合夥企業股權轉讓所得適用的稅率一直是爭議較大的問題。從各地徵管實踐來看，對合夥企業股權轉讓所得存在兩種徵稅方式，一是按“生產、經營所得”適用5%-35%累進稅率，二是按“財產轉讓所得”適用20%稅率。
在前段時間接到的諮詢中，合夥企業轉讓持有的股權適用20%稅率引起稅局關注，在經過漫長協商、協調後，合夥企業按5%-35%累進稅率補繳稅款、滯納金，但是對於合夥企業內部滯納金的承擔，各合夥人之間產生了矛盾，這究竟是什麼情況？
A企業是設立在B市的有限合夥企業，擁有普通合夥人一名，有限合夥人五名，其中普通合夥人負責執行A企業的日常經營管理，其他五名有限合夥人是“甩手掌櫃”。
2017年年末，A企業將持有的C市某公司股權協議轉讓給第三方，約定轉讓方自行辦理納稅事項。轉讓協議生效、完成股權變更登記後，A企業依法計算股權轉讓所得，根據合夥協議在合夥人之間分配，並按照“財產轉讓所得”20%稅率代扣代繳合夥人個人所得稅。
2018年初，由於某合夥人的外部矛盾，B市稅局接到舉報，稱A企業取得鉅額股權轉讓收益而未依法納稅。隨後，B市稅局向A企業作出《稅務事項通知書》，告知“經我分局對你單位投資者生產經營所得個人所得稅申報納稅情況進行檢查，發現你單位投資者未如實辦理納稅申報”，通知“限你單位於2018年3月31日前如實辦理投資者生產經營個人所得稅年度彙算清繳”。
經與稅局溝通，A企業得知稅務機關並不認可其對股權轉讓所得適用20%稅率代扣代繳合夥人個人所得稅，認為其編造虛假的計稅依據、進行虛假納稅申報，擬移交稽查局進行稅務處理、處罰。
案件講到這裡便牽涉到合夥企業股權轉讓適用稅率的問題。儘管這個問題屬於老生常談，但是我們嘗試從該項所得的性質來進行分析。
首先需要明確的是，單從現行稅收法律、法規、規章來看，無論按“生產、經營所得”適用5%-35%稅率，還是按“財產轉讓所得”適用20%稅率，均具有法律依據。
國務院《關於個人獨資企業和合夥企業徵收所得稅問題的通知》（國發[2000]16號）規定：自2000年1月1日起，對個人獨資企業和合夥企業停止徵收企業所得稅，其投資者的生產經營所得，比照個體工商戶的生產、經營所得徵收個人所得稅。
財政部、國家稅務總局《關於印發的通知》（財稅〔2000〕91號）規定：合夥企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的餘額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算徵收個人所得稅。收入總額，是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入，包括商品（產品）銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營業外收入。
《個體工商戶個人所得稅計稅辦法》（國家稅務總局令第35號）規定：個體工商戶從事生產經營以及與生產經營有關的活動取得的貨幣形式和非貨幣形式的各項收入，為收入總額。包括：銷售貨物收入、提供勞務收入、轉讓財產收入、利息收入、租金收入、接受捐贈收入、其他收入。(2018年國家稅務總局令第44號予以修正，但該條未變）
因此對合夥企業的個人投資者取得股權轉讓所得，按5%-35%的稅率徵稅的邏輯是這樣的：
合夥企業個人投資者比照個體工商戶徵收個人所得稅——個體工商戶生產經營收入包括財產轉讓收入——股權轉讓收入屬於財產轉讓收入——股權轉讓作為個體工商戶“生產經營收入”按5%-35%徵稅。
而對合夥企業的個人投資者取得股權轉讓所得，按20%的稅率徵稅的法律依據與邏輯則為：
在我國民法體系中，個體工商戶和農村承包經營戶均為“自然人”的特殊形式，法律地位視為自然人。例如，《民法總則》中“個體工商戶和農村承包經營戶”屬於第二章“自然人”下的第四節。
