注：論文來源於《新英格蘭醫學雜誌》，作者用中文翻譯軟件加以翻譯，並以未來疾控人的角度來剖析論文傳達的觀點，該文解讀只代表作者的觀點，因水平有限難免有瑕疵。
來自於醫學生未來疾控的個人觀點：
在疫情下，各種媒體報道參差不齊，我也做過自媒體，很多表達的觀點都是隨風而動，沒有自己獨立的見解，之前的李文亮醫生的報道，一會是謠言，一會是英雄。更有甚者大型媒體翻車現場，謠言四起，對於那些我們要採取理性的眼光來看待，能夠擁有用智慧的雙眼來看“世界”。對於高福中國疾控中心主任的網上指控，因為他耽誤了武漢，這是荒謬的言論，第一，作為中國科學院院士，他寫的論文對於疾控的後續工作有一定的指導作用，第二，他寫的論文不是單一為了個人利益，論文背後有感謝武漢疾控中心的數據結果，縱觀他的翻譯後的中文論文結果，可以看出他的論文是相關疾控中心努力的結果，第三，他是中國科學院院士，專長在於學術，科學院院士相對於工程院院士學術價值相對較高但實踐能力相對較弱;第四，他的初心和使命也是為了關心中國人的生命健康，網上流傳他時獸醫發家，這無可否認，但本科期間不影響一個人未來的發展，後續他考取了碩士研究生、國外名校博士生的生化專業等相關醫學專業，評判一個人不能以過去的觀點來看現在，傳染病學研究中，有75%以上的傳染源來自於動物，人不也是最高級的動物。我們人類總是稱自己為“人”，但我們也是動物，一個站在生物鏈最頂端的動物，“物競天擇，適者生存”，但大自然法則面前，人類畢竟不是“神”，每個生物都有其存在的價值，所以自新冠肺炎疫情結束後，野生動物你還吃嗎?事實和推測不能混為一談，對於他人的評價，請留給時間來檢驗吧!疫情過後，我們每個人應該給這個世界一個交代了，世界怎麼了，我們怎麼辦?
解讀內容
背景
新冠狀病毒(2019-NCoV)感染肺炎(NCIP)的初發病例分別於2019年12月和2020年1月發生在湖北省武漢市。對武漢市首425例確診病例資料進行分析，以確定NCIP的流行病學特徵。(屬於新發感染病，造成地區性或國際性公共衛生問題的新識別和以往未知的感染病，目前截至到2020.2.26日已有78191感染病例，世衛組織正式對其命名為COVID-19)
方法
我們收集了到2020年1月22日已報告的NCIP實驗室確診病例的人口特徵、暴露史和疾病時間表的信息。我們描述了這些病例的特點，並估計了主要的流行病學時滯分佈。在指數生長初期，我們估計了流行倍增時間和基本生殖數。
結果
在首425例確診的NCIP患者中，中位年齡為59歲，男性佔56%。大多數病例(55%)在2020年1月1日前發病，與華南海產批發市場有關，而隨後發病的病例佔8.6%。平均潛伏期為5.2d(95%可信區間[CI]，4.1~7.0)，95%可信區間為12.5d。在其早期階段，這一流行病的規模每7.4天翻一番。平均連續間隔7.5d(95%CI，5.3~19)，基本生殖數為2.2(95%CI，1.4~3.9)。(結合新增確診患者接近1個月的數據，從現在看過去分析其研究成功的正確性，平均7.4天翻一番，從最初的武漢到全國播散開來，但後期武漢採取了封城的舉措，進一步降低新冠肺炎的擴散速度)
結論
根據這些信息，有證據表明，自2019年12月中旬以來，密切接觸者之間發生了人與人之間的傳播。如果其他地方也有類似的動態，將需要作出相當大的努力來減少傳播(後續的武漢封城，是傳染病學中的“切斷傳播途徑”的方法)，以控制疫情爆發。應在高危人群中實施預防或減少傳播的措施。(由中國科技部等資助)
