建文帝在南京城被燕王朱棣围困时，黄子澄当时不在现场，而在苏州募兵。为了表示与与建文朝共存亡的决心，他毅然派人将妻子许氏与四个儿子从老家分宜接到南京，拉入了血腥战场。不久，南京陷落，朱棣当上了皇帝，黄子澄被人告发，押到了南京。
大堂之上，成祖朱棣亲自审问黄子澄，黄子澄却傲然斥责："陛下以兵力夺取富贵。要不是皇上宽容忍让，哪有你今天的位置？"成祖装作一脸和善的样子劝黄子澄："早闻先生博学，善读书，不像方孝孺那样执迷不悟，我可以赦免你的全部罪过。"
黄子澄笑答"富贵不过瞬息之事，谈什么轻重？殿下你既然做出如此悖谬不化之事，恐怕子孙后代有一天也仿效你的作法。"成祖闻言，脸色骤变，半天说不出一句话，只得改变话题："你为什么想渡海搬兵与我抗衡？"
黄子澄言道："皇祖起义兵以定天下，因殿下的勇力盖世，授你为藩王，拥有重兵，为的是保卫皇室，而你现在不去平定北方胡虏，反而与天子争夺天下，自相残杀。我不过是想借外族之力，这与殿下你的叛逆谋反难道有什么不同吗？"
成祖自知理屈，恼羞成怒，下令将黄子澄的族亲六十五人及妻族外亲三百八十一人都押了过来，一时哀号震天，黄子澄依然面不改色。成祖说："我就知你一定不会为我效劳，给你笔纸写自供吧。"
黄子澄提笔书道："我黄子澄乃是先帝时的文臣，没有尽到职责，早早削除燕王，以致成就了他今日的凶残，给国家造成了今天如此之大祸，但愿后代子孙千万不要效仿才是。"
成祖见书，勃然大怒，命刀斧手先将其手砍去，然后对黄子澄说："你虽未渡岛成功，却已足迹至海上。"遂又命截去了黄子澄的双足，最后将其肢解而死。那一年，黄子澄只有35岁，凡江西籍亲族皆被斩首，姻亲外族一律发配戍边。
黄子澄矢志不渝，为正义事业献身，不愧为明朝一代忠臣。明正德十五年（公元1521年），朝廷下诏令为黄子澄平反昭雪，说他是忠臣，在江西分宜县建成"太常忠臣祠"；清乾隆年间，追谥忠悫"音确，诚笃忠厚的意思，
因此人们后来又称黄子澄为"黄忠悫"。大忠臣黄子澄，为建文朝的仁政流尽了最后一滴血，他虽然被朱棣处以诛九族的酷刑，但他的铁骨铮铮、大义凛然的气节却永远留存在人民的心中。