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2014年第67號）規定：個人轉讓股權，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用後的餘額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅。
即：合夥企業個人投資者比照個體工商戶徵收個人所得稅——個體工商戶屬於自然人——自然人轉讓股權按20%徵稅。
那麼，在均符合法律規定的情況下，這兩種稅率，哪一種更具有合理性？我們認為，按“財產轉讓所得”適用20%稅率更符合稅法原理，理由如下：
1.合夥企業屬於所得稅的稅收透明體，對於自然人有限合夥人取得所得性質的界定，不應該由於稅收透明體的存在而導致性質發生改變。總局其實已經意識到這一點。總局《關於個人獨資企業和合夥企業投資者徵收個人所得稅的規定執行口徑的通知》（國稅函[2001]84號）規定，個人獨資企業和合夥企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不併入企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。如果股息紅利按20%，而財產轉讓仍舊按生產經營所得適用5%-35%稅率，既不符合稅制原理，也會造成新的稅制不公。
2.總局對國務院國發[2000]16號中“生產經營所得”進行了不當的擴大解釋。無論是總局《關於個人獨資企業和合夥企業投資者徵收個人所得稅的規定》，還是《個體工商戶個人所得稅計稅辦法》，均“一刀切”地將財產出租或轉讓收入、利息收入均歸於生產經營所得，而忽視了財產出租或轉讓收入、利息收入的性質與生產經營所得本身的性質存在的根本不同。在我國收入分配製度中，財產出租或轉讓收入與生產經營收入分屬於按生產要素分配中的資本要素與勞動力要素，二者性質存在根本不同。且在稅法對個人從按資本要素分配中取得的收入與從按勞動力要素分配中取得的收入作出區別對待的情況下，以應當對合夥企業這樣的稅收透明體也作出區分。
3.國發[2000]16號文和財稅[2000]91號文發佈時適用的《合夥企業法》尚未允許有限合夥企業，2006年《合夥企業法》修訂正式增加了這一形式，但稅收政策並未及時修訂，屬於稅收政策滯後，導致與現實的脫節。因此，地方根據修訂後的法律對新出現的有限合夥的自然人合夥人股權轉讓收入按20%稅率徵稅更具有合理性。
我們再回到案件，稅務機關顯然固執己見，要求A企業適用3%-35%稅率補繳稅款、滯納金，甚至以“經通知繳納而未繳納”暗示將對本案定性偷稅進行處罰，A企業最終同意稅局方案，補繳了稅款、滯納金。
但是，對於這筆滯納金損失，合夥企業內部產生了矛盾。五名有限合夥人皆認為自己在本案中沒有過錯，普通合夥人作為合夥企業事務執行人，導致合夥企業代扣代繳錯誤，該筆滯納金損失應由普通合夥人承擔。而普通合夥人則辯稱，適用20%稅率申報是所有人默許的，政策變化引發的風險不能歸因於個人，滯納金損失應當由全體合夥人共同承擔。
最終，合夥人之間矛盾加深，合夥不歡而散。
我們認為，從法律規定而言，滯納金應由每一個合夥人根據少繳的稅款來承擔，但是具體該筆損失是否應當由執行合夥企業事務的普通合夥人承擔，需要結合合夥協議的約定，考察普通合夥人是否全面履行忠實勤勉義務。
本案的啟示在於，第一，投資人、合夥企業在作出投資行為前對當地的稅收政策深入調研，加強與當地稅務機關的溝通，確保適用優惠政策的連續性、穩定性，能夠將稅務機關意見形成書面材料的，儘量形成書面文件，以保障自身合法權益；第二，合夥協議需要明確各方權利與義務，制定糾紛相應機制，而非一味相互推卸責任，維護自己利益。應當明確的是，合夥企業貴在人的聯合，不能同心，豈能同行。
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