公元318年3月，西晋皇帝被害的消息传到建康，西晋宗室，琅邪王司马睿为之服丧举哀。三天之后，司马睿继承晋统，即皇帝位，建立东晋。
就在司马睿的登基仪式上，发生了千百年来罕见的一幕。晋元帝司马睿整理好衣冠，在庄严的鼓角中登上大殿中的台阶，走向御座，他的文武百官神情肃穆，仰望着皇帝的背影，一切都中规中矩。突然，司马睿转过身来走下台阶，从底下的群臣中拉出一个人来，毕恭毕敬地说："仲父，我一个人坐那个位子，心中忐忑，请你一块跟我坐上去好不好?"
此言一出，百官色变，互相看了看，被称为"仲父"的大臣连连摆手说："不行不行！您是皇帝，好像太阳一样，假如太阳和万物同辉，臣子们又该瞻仰谁呢？"司马睿却不这样认为，坚持要拉"仲父"上座，好像要热心挽留客人，绝不放手，"仲父"则坚决推辞。双方拉拉扯扯三四个回合，司马睿看"客人"确实没有留下来跟自己做伴的意思，这才罢手，当起了孤家寡人的皇帝。
这一幕，估计在历史上可以被称为"空前绝后"。被皇帝拉扯的不是别人，乃是当时江南大族的代表人物王导。
东晋建立后，王导担任宰相，王敦则掌握长江中下游的军队，形同割据，弟兄两人出将入相一内一外帮助司马睿撑起了局面，王氏权势甚至盖过了司马氏，所以当时人们说了这么一句，意味深长而又符合实际的话："王与马，共天下。"
实际上，东晋从建立那天起，其政权就处于风雨飘摇之中。之所以还能维持一百多年完全是因为几个世家大族势力均衡的结果。而东晋立国六十年前后所经历的内忧外患几乎把东晋王朝送上了灭亡之路。
东晋时期，皇帝无能，皇室衰微。因而跃跃欲试想做皇帝的人很多，但最终取代东晋的却是寒族出身的北府君将领刘裕。
公元371年，谢安被升任侍中，开始进入了中央政权。这一年对东晋朝廷来说是十分关键的一年。手握兵权的桓温本想立功中原以提高自己的声望，没想到被前燕名将慕容垂打得惨败。为了重立威名，桓温废帝又立帝。此时的谢安洞悉老上司桓温的野心，准备尽忠匡扶朝廷，竭力不让桓温篡权的图谋得逞。
咸安二年（372），即位不到一年的简文帝就在愤怒和恐惧中死去，太子司马曜即位，是为孝武帝。原来满心期望简文帝会把皇位禅让给自己的桓温大失所望，他于宁康元年（373）二月率军来到建康城外，准备伺机篡政。当时桓温在新亭预先埋伏了甲兵，下令召见谢安和王坦之。建康城中人心惶惶，人们纷纷传说桓温要大开杀戒，王坦之非常害怕，找谢安商量应对的办法。谢安神情坦然地说："晋朝的存亡，就在我们这一行了。"然后，谢安就和王坦之一起出城来到桓温营帐。当时王坦之紧张得汗流浃背，汗水把衣衫都沾湿了，连朝见时用的手板也拿颠倒了。谢安却从容不迫地入座，然后微笑着问桓温说："我听说有道的诸侯都把人马驻扎在边防来保卫国家，桓公你怎么却把我大晋的将士藏在墙后面呢？"桓温尴尬地回答说："我的身份和地位在这里，不能不做点防备。"随后桓温命令预伏的士兵退下。当时王坦之以文采风流和谢安并称于东晋，而这次之后，人们才知道谢安的镇定和才能远胜过王坦之。
桓温在退兵回荆州的路上得了重病，可他并没有断绝篡位的野心，又上表要求朝廷赐予他九锡的礼遇。谢安知道不能和桓温硬顶，就反复拖延赐予九锡的文书，一直拖到桓温病死，加九锡的事情也就不了了之。桓温死后，谢安被任命为尚书仆射兼吏部尚书，总揽东晋的朝政。为了缓和矛盾、稳定政局，谢安并没有趁桓温病死的机会对桓氏集团下手，他仍然信任和重用桓温的弟弟桓冲，让桓冲担任都督徐、豫、兖、青、扬五州诸军事和徐州刺史，负责镇守京口（今江苏镇江）。
桓冲也深明大义，心甘情愿地为朝廷镇守四方，将相的和睦稳定了东晋的政局，人们都把谢安比作安定东晋的王导，而谢安的文采风流似乎更胜王导一筹。
谢安理顺了东晋政权的内部纷争后，开始把注意力转移到北方强大起来的前秦政权。当时前秦屡次骚扰东晋边境，东晋朝廷开始招募有才干的将领。谢安知道自己的侄儿谢玄有大将之才，就向朝廷推荐了谢玄。当时有人嘲讽谢安任人唯亲，而谢安的政敌郗超却感叹说："谢安能不怕讥讽，举贤不避亲，真是有古人的遗风啊。"谢玄果然没有辜负谢安的推荐，他担任广陵太守后，招募江淮子弟和北方流民组建了北府兵，成为东晋最精锐的武装力量。