自2019年12月以來，武漢這個擁有1100萬人口的大城市已經發現了越來越多的新型冠狀病毒(2019-nCoV)感染肺炎(NCIP)病例。1-32019年12月29日，當地醫院利用2003年嚴重急性呼吸綜合徵(SARS)爆發後建立的“不明原因肺炎”監測機制，確定了與華南(中國南方)海鮮批發市場有關的前4例病例，目的是及時發現2019年-nCoV等新型病原體。4最近幾天，中國其他城市和世界上十幾個國家都發現了感染病例(截至2月26日，肺炎新冠肺炎韓國增至1261例。死亡12人)。5本文對武漢市首例425例實驗室確診病例進行了分析，以描述NCIP的流行病學特徵和傳播動態。
方法
數據來源
最早的病例是通過“不明原因肺炎”監測機制確定的。4病因不明的肺炎被定義為一種沒有病原體的疾病，該疾病符合以下標準：發熱(≥38°C)，肺炎的影像學證據，低或正常白細胞計數或低淋巴細胞計數，以及抗菌藥物治療3至5天后，按照標準的臨床指南沒有症狀改善(根據後續修訂版的中國疫情防護指南，主要為發熱、乾咳、乏力、呼吸不暢等作為主要診斷症狀)。為了應對肺炎病例的鑑定，並努力提高早期發現的敏感性，我們於2020年1月3日製定了一項量身定做的監測方案，以確定潛在病例，採用以下病例定義。1一旦發現疑似病例，將通知由中國疾病控制和預防中心(中國疾控中心)成員組成的聯合現場流行病學小組以及省、市和地級疾病預防控制中心開展詳細的實地調查，並收集呼吸道標本，以便在北京的中國疾病控制和預防研究所進行集中檢測。一個由中國疾控中心和當地疾病控制中心工作人員組成的聯合小組對所有2019年-nCoV疑似病例和確診病例進行了詳細的實地調查。(後續疾控中心的舉措按每日進行上報疫情的發展狀況)
通過對感染者、親屬、密切接觸者和保健工作者的訪談，將數據收集到標準化表格上。(顯性感染者容易區分，直接通過外部臨床症狀進行區分，而隱形感染者和病毒攜帶者狀態以及潛伏期感染不容易區分，此時舊有的檢測手段很難區分出，對於隱形感染者可以通過免疫學診斷方法來區分，而對於攜帶者一定要仔細是篩查，新冠肺炎的感染性較強，此時需要採取科學化的診斷措施，且經濟高效，後續的診斷性試劑就是該法的應用)我們收集了有關疾病發生日期、臨床設施訪問、住院和臨床結果的信息。通過訪談和現場報告收集流行病學數據。調查人員在必要時採訪了每個感染患者及其親屬，以確定發病前2周的接觸史，包括接觸任何野生動物的日期、時間、頻率和模式，特別是那些據稱可在武漢華南海鮮批發市場獲得的野生動物，或暴露於任何相關環境，如該特定市場或其他溼市場。還包括了與有類似症狀的其他人接觸的信息。在現場調查期間收集到的所有流行病學信息，包括接觸史、事件時間表和密切接觸鑑定，都與來自多個來源的信息進行了交叉核對。還調查了病人在發病前2周訪問過的家庭和地點，以評估可能發生的動物和環境接觸情況。數據一式兩份輸入中央數據庫，並用EpiData軟件(EpiDataAssociation)進行核實。
案例定義
疑似NCIP的初步工作病例定義以2003年和2012年世界衛生組織(世衛組織)建議的SARS和中東呼吸綜合徵(MERS)病例定義為基礎。6-8一例疑似NCIP病例被定義為符合以下四項標準的肺炎：發燒，有無記錄體溫;肺炎的影像學證據;白細胞計數低或正常或淋巴細胞計數低;按照標準的臨床指南，抗菌藥物治療3天后症狀沒有減少，或符合上述前三項標準，並與華南海產批發市場有流行病學聯繫，或與其他有類似症狀的患者接觸。確定疑似病例的流行病學標準於2020年1月18日更新，一旦獲得關於已查明病例的新信息。標準如下：在發病前14天內，有前往武漢的旅行史或與有發燒或呼吸道症狀的武漢患者直接接觸。9確診病例是指通過以下三種方法中的至少一種方法檢測出對2019年-nCoV呈陽性的呼吸道標本的病例：2019年-nCoV的分離或2019年-nCoV的實時reverse-transcription–polymerase-chain-reaction(RT-PCR)檢測的至少兩個陽性結果，或與2019年-nCoV相匹配的基因序列。
