金代登州棲霞（山東）人，字通密，登州棲霞人，號長春子，後贈號長春真人。年十九出家寧海崑崙山（今牟平東面）。師王重陽，和其他師兄弟合稱「全真七子」他們是：丹陽子馬鈺、長真子譚處瑞、長生子劉處玄、長春子丘處機、玉陽子王處一、廣寧子郝大通、清靜散人孫不二（馬鈺之妻）。全真七子隨王重陽一起創立道教全真派，丘處機在王重陽去世後入磻溪穴居，歷時六年，行攜簑笠，人稱「簑笠先生」。後又赴饒州龍門山（今寶雞市）隱居潛修七年，成為全真龍門派創始人。
金大定二十八年（1188）金世宗召丘處機至燕京（今北京），問以至道，並主持萬春節醮事，明昌元年（1190）金章宗以「惑眾亂民」為由，下詔禁罷全真等教，丘處機即歸山東棲霞。泰和七年（1207），章宗元妃贈給《大金玄都寶藏》一部。八年（1208）章宗賜所居觀額曰「太虛」、「泰和」。貞佑二年（1214）請命招安山東義軍楊安兒，深受朝廷器重。興定三年（1219）居萊州（今山東掖縣）昊天觀南宋及金朝先後遣使劉仲錄往迎。
丘處機於元興定四年（1220）偕弟子十八人從萊州出發，行程萬里，歷時二年，到達西域大雪山（今阿富汗境內）見成吉思汗（元太祖），並勸元太祖戒殺。太祖賜號「神仙」、「太宗師」，弟子李志常作《長春真人西遊記》記述經歷頗長。
丘處機秉承全真遺教，主張三教平等相通互融，主張修道教應出家，斷絕一切塵緣。主張清心寡慾即為成仙之本根。著述有《大丹直指》書中述九種煉丹方法，主張人體中先後天氣可以相交作用結成大丹的原理，著有《鳴道集》、《攝生消息論》、《磻溪集》等書。
元太祖十九年（1224）返歸燕京，元太祖賜以虎符，璽書，命其掌管天下道教，詔免道院及道眾一切賦稅差役，於是道侶雲集。玄教日興，遂在南京設立八教會並宮觀設壇作醮，從而大昌全真教。元太祖二十二年（1227）賜丘處機金虎牌主領道教，七月卒於北京白雲觀。
