《對馬之魂》的故事就發生在"文永之役"這段時期，高麗崔氏政權垮臺，高麗向蒙古汗國投降，自此，高麗成為了蒙古的藩國，這樣一來，也打通了面向日本的道路。然後自從蒙古汗蒙哥去世以後，忽必烈和其叔阿里不哥爭奪汗位，最終忽必烈取得了勝利，建立了疆域遼闊的元朝。
在忽必烈取得天下後，他的野心也逐漸擴張，除了加緊了面向南宋的侵攻以外，也開始對周邊國家展開了進攻。由於聽說日本那邊生活富庶，加上他們不服從忽必烈，沒有遣使來朝，以此為藉口，向日本派遣使節，要求雙邊"通好"——實際上是不平等條約，要求對方投降稱臣的。
日本幕府一看就惱了，好端端的做個老實人都要被欺負，是可忍孰不可忍？於是把使者打發掉了。忽必烈當然不指望不戰而屈人之兵這種好事發生，這件事不過就是一個藉口罷了。他準備了很久，於是籌集了3萬餘人的海軍及近戰步兵，從高麗出兵，兵鋒直指對馬島，戰爭一觸即發。
日本這時候處於鎌倉幕府，實際的掌權人是北條家的北條時宗，是一個極其厲害的人物，比起後代——相模雄獅北條氏康只有過之而無不及。面對元朝人的步步緊逼，他做好了防禦的準備。
元軍橫跨大海，連續進攻對馬島、壹岐島。兩地的守護大名不敢棄地而逃，更不明白中國兵法"小敵之堅大敵之擒"的道理，硬著頭皮帶著自己不多的私兵，穿著一身破爛迎戰，這當然不是兇悍元軍的對手，還沒掀起一點浪花就被湮沒了，兩座島直接被佔領。
元軍趁勝而進直殺進了九州的博多，在博多登陸後重整軍隊蓄勢進攻。戰鬥持續了好幾天，元軍本來憑藉著精良的武器和高昂的鬥志對日軍造成了相當大的傷亡。日軍當時打仗不會技巧，和街頭耍狠一樣，拎著可憐的木棍削個尖頭，就一窩蜂壓上去搏鬥，元軍雖然沒有騎著戰馬馳騁草原那樣的戰鬥力，但結陣而戰，密切配合，加上先進的遠程弓弩使戰鬥天秤一度倒向元軍。
只不過畢竟元軍跨海而來，深入敵方腹地，不像日軍有源源不斷的補給和援軍，很快元軍矢盡糧絕，苦苦支撐。日軍也開始利用河道縱深防守，派出了弓騎兵部隊輪番騷擾射擊，讓元軍吃盡苦頭。
在士氣一片低落的情況下，最終元軍支撐不住，統帥終於下達了撤退命令，在敗退的船上，恰好遭遇了暴風……這一場突如其來的暴風，讓元軍傷亡慘重，鎩羽而歸。而在若干年以後，忽必烈又一次派軍進攻，也不巧在撤退的時候遇到了更大的颱風，這場風暴最終捲走了忽必烈的野心，留下了一顆不太友好的印記。
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