實驗室測試
2019年-nCoV實驗室測試是根據世衛組織先前的建議進行的。10取患者上下呼吸道標本。用2019-nCoV特異性引物和探針對RNA進行實時RT-PCR檢測.在湖北(省)疾病預防控制中心的生物安全二級設施以及中國疾控中心的國家病毒疾病控制研究所進行了測試。如果兩個靶標(開放閱讀框1a或1b，核衣殼蛋白)經特異性實時RTPCR檢測呈陽性，病例將被認為是實驗室確認的。將小於37的循環閾值(CT-值)定義為陽性試驗，CT值為40或40以上為陰性檢驗。中等負荷，定義為37至小於40的CT值，需要通過重新測試確認.如果重複CT值小於40，出現明顯的峰值，或重複CT值小於37，則認為重測為陽性。基因組通過三種方法之一從患者支氣管肺泡灌洗液中確定：Sanger測序、Illumina測序或納米粒測序。在中國疾控中心的3所強化生物安全實驗室中，將呼吸道標本接種到細胞中進行病毒分離。3
統計分析
根據發病日期建立疫情曲線，並對與疫情識別和控制措施有關的關鍵日期進行疊加，以輔助解釋。描述了病例特徵，包括人口學特徵、接觸情況和衛生保健工作者的狀況。潛伏期分佈(即從感染到發病的時間延遲)是通過將一組病例的接觸史和發病日期的數據擬合成對數正態分佈來估算的，並提供了詳細的資料。通過擬合威布爾分佈，對發病日期、第一次醫療檢查和有詳細資料的病例的入院情況進行了估計。我們對聚類調查的數據進行了伽馬分佈的擬合，以估計序列間隔分佈，定義為傳播鏈中連續病例發病日期之間的延遲。
我們通過分析12月10日至1月4日期間發病病例的數據來估計疫情增長率，因為我們預計在12月31日武漢正式宣佈疫情爆發後，確診感染的比例將很快增加。我們擬合了與華南海產批發市場無關的人畜共患病傳播模型(用更新方程建立)，並利用該模型推導出流行病增長率、流行病倍增時間和基本生殖數(R)。0)，它的定義是一個病例在其傳染期內在其他未受感染的人口中平均會產生的額外病例的預期數目。在SARS序列間隔的基礎上，對序列間隔採用信息先驗分佈，均值為8.4，標準差為3.8。11
潛伏期、連續間隔期、生長率和R值的分析0用MATLAB軟件(MathWorks)完成。其他分析是使用SAS軟件(SAS研究所)和R軟件(統計計算基礎R)進行的。
倫理認可
中華人民共和國國家衛生委員會確定，病例數據收集和分析以及密切接觸是持續公共衛生疫情調查的一部分，因此被認為不受機構審查委員會的批准。
結果
圖1.武漢地區首例425例新冠狀病毒(2019-nCoV)感染肺炎(NCIP)的發病情況。
這一流行病的發展是在病例呈指數增長的情況下出現的，最近幾天的下降很可能是由於對最近發病和延遲鑑定和報告的病例的確定不足，而不是發病率的真正轉折點(圖1)。具體而言，曲線的後半部分並不表示事件數量減少，而是由於截止日期的案件確定延遲。考慮到隨著時間的推移，隨著時間的推移，檢測包的供應和使用有所增加，因此在1月份解釋病例增長速度時應注意。在最早的病例中，大多數包括據報暴露在華南海產批發市場的病例，但從12月底開始，無關聯病例的數量呈指數增長。
表1.武漢市2020年1月22日新型冠狀病毒感染肺炎患者特徵分析。
年齡中位數為59歲(15~89歲)，其中男性240例(56%)。沒有15歲以下兒童的病例。我們研究了三個時期的病例特徵：第一階段是1月1日前發病的患者，即華南海產批發市場關閉的日期;第二階段是1月1日至1月11日之間的發病期，即向武漢提供RT-PCR試劑的日期;第三階段是1月12日或之後發病的患者(表1)。發病較早的患者稍微年輕一些，更有可能是男性，更有可能向華南海產批發市場報告暴露情況。在這三個時期，醫護人員的個案比例逐漸上升。表1).
