菸斗清理的步驟，是必不可少的：保證下次使用時，不至被積聚的殘餘煙油影響菸草的口感﹔同時，抽完一斗後，自己親自清理，也是樂趣之一。
每次抽完一斗，都應該清理菸斗。具體步驟是：
先把菸斗擱在一旁，等其完全冷卻下來（千萬不要在菸斗還發燙，甚至只是微溫時，拆開菸嘴！）。可以不急於清除缽中的菸灰及菸草殘屑，因為乾燥的菸灰可以吸收一下水汽。菸斗涼透後，把菸灰和吸剩的菸草殘渣，用三合一工具中的小勺小心挖淨，動作要輕，不要傷及內壁和積炭。必要時，還可以動用手指。千萬不要把菸斗猛磕在硬物上，這樣會損壞飾面，甚至令斗柄開裂！可以用柔軟的手掌代勞。
每次把冷卻後的菸斗拆開，這樣能清理得更仔細、乾淨﹔榫口的死角，也用蘸過菸斗清潔液的化妝棉片清潔。然後，用一條幹淨的通條，蘸些清潔液，經菸嘴直達缽底小孔，並旋轉通條，令其充分吸收殘留的焦油。另外再用一到多條幹燥的通條，重復以上步驟，以吸乾水分。另外可以把乾燥的通條留在煙道內過夜，進一步吸收溼汽。也可以把用過的通條，折成“U”形，清除附在缽壁上的菸灰（有不少人，包括我自己在內，喜歡把那少許菸灰留在缽壁，因為菸灰的化學成份也是碳，長此以往，可能有利於炭餅的積存﹔而乾燥花白的菸灰還可不停地吸收鬥缽的水分，一舉兩得）。
要注意的是，清潔液千萬不要沾到菸斗飾面及菸嘴上：因其多少含有酒精，會把蠟質溶掉，使表面變得暗啞無光，影響美觀﹔高濃度酒精所到之處，甚至會溶掉著色，造成飾面顏色深淺不一。
清理過後，把菸斗放在空氣循環較佳的地方，讓其自然乾燥（休息）。另外，一但把菸斗拆開後，溼潤的木質榫眼會發脹，所以不宜馬上硬要裝回。
隨著煙油不斷積聚在鬥缽內壁，並且氧化，菸斗累計抽過五到十次後，可能會散發出令人不快的酸味道。這時，是時候進行徹底的大掃除了。
把菸斗小心拆開，如上敘述，用蘸過清潔液的通條清理煙道，並用化妝棉片小心擦洗榫口殘留的“膠物”（常抽調味菸草 ，“膠物”可能會特別多）及菸斗內缽壁（動作要輕，不要把積炭都洗掉了）。如果變味較嚴重，我的偏方是：用棉片仔細襯入內缽壁，小心淌些白蘭地，這時，浸潤了的棉片就會緊緊地附在鬥壁，煙油就被酒精慢慢地萃取出來，稍待10到30分鐘，等水分完全揮發後，再把褐黃的棉片抽出。
菸斗既有收藏價值，又有實用價值，是一件高尚的藝術品，也是一件優雅的實用物。
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