"命門學說"是《難經》第一次提出的，如述:"腎兩者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門。命門者，諸神精之所舍，原氣之所繫也。故男子以藏精，女子以系胞。"(見《難經.三十六難》)命門學說是重要的中醫基本理論，但《難經》所述命門位置，一直存在爭議。明代著名養生學家張介賓（字會卿號景嶽）《類經附翼.三焦包絡命門辨》一文，對《難經》所述命門部位提出質疑:"右腎為命門，男子以藏精，則左腎將藏何物乎？女子以系胞，則胞果何如而獨系右腎乎？此所以不能無疑也。"
張氏這一疑問，在歷代醫學著作中未能找到答案，但氣功文獻卻給予他以重大啟發。他說:"予因歷考諸書，見《黃庭經》日: 上有黃庭下關元，後有幽闕前命門。又曰:閉塞命門似玉都。又曰:丹田之中精氣微，玉房之中神門戶。梁丘子注曰:"男以藏精，女以約血，故曰門戶。"又曰:關元之中，男子藏精之所。元陽子曰命門者，下丹田精氣出飛之處也。是皆醫家所未言，而實足為斯發明者。"(梁丘子即白履中，《唐書.隱逸傳》有《白履中傳》，說他"居大梁城時，號梁丘子"。)說明晉唐時期的氣功家，對命門已有深刻的認識。張介賓自述其"細詳諸言，默有以會"，他認為，氣功文獻中所說的氣海、丹田，即醫學書籍中所說的血室，它們都是指的命門。
張介賓又參閱王叔和《脈經》"腎以膀胱合為府，合於下焦，在關元后，左為腎，右為子戶"之說，認為子宮(子戶)即命門。不過，他所說的"子宮"乃是與生殖功能有關的重要部位，為男女所共有，不是現代解剖所說的子宮。他說:"夫所謂子戶者，即子宮也，即(《黃庭經》所述)玉房之中也，居直腸之前，膀胱之後，當關元、氣海之間，男精女血，皆存乎此，而子由是生，故子宮者，實又男女之通稱也。道家以先天真一之炁藏乎此，為九還七返之基，故名之曰丹田。醫學以衝任之脈盛於此，則月事以時下，故名之曰血室。葉文叔曰:人受生之初，在胞胎之內，隨母呼吸，受氣而成。及乎生下點元靈之氣，聚於臍下，自為呼吸。凡人之生，唯氣為先，故又名氣海。然而名雖不同，而實則一子宮耳。"他認為，這個部位是男精女血施攝之門，"及胎元既足，復由此出，其出其入，皆由此門，謂非先天立命之門戶乎？"而出生以後，"則三焦精炁皆藏於此。故《金丹大要》曰:'炁聚則精盈，精盈則炁盛' 。梁丘子日: '人生繫命於精'。《珠玉集》曰: '水是三才之祖，精為元炁之根'。然則精去則炁去，炁去則命去，其固其去，皆由此門，謂非後天立命之門戶乎？"這是張氏對命門之義所下的註腳。
在這個基礎上，張介賓又進一步提出"命門屬腎"而又"總主乎兩腎"這一精闢的論述。有關這一論述的主要依據，來自於內丹術的理論。他說:"腎藏者，主先天真一之，北門鎖鑰之司也。而其所以鎖鑰者，正賴命門之閉固，蓄坎中之真陽，以為一身生化之源也。此命門與腎，本同一氣。道經謂此當上下、左右之中，其位象極，名為丹田。夫丹者，奇也，故統於北方天一之藏，而其外腧命門一穴，正是督脈十四椎中， 是命門原屬於腎，非又別為一府也。……命門象極，為消長之框紐，左主升而右主降，前主陰而後主陽。故水象外暗而內明，坎卦內奇而外偶。腎兩者，坎外之偶也;命門一者，坎中之奇也，一以統兩，兩氣包一。是命門總主乎兩腎，而兩腎皆屬於命門。"張介賓由此得出結論:"故命門者，為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇。若命門虧損，則五藏六府皆失所恃，而陰陽病變無所不至。此誠性命之大本。"
在《類經附翼.大寶論》中，張介賓又進一步根據內丹術理論中的"臍為命蒂"及胎息之說，提出"臍接丹田(命門)"的說法。如述:"人之初生，生由臍帶，臍接丹田，是為氣海，即命門也。所謂命門者，先天之生我者，由此而受;後天之我生者，由此而栽也。夫生之門即死之戶，所以人之盛衰安危，皆繫於此者，以其為生氣之源，而氣強則強，氣衰則病，此雖至陰之地，而實元陽之宅。"生門、死戶，也系道經的說法，如《黃庭經》稱臍為生門，後世道經又有死戶及生殺舍之稱。張氏通過臍接丹田之說，進步強調命門這一部位對生命的重要性。在《真陰論》中，張介賓作了補充論述。他說:"五液皆歸乎精，而五精皆統於腎，腎有精室，是為命門，為天一所居，即真陰之府。精藏於此，精即陰中之水也，氣化於此，氣即陰中之火也。"又說:"命門之火，謂之元氣；命門之水，謂之元精。"元精之說，出自內丹術理論;元精化元氣之說，也與內丹術"煉精化氣"的理論有關。
此外，明末趙獻可《醫貫》一書，論命門也有突出見解。他認為，腎與命門的部位符合坎卦的形象：命門在兩腎中間，有如兩陰爻中夾一陽爻。他說:"命門即在兩腎各一寸五分之間，當一身之中，《易》所謂一陽陷於二陰之中。"他還認為，命門即內丹術中所論的黃庭、玄牝。並以此論證命門為人身的"小心"與五臟之根。如述:"命門無形之火，在兩腎有形之中為黃庭，故曰，五臟之真，惟腎為根。而所謂一貫也，浩然也，明德也，玄牝也，空中也，太極也，同此一(命門)火而已。"他把命門放在養生與治病的首位，他說:"夫既曰立命之門，是火乃人身之至寶。何世之養身者，不知保養節慾，而日夜戕賊此火？既病矣，治病者，不知溫養此火，而日用寒涼以直滅此火，焉望其有生氣邪？"趙氏所論，受內丹術理論的影響也是顯而易見的。
清代徐靈胎的元氣論，則總括以上諸家論述，言簡而意賅，如述:"至所謂元氣者，何所寄耶?五臟有五臟之真精，此元氣之分體者也。而其根本所在，即道經所謂丹田，難經所謂命門，內經所謂七節之旁，中有小心。陰陽闔闢存乎此，呼吸出入系乎此，無火而能令百體皆溫，無水而能令五臟皆潤，此中一線未絕，則生氣一線未亡，皆賴此也。"(見《醫學源流論》)
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