圖2.關鍵時間到事件分佈。
圖3.包括16例在內的五個組的接觸情況和發病日期的詳細資料。
我們檢查了10例確診病例的接觸數據，估計平均潛伏期為5.2天(95%可信區間[CI]，4.1至7.0)，分佈的第95百分位數為12.5天(95%CI，9.2至18)(圖2A)。我們獲得了5組案例的信息，如圖3。根據6對病例的發病日期，我們估計序列間隔分佈的平均(±SD)為7.5±3.4d(95%CI，5.3~19)。圖2B).
在截至2020年1月4日的流行曲線中，疫情增長率為0.10/日(95%CI，0.050~0.16)，倍增時間為7.4d(95%CI，4.2-14)。利用上面的序列區間分佈，我們估計了R0為2.2(95%CI，1.4~3.9)。
據估計，在1月1日前，45名發病病人從發病到首次就醫的時間平均為5.8天(95%CI，4.3至7.5)，與1月1日至1月11日期間207名發病患者相似，平均4.6天(95%CI，4.1至5.1)(圖2C)。44例1月1日前發病的患者，從發病到入院的平均時間為12.5天(95%CI，10.3~14.8)，長於1月1日至11日發病189例(平均9.1天;95%CI，8.6~9.7)。圖2D)。我們沒有為1月12日或以後發病的患者繪製這些分佈圖，因為那些最近發病和持續時間較長的患者尚未被發現。
討論
在此，我們對NCIP的傳播動力學和流行病學特徵進行了初步評估。雖然最早的病例大多與華南海產批發市場有關，患者可能是通過人畜共患病或環境接觸而感染的，但現在很明顯，人與人之間的傳播已經發生，最近幾周這種流行病正在逐步增加。我們的研究結果為進一步的分析提供了重要的參數，包括對控制措施的影響的評估和對未來感染蔓延的預測。
我們估計了一個R0大約2.2，這意味著平均每個病人已經向其他2.2人傳播感染。一般來說，只要R，流行病就會增加。(此時要引入超級傳播者的概念，即一個人能夠傳染多人，此時要注意交叉感染現象的發生)0大於1，而控制措施的目標是將生殖數減少到小於1。0據估計大約在3歲左右(而根據中國新聞網報道的《背北京年齡最小的新冠肺炎患者出院四世同堂7人均感染》報道最小的人為6個月)，12通過病人隔離和精心控制感染，成功地控制了SARS的爆發。13就NCIP而言，控制方面的挑戰包括明顯存在許多輕微的感染。14隔離病例和隔離密切接觸者的資源有限。R的估計0僅限於1月4日，因為對疫情的認識的提高以及最近幾周更多地提供和使用檢測將增加確定的感染比例。隨後在武漢以及最近在國內其他地方和海外採取的控制措施可能降低了傳染率，但在其他國內地點和世界各地發現越來越多的病例表明，這一流行病的規模繼續擴大。雖然1月23日以來武漢及周邊城市的人口檢疫措施應能減少向全國和海外地區的病例出口，但目前當務之急是確定其他地區是否發生了類似程度的局部傳播(從2.26日的結果來看。武漢封城後仍有輸入性感染病例，疫情仍有向外擴散的趨勢，也造成了類似的局部傳播，如安徽的聚集性感染疫情)。
值得注意的是，早期病例很少發生在兒童身上，425例病例中幾乎有一半發生在60歲或60歲以上的成年人身上，儘管我們的病例定義明確規定了足夠嚴重的疾病，需要醫療照顧，這可能因並存的情況而有所不同。此外，兒童感染的可能性可能較小，或如果被感染，症狀可能較輕，這兩種情況中的任何一種都會造成確診病例數量中代表性不足的原因。在第一波疫情之後，Serosurveys會澄清這個問題。雖然在醫護人員中發現了感染，但這一比例並沒有SARS和MERS爆發期間那麼高。15SARS和MERS暴發的特徵之一是傳播的異質性，特別是傳播超廣泛性事件的發生，尤其是在醫院。16目前還沒有發現NCIP的超級傳播事件，但隨著疫情的發展，它們可能會成為一種特徵。
