蒙古人恃其武力的優越而入主中原，其來中國只是驚羨民物財富之殷盛，並不太注重政治上的治理。
成吉思汗西征之後國庫財政空虛，有人給建議“雖得漢人亦無甚所用，不若盡殺之，使草木暢茂以為牧地”。元太祖認為其說的對，還大加褒獎。只不過在深受儒家文化影響的契丹皇室後裔耶律楚材(我們確實要感謝此人，他在阻止了很多蒙古人對中原野蠻政策實施，有力的保護了中原漢文化的延續傳承)的力諫之下才沒有實行。
蒙古人統一中原之後為了保持其優越地位，依種類把所統轄範圍之內的人劃分為四個等級，一等蒙古人，也稱國人;二等，色目人，包括西域各部族也稱諸國人，僅次於蒙古人;三等漢人，指黃河流域原金朝統治區域內的各個民族;四等人南人，指長江流域及以南的中國人，既原南宋王朝統治區域內的人。
這四個階層在政治上的待遇優劣十分分明。一般漢人不能任丞相，以及左右丞諸職，終元一世只有兩個漢人當過丞相，南人就更沒有機會了。元順帝時，才有南人開始進入中央，像中書省，樞密院，御史臺等。雖然漢人，南人在元未也開始能進入中樞機構，但是還是得不到信任。遇到軍國機密大事，漢人、南人仍不能參與。例如，丞相托克託有次到內遷給皇帝奏事，卻以事關兵機，讓元善及參知政事韓鏞等漢人官僚迴避。更有丞相伯顏竟然極端到給皇帝進言要殺盡中原張王劉李趙五姓漢，認為只要殺盡此五姓之人就能永保元代萬世統治。
元代的地方長官必擇蒙古人，如果蒙古人不夠用則用色目人，再不夠才用漢人。唐代中央實行三省六部制，元代廢除尚書省、門下省，獨留中書省。同時創設行中書省簡稱行省，既由中書省臨時派往地方的機構，後來演變成地方最高行政機構，執掌地方庶務，統轄郡縣，鎮守邊疆，與都省(腹裡)互為表裡。軍國重事無不領之。各個行省長官必為蒙古人，地位尊貴，同僚議事要行跪拜之禮，形同小史。各道的廉訪使必修擇蒙古人任之，實在不夠才色目世臣子孫為之，再缺的話才參以色目人和漢人。例如元文宗時，詔:御史臺，各道廉訪司官用蒙古人二人，畏兀兒、河西、回回、漢人、南人各一人。至元二年詔:以蒙古人充各路達魯花赤，漢人充總管，回回人為同知，永為定製。
地方郡縣長官也多為蒙古色目人，而這些人很小就繼承官位，不諳世事，甚至連漢字都不識。元代諸帝也大多不太學習漢文，甚至一個行省的大小蒙古人官吏竟沒有一個通文墨的人。元史崔斌傳說:世祖時尚書留夢炎等奏“江淮行省無一人通文墨者”。也許有所誇大，但蒙古人官史極少有懂漢文的卻是事實。
同樣為少數民族入主中原，滿洲就比蒙古人聰明的多，雖在衣冠服飾上殘酷推行剃髮易服，甚至留頭不留髮，留髮不留頭。但是歷代清帝及其官員都積極學習儒家文化，以至到後來連皇帝都不太會說滿語了。故而元代統治不到百年，清代統治卻長達二百六十餘年。
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