蒙古人被朱元璋击败后没有坐以待毙，他们沿着大兴安岭西麓北撤呼伦贝尔草原图存，并集合起此地的鞑靼人继续与明朝为敌并屡败屡战，而呼伦贝尔原是室韦·鞑靼人祖地所以自此以后蒙古人以鞑靼为号。
在有明一朝，蒙古黄金家族除了遭遇明朝大军一浪高过一浪的攻击之外，其内部部落也是四分五裂硝烟不断，最终导致黄金家族几乎被屠尽西部瓦剌称雄。就是在这样的乱世之中，黄金家族唯一传人十三岁的达延汗少年老成利用土默特和兀良哈势力把瓦剌驱离出漠南，重新恢复黄金家族在漠南的统治。在其成就霸业以后，按蒙古传统将漠南划分左右共六个万户，分别是察哈尔、兀良哈、喀尔喀、鄂尔多斯、永谢、土默特，其中察哈尔是大汗的中央属部。
明朝末期女真人努尔哈赤在辽东关外兴起，他以十三副铠甲起兵以为父祖报仇之名反击大明朝建立后金国，并不断征讨东北地区的各个女真部落。在征伐女真大部叶赫过过程中，蒙古科尔沁部作为叶赫同盟也加入战局，科尔沁左翼前旗旗主明安被俘，努尔哈赤由此展开对科尔沁的政治攻势准备收服科尔沁，避免与明朝和蒙古两线作战的不利局面。
由此，努尔哈赤在放回明安后，重点与科尔沁左翼联姻结盟，自此科尔沁与满洲联姻数十次 ，其中最著名的就是皇太极大妃康熙奶奶孝庄，她是科尔沁左翼中旗旗主斋桑的女儿。在皇太极时代，成立蒙古八旗九位亲王中科尔沁占五人，足见满清与科尔沁结成了铁杆同盟。科尔沁与满洲结盟还有更深层的原因，一是科尔沁属民多是鞑靼人甚至包括三姓索仑人，他们与女真人血缘文化极近 都是室韦后裔；二是科尔沁部屡遭察哈尔部的攻击其势力已经深入满洲之地，客观上造成科尔沁与女真合流。
满洲人拿下科尔沁部后，用同样的办法收服了辽西的兀良哈和哈喇沁，并趁内喀尔喀协同明朝攻击沈阳时将其击败收服，这样后金周围蒙古各部都归顺了，只剩下察哈尔林丹汗独自奋斗。察哈尔部本是原托雷系克烈属民，与东蒙古鞑靼人彼此不合，更何况林丹汗本身无大才大德，在得知皇太极要攻击他前便逃离辽东向青海躲避，不幸病死于路上，自此漠南蒙古被女真人收服并加入女真战车。
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