戰亂一發生，吳軍就來勢兇猛，迅速佔領了嶽州、城陵、衡陽等地。康熙十三年三月，耿精忠據福建與清廷抗衡。12月，陝西提督王輔臣在吳三桂誘引下反清，佔領平涼，與進攻四川的吳將王屏藩呼應。就這樣，陝西、甘肅、四川、湖南、雲南、貴州等省被吳軍控制。暫時的勝利衝昏了吳三桂的頭腦。他認為用兵之術舉世無雙，企圖壓迫康熙與之和談。
然而，康熙早已看透了他的心理，不僅無動於衷，而且積極備戰。首先，清軍奉命進駐嶽州，進攻吳軍。其次，在幾次招降王輔臣失敗後，康熙十五年率軍進入平涼，逼迫王府臣投降，使王屏藩失去援助逃往漢中。第三，得知吳三桂想謀結青海多爾濟為援時,，立即命令張勇屯甘州防禦。這樣，清廷基本平息了陝甘，使吳三桂勾結西北漢族將領，煽動蒙古族叛亂，從側面進攻北京的陰謀徹底破產。
耿精忠叛亂之後，同臺灣的鄭經對廣東形成了夾擊態勢，致使清在粵東十縣中失去了第個。康熙十五年六月十五日，清康親王傑書乘耿、鄭不和，戰勝耿精忠,並迫使鄭經退敗返回臺灣。同年十月，耿精忠投降，福建被清軍收復。康熙五月十五日，清軍攻佔廣西。同年四月十五日，當吳三桂部下馬雄進逼廣州時,尚可喜的兒子尚之信挾持其父反叛清廷。康熙十六年五月,在清鎮南將軍莽依圖的進攻和三桂逼迫下,尚之信走投無路而降清。
吳三桂在失去了陝西、福建、廣東的援助之後,根據地只剩下雲、貴、四川和湖南四省。由於長期的戰爭，吳三桂府庫空虛；加上吳三桂的橫徵暴斂，壓迫的人民怨聲載道，最後導致眾叛親離。同時為了維繫內部的人心，吳三桂在康熙十七年三月在衡陽稱帝,國號“周”。八月清軍大舉壓境，吳三桂氣絕而死。康熙十八年初，清軍先後攻佔了長沙、衡陽。十九年正月,清軍提督趙良棟攻克成都。二十年十月，清軍在昆明城下大獲全勝。吳三桂的孫子吳世潘自殺，其他人員活捉後被送往北京,處以碟刑。至此，歷時八年的三藩之亂全部平定，清朝取得了最終的勝利。
所以說傳說中的衝冠一怒為紅顏說法欠妥，更多的是三藩已經威脅到了清朝的統治，康熙想掃清障礙。
