《对马之魂》的故事就发生在"文永之役"这段时期，高丽崔氏政权垮台，高丽向蒙古汗国投降，自此，高丽成为了蒙古的藩国，这样一来，也打通了面向日本的道路。然后自从蒙古汗蒙哥去世以后，忽必烈和其叔阿里不哥争夺汗位，最终忽必烈取得了胜利，建立了疆域辽阔的元朝。
在忽必烈取得天下后，他的野心也逐渐扩张，除了加紧了面向南宋的侵攻以外，也开始对周边国家展开了进攻。由于听说日本那边生活富庶，加上他们不服从忽必烈，没有遣使来朝，以此为借口，向日本派遣使节，要求双边"通好"——实际上是不平等条约，要求对方投降称臣的。
日本幕府一看就恼了，好端端的做个老实人都要被欺负，是可忍孰不可忍？于是把使者打发掉了。忽必烈当然不指望不战而屈人之兵这种好事发生，这件事不过就是一个借口罢了。他准备了很久，于是筹集了3万余人的海军及近战步兵，从高丽出兵，兵锋直指对马岛，战争一触即发。
日本这时候处于镰仓幕府，实际的掌权人是北条家的北条时宗，是一个极其厉害的人物，比起后代——相模雄狮北条氏康只有过之而无不及。面对元朝人的步步紧逼，他做好了防御的准备。
元军横跨大海，连续进攻对马岛、壹岐岛。两地的守护大名不敢弃地而逃，更不明白中国兵法"小敌之坚大敌之擒"的道理，硬着头皮带着自己不多的私兵，穿着一身破烂迎战，这当然不是凶悍元军的对手，还没掀起一点浪花就被湮没了，两座岛直接被占领。
元军趁胜而进直杀进了九州的博多，在博多登陆后重整军队蓄势进攻。战斗持续了好几天，元军本来凭借着精良的武器和高昂的斗志对日军造成了相当大的伤亡。日军当时打仗不会技巧，和街头耍狠一样，拎着可怜的木棍削个尖头，就一窝蜂压上去搏斗，元军虽然没有骑着战马驰骋草原那样的战斗力，但结阵而战，密切配合，加上先进的远程弓弩使战斗天秤一度倒向元军。
只不过毕竟元军跨海而来，深入敌方腹地，不像日军有源源不断的补给和援军，很快元军矢尽粮绝，苦苦支撑。日军也开始利用河道纵深防守，派出了弓骑兵部队轮番骚扰射击，让元军吃尽苦头。
在士气一片低落的情况下，最终元军支撑不住，统帅终于下达了撤退命令，在败退的船上，恰好遭遇了暴风……这一场突如其来的暴风，让元军伤亡惨重，铩羽而归。而在若干年以后，忽必烈又一次派军进攻，也不巧在撤退的时候遇到了更大的台风，这场风暴最终卷走了忽必烈的野心，留下了一颗不太友好的印记。
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