清代是一個疫災頻發的朝代。
在與各種各樣的疾疫的長期鬥爭中，清代人們對瘟疫發生、傳播、流行極其危害，有了進一步的認識。尤其到了晚清，人們通過疫災的教訓，對危害人類身體健康的生活陋俗有了重新認識和較大改變。
疫災發生的原因是多方面的，但對於控制瘟疫傳染病，公共衛生是非常重要的一環。清代，尤其是到了晚清，人們不講衛生的陋俗主要是飲食不衛生和居民生活環境惡化。
飲食衛生主要是飲水衛生。清代水環境汙染問題，至晚清更為嚴重。尤其是城市水質汙染日漸嚴重，不少中小城鎮的水質汙染也以浮現。
首先，流經城市的大江大河已頗為渾濁。城市居民以河水作為飲用水，而城市中沒有公共用水，未經處理的河水便是居民的公共用水。
其次，城內河道穢水橫流，氣味不佳。晚清溫病大家王士雄在其有關霍亂的專著中說當時的上海：“人煙繁萃，地氣愈熱，室廬稠密，穢氣愈盛，附郭之河，藏垢納汙，水皆惡濁不堪。”“市廛繁盛之區，兩面房屋逐漸侵佔，河身竟狹不容刀，兼之灰艇糞船到處充塞，自朝至晚，居民有從事於洗衣滌穢，以至河水汙濁不堪，汲而飲之，必致滋生疾疫。”
居住環境方面，主要是清道排汙、糞便管理及屍體處理三方面問題。由於城市和中小城鎮排水設施不良，汙水溝、汙水潭和汙水橫流現象時常可見。糞便管理不善也是導致居民生活環境惡劣的一個重要因素，“每有糞廠，穢氣燻蒸，實非居民所宜。”當時，一些患疫身亡者因家貧無以殮葬，使得屍氣成為造成瘟疫的一個重要因素。
對此現狀，晚清一些醫學家已經認識到疫病的發生和環境汙染具有一定的關係，並針對用水衛生和居所環境提出了一些注意事項。
如道光、咸豐年間的著名中醫溫病學家王士雄提出：
一、“或疏浚河道，毋須積汙；或廣鑿井泉，毋須飲濁。”
二、“住房不論大小，必要開爽通氣，掃除潔淨。”
三、“食井中每交夏令宜入白礬、雄黃之整塊者，解水毒而闢蛇虺也。水缸內宜浸石菖蒲根、降香。”
又如晚清思想家兼醫者陳虯在治療瘟疫的實踐中，也就食物和環境消毒提出了一些防疫方法：“溝衢宜打掃清潔，衣服宜漿洗乾淨，水泉宜早汲，用沙瀝過，菜蔬忌久燉，用冰更佳。房屋大者宜多開窗牖，小者宜急放氣孔。而尤要者，則廁桶積穢之處，日施細炭屑其上，以解穢惡。”
為了預防疫病的滋生和蔓延，一些人口集聚地開始重視城市的衛生狀況。
首先是清理河道，疏浚城河，緩解了清代中後期人口大量增加而漸趨嚴重的城市河道汙染狀況。如同治、光緒時期的南京對秦淮河等內河的清汙，由於初步解決了治河經費來源，又有曾國藩、左宗棠、劉坤一等歷任兩江總督調用勇營官兵參加，南京的內河進行過多次疏浚。
其次，各地城市的居住環境也得到一定程度的治理。比如在上海，同治二年（1863），公共租界工部局設立穢物清除股等機構，專管馬路環境衛生和處理垃圾廢物。光緒元年（1875），上海縣署告境內和租界商民，禁止銷售用綠礬染色的海帶，違者嚴德。光緒八年（1882），公共租界自來水廠建成供水。
再如在杭州，光緒二年（1876）八月，浙江省保甲局飭令錢塘、仁和兩縣，對“任意傾倒垃圾”者，“或指名稟控，或捆送到縣立予懲辦”。光緒十四年二月，兩縣出示，對“杭城大街小巷以及弄口渡頭”所堆積的垃圾，“限期一律挑淨”。光緒二十三年正月，由清道局管理，僱夫打掃。光緒二十九年閏五月，改由警察局管理，規定垃圾必須在清晨八點以前清掃完畢，糞擔不準在大街行走，並設置木箱清倒垃圾。
光緒二十八年（1902），霍亂等疫病在全國大流行。
據當年的《大公報》一系列報道， 我們可以看到，近代西方的科學健康衛生觀在清末已經開始傳播，並對中國傳統的健康衛生觀念產生了巨大的衝擊。
清代瘟疫期間，全國各地，主要是南方，較多使用“驅避疫鬼”的方式防治瘟疫。媒體對“驅避疫鬼”的傳統陋俗進行了尖銳抨擊，並對科學的健康衛生觀大作宣揚，以達到“開民智”的目的。
當時，各地官府在飲食衛生方面，加強了對食品衛生的稽查，“以魚蝦等類其味腥臭，易召時疫，乃出示禁止市中不得售賣魚蝦等鮮物，而業漁者亦遵諭歇業矣。”各省市還進行了自來水設置建設，這不但對防疫有重要作用，更可以改變城市居民的飲水習慣，有助於民眾形成現代的健康衛生觀。
如“廈門向無泉水，一遭亢旱，取汲維艱。日前延少山觀察特請日本技師在廈丈量地道遠近，以便安設自來水管。聞已籌銀二十餘萬，飭人在上海購辦水管機器雲。”
又如天津最大的自來水廠——濟安自來水公司在瘟疫期間興建。由於瘟疫帶給人們巨大痛苦和災難的沉痛教訓，民眾慢慢形成了飲食講究衛生的觀念。
如當時飲用的荷蘭水（即汽水），最初用生水生產，後均改用開水製造，並由各捕房驗明才準其售賣，並在水瓶上貼一紅紙條，印有英國武官所籤洋字，以聲明此水清淨，實為開水製造。這一現象說明了衛生觀念的日漸普及。
晚清疫災時期，隨著各地直接關係到大部分城市居民日常生活的自來水廠和官廁等現代公共衛生設施的大量建立，對普通民眾的衛生習慣和衛生觀念產生了巨大的衝擊。
同時，一批掌握近代西方醫學和衛生學知識的醫生和衛生局官員成為了普通民眾信任的權威。伴隨著這種信任感而來的，是民眾對自身固有的不衛生陋俗的懷疑，這為晚清時期科學的健康衛生觀的傳播鋪平了道路。
