EM益生菌中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亚硝酸盐，从而分解养殖池中的排泄物和残饵，改善水质，减少鱼病发生。
1、减少病原微生物和不良藻类；明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，提高成活率。据有关试验表明，EM益生菌可使蟹苗成活率提高近一倍，中华石斑鱼成活率由30％提高到70％以上。
2、浮游动物、有益藻类增多。特别是枝角类、水蚯蚓等明显增多。
3、稳定和改善水质。使用后水体清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能长时间保持较高透明度，减少池塘换水次数。
4、促进鱼虾生长，增重率明显提高。厦门某大学在小面积对虾养殖试验中发现，同等条件下，使用EM益生菌的池塘对虾可提前10-15天上市，平均亩产提高20～35％。另有试验表明，亲鳖池使用EM益生菌后，亲鳖产卵量增加20％以上，产卵时间可延长近30天，且鳖蛋孵化率达92%。
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