雖然從發病到求醫之間的延遲時間一般較短，27%的病人在發病後2天內尋求治療，但住院延遲時間要長得多，89%的病人至少要到疾病第5天才住院。圖2)。這表明在疾病的早期階段很難識別和隔離病例。可能有必要投入大量資源，在門診和急診室進行檢測，以便主動發現病例，這既是在沒有局部擴散的地方採取遏制戰略的一部分，也是為了能夠更早地對病例進行臨床管理。這種方法還將提供關於亞臨床感染的重要信息，以便更好地評估嚴重程度。
我們對潛伏期分佈的初步估計為支持14天的醫學觀察期或接觸者檢疫提供了重要證據。我們的估計是根據10個案件的資料作出的，有些不準確;重要的是進一步研究提供更多關於這一分佈的資料。當獲得更多關於NCIP流行病學特徵的數據時，將與SARS和MERS的相應特徵以及人類流行的四種冠狀病毒進行詳細的比較。
我們的研究通常存在對一種新出現的病原體的感染進行初步調查的侷限性，特別是在早期階段，當時對疫情的任何方面都知之甚少，而且缺乏診斷試劑。為了提高早期發現和診斷的敏感性，在病例識別過程中考慮了流行病學史，一旦獲得更多的信息，就會不斷修改流行病學史。在1月11日將PCR診斷試劑提供武漢後，可以更容易地發現確診病例，從而縮短了病例確認的時間。此外，最初發現病例的重點是肺炎患者，但我們現在瞭解到，有些病人可能出現胃腸道症狀，而且也有兒童無症狀感染的報告。17早期感染與不典型的表現可能已經錯過，很可能是輕微的臨床嚴重程度的感染已被低估確定的確診病例。18我們沒有關於疾病嚴重程度的詳細信息，以納入這一分析。
總之，我們發現在這個階段，武漢的NCIP病例已經翻了一番，大約每7.4天就有一次。人與人之間的親密接觸傳播自12月中旬以來一直在發生，並在此之後的一個月內逐漸蔓延開來。下一步的緊急步驟包括確定最有效的控制措施，以減少社區內的傳播。工作病例的定義可能需要改進，因為更多的瞭解流行病學特徵和爆發動態。應繼續監測病例的特點，以查明流行病學方面的任何變化-例如，年輕人或保健工作人員感染病例的增加。未來的研究可以包括對流行病動態的預測，以及在家庭或其他地方人與人之間傳播的特別研究，而確定亞臨床感染髮病率的血清學將是有價值的。14這些初步推斷是在一份“名單”上作出的，其中包括關於每一確診病例的詳細個人資料，但可能很快就會出現太多的病例，無法維持這種監測辦法，可能需要採取其他辦法。(後續浙江等地方陸續研發出相關診斷性試劑投入使用，在初期報道的時候存在滯後性，根據後續的專家解讀，以及前一段時間疫情的大規模爆發是普及式調查結果，從某種程度上來說)19
支持科學技術部中國，國家科技重大項目(2018ZX10201-002-008-002，2018ZX101002-003)，中美新興和再發傳染病合作項目，國家重大傳染病項目(2018ZX10201002-008-002)，國家自然科學基金(71934002)國家過敏和傳染病研究所(流感研究和監測英才中心[CEIRS]合同號：HHSN272201400006C)衛生和醫學研究基金(香港)。在研究設計和數據的收集、分析和解釋方面，或在撰寫文章和決定將其提交出版方面，沒有任何資助者發揮任何作用。研究人員證實他們獨立於資助者和贊助者。
李、關、吳、王博士、楊博士、梁振良博士、馮中鋒博士對本文的貢獻是相同的。
本文所表達的觀點是作者的觀點，並不代表中國疾控中心的官方政策。所有作者都宣佈，沒有任何關係或活動可能會影響到這項工作。
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