EM益生菌中的光合菌還能利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亞硝酸鹽，從而分解養殖池中的排洩物和殘餌，改善水質，減少魚病發生。
1、減少病原微生物和不良藻類；明顯增強養殖對象的免疫力和抗病性，提高成活率。據有關試驗表明，EM益生菌可使蟹苗成活率提高近一倍，中華石斑魚成活率由30％提高到70％以上。
2、浮游動物、有益藻類增多。特別是枝角類、水蚯蚓等明顯增多。
3、穩定和改善水質。使用後水體清爽，不臭不腐，無硫化氫、氨氣等異味，能長時間保持較高透明度，減少池塘換水次數。
4、促進魚蝦生長，增重率明顯提高。廈門某大學在小面積對蝦養殖試驗中發現，同等條件下，使用EM益生菌的池塘對蝦可提前10-15天上市，平均畝產提高20～35％。另有試驗表明，親鱉池使用EM益生菌後，親鱉產卵量增加20％以上，產卵時間可延長近30天，且鱉蛋孵化率達92%。
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