產者(生物固氮、產生各種促生物質)等。
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