太元八年（383），前秦主苻坚率领着号称百万的大军南下，准备消灭东晋，统一天下。当时建康城内一片震恐，士大夫无不惊慌失措，只有谢安依然镇定自若。谢安自己以征讨大都督的身份负责军事，并派了弟弟谢石、侄儿谢玄、儿子谢琰和西中郎将桓伊率领8万晋军前去抵御。负责长江西线防守的桓冲担心建康的安危，派遣3000精兵前来协助保卫建康，却被谢安拒绝了。谢玄对是否能挡住秦军也没有把握，临行前向谢安询问对策，谢安只回答了一句："我已经安排好了。"就再也不谈军事。
后来当晋军在淝水之战中大败前秦的捷报送到时，谢安正在与客人对弈。他看完捷报，便放在座位旁，不动声色地继续下棋。客人忍不住问他，谢安淡淡地说："没什么，孩子们已经打败敌人了。"等到下完了棋，客人兴高采烈地走后，谢安才抑制不住心头的喜悦，连蹦带跳地进入内室，结果把木屐底上的屐齿都碰断了。
淝水之战的胜利，使谢安的声望达到了顶点，这让谢安遭到了琅邪王司马道子的猜忌。司马道子伙同谢安的女婿王国宝，在东晋孝武帝面前屡次挑拨离间，说谢氏权威太盛，长久下去会是另一个桓温。孝武帝本身就是一个糊涂的家伙，生怕祖宗的江山在自己手里断送，就开始有意疏远谢安。谢安也意识到自己面临的危险局面，他逐步把自己掌握的部分权力交出，以表明自己没有擅权的野心。
太元十年（385），前秦发生内乱，苻坚请求东晋派兵协助平乱。谢安主动提出由自己率军出镇广陵的步丘（今扬州邵伯镇），名义上是准备援助前秦，实际上是想脱离建康这个是非之地。谢安着手建造渡海的船只，准备从海道返回会稽。可船还没造出，谢安就患了重病，只得请求返回建康治病休养。然而谢安回到建康只有几天，就溘然长逝了，年仅66岁。谢安死后，东晋朝廷以隆重的礼仪悼念谢安，心中有愧的孝武帝还在灵堂守灵三天，并追赠谢安为太傅。谢安用他的政治才干让东晋政权度过了相对稳定的30年，史书上称他为"江左第一风流丞相"，而百姓们则称他为"东山贤人"。
淝水之战挽救了岌岌可危的东晋王朝，同时也让北府军在这次战争中脱颖而出。北府军的出现从某种意义来说标志着东晋王朝贵族势力的衰败。
公元377年，谢玄在京口收容大量北方流民，建立新军。因为京口又称北府，所以这支新军就被称为北府军。谢玄成立北府军的这一年，正好是东晋开国第59年。北府军组建的第六年，淝水之战开始了。北府军挽救了东晋王朝，而日后导致东晋王朝灭亡并取而代之的，也正是北府军。
北府军的成立极容易让我们联想到清朝末年的北洋军。想当初，满清政府为了提高军队的战斗力，选派汉人袁世凯在天津小站练兵，称为"新军"，日后发展成北洋军。身为北洋军阀的袁世凯正是靠着这支部队扑灭了辛亥革命的很多次起义并以此为要挟逼满清贵族交权。北洋军的崛起其实也标志着满清贵族统治的衰败，之所以后来刘裕称帝成功而袁世凯称帝失败，完全是因为时代不同了，距刘裕称帝到袁世凯称帝，时间已跨过1500多年。
刘裕
刘裕出身低级士族家庭，家境几近破产。到刘裕成年时，其身份地位和一般的流兵已没有太大的差别。刘裕主导的北府军后来取代东晋政权，实际上就是宣告了贵族政权的衰落，而被代之而起的庶民政权所取代。
东晋王朝的贵族政权在东晋成立的最初几十年中达到了其顶峰，几个大族先后主政。当东晋开国六十年时，贵族政权已开始衰败，北府军的成立标志着这种衰败的开始。而淝水之战的胜利只不过是贵族政权的回光返照。东晋的几任将领都曾图谋篡位，但都被其他士家大族联合击退。但到了刘裕时代，士家大族再也组织不起像样的力量来击退这支新兴的力量，贵族政权终于崩溃。
东晋时期无疑是中国贵族的巅峰时代。但是即使是这样的巅峰时期，中国的士族也没有取得中世纪西方贵族的权力，他们没能在地方上拥有行政权和军事权。不管在中央有多高的官职，不管在地方上有多大的庄园，他们终究没能掌握独立的行政权。这一点也是分封制和郡县制的本质区别。同时也是中国贵族政权和西方贵族政权的区别。
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