《萬曆十五年》應該是每一個喜歡明史的人必讀的書之一。很少有歷史專著寫的如此受歡迎。可能是由於黃仁宇先生特別的人生經歷：年輕的時候生活在中國，見證了20世紀中國社會的巨大變遷，中年後去美國，然後也算半路出家，在一個跟中國史學傳統完全不一樣的體系裡研究中國歷史。他的經歷使得他能保持一個適當的距離來觀察中國歷史，既不會深陷其中，也不至於完全置身事外。
傳統的歷史研究好像更偏好從宏大的角度來解讀歷史，從平天下的高度來解讀興亡，討論的都是每個朝代最光彩奪目的人物和事件，或者驚心動魄的變故。好像這樣才是歷史，只有大事件大人物才配得上歷史二字。
而《萬曆十五年》卻從一個具體的平平常常的年份入手，然後從這些略顯瑣碎的事情出發，抽絲剝繭般地一步步推進，像我們揭示了一副末日圖景：
首先從皇帝開始
皇帝作為中央集權的最高權力機構，是一個王朝的核心。明朝的開國皇帝朱元璋廢除了丞相制，皇帝直接領導六部，將政府的行政權也抓在手裡，另外設置錦衣衛及後來的東廠西廠等直接服務於皇帝的廠衛體系。明朝的皇帝可以說是有史以來最有權力的機構。
但是除了朱元璋和朱棣這樣的雄才大略，閱歷和精力都非常充沛的人有能力駕馭明朝皇帝這個崗位，後世那些出生在深宮，從小錦衣玉食的皇子皇孫們，都沒有人有這個實力。所以皇權不得不分流出去，於是有了內閣大學士，和司禮監太監來幫他們處理這些繁雜的行政事務。皇權的分流必然帶來巨大的利益，以內閣為首的文官階層當然不想輕易放棄到手的權力，所以他們就通過道德和禮儀來約束皇帝。嘉靖年間的“大禮議”事件，就是文官階層和皇權的一次尖銳碰撞，文官階層通過對道德和禮儀吹毛求疵的強調，來賦予皇位繼承的合法性，從而達到約束皇帝的目的。雖然雙方都心知肚明，這種變態強調禮儀只是個鬥爭的幌子，暗流湧動的卻是權力。
隨著內閣掌握權力的常態化，皇帝也只能藉助司禮監和廠衛機構來和文官階層博弈。所以明朝總是權臣和大太監相互交替出現。作為鬥爭雙方的內廷和外廷不斷地給對方佈網，下套，都想使對方的空間縮小，到最後整個明王朝就像編織起一個蠶繭，將皇帝和文官都裝在裡面，誰也動彈不得：皇帝想要有所作為，文官階層馬上列出各種條條框框，或者陽奉陰違，非暴力不合作，使皇帝無功而返，或者被漫長的扯皮消磨得意志全無。
萬曆不是一個意志強硬的君主，他的繼位幾乎沒有什麼懸念，所以也沒涉及太多宮廷爭奪的血腥陰謀。當皇帝前十年，所有的事情都被幾百年一遇的能臣張居正呵護得無微不至。對於皇帝這個崗位來說，萬曆的歷練明顯是不夠的，他的性格也不夠強硬。
和他相比，正德皇帝倒是有種混不吝的性格，他完全不按套路出牌，自己封自己為大將軍御駕親征，搬離皇宮，天天泡在豹房和各種奇奇怪怪的人混在一起。沒事就放縱太監劉瑾和錦衣衛等身邊人去對付朝臣。但是正德這樣的異數，好像也不能動搖文官集團的根據，畢竟這麼大一個帝國，還是得靠這些官僚治理的。而且寧王朱宸濠造反，還有正德的非正常死亡，好像背後都有文官集團的影子。
年輕的萬曆在親政之後，很明顯想要有一番作為，也想向整個皇權和官僚系統裡注入新鮮的空氣。
比如在書中提到，萬曆從皇宮步行到天壇求雨，沿途的儀仗和排場都大幅削減，場面樸素而莊嚴；在朝臣討論他陵墓的風水時，他的態度是“當日秦始皇在驪山築陵，何嘗不講究風水？”。也可以反映出他對這種過分挑剔的禮儀的排斥。
接下來他想訓練御林軍的做法，就開始體會到了文官階層的陽奉陰違，堂堂的一國之君最後也被磨得沒有半點脾氣。而在立嗣問題上的對立，就讓萬曆和文官集團徹底的決裂了。萬曆想立他最喜歡的兒子福王為太子，但是大臣們根據嫡長制傳統擁立長子朱常洛，這又是一次用禮儀道德來約束皇權的鬥爭。這種鬥爭很大程度是因人而異，碰到強悍的君主這根本就不是問題，比如說朱棣，作為藩王造反上位的皇帝，在他面前強調只有嫡長子才有資格做皇帝，那只有死路一條。解縉也是因為牽涉進立儲之爭裡，而被搞死的，原因是這是天子家事，外臣不得置喙。
但是萬曆不是朱棣，他的意志沒能強大突破框架束縛，創造出新的格局的程度，只能選擇放棄掙扎消極應對，創造了皇帝幾十年不上朝的記錄。立儲的“國本之爭”，也採取拖的辦法，但是拖了15年最終還是妥協了，立了朱常洛。
萬曆作為皇帝在這個局中被束縛得無法動彈，作為對手的文官集團，同樣也不是勝利的一方。
張居正被譽為明朝的中興之臣，個人能力和資歷是無可挑剔的。張居正掌權時，萬曆年幼，他和萬曆的母親皇太后，司禮監太監馮保的關係都非常好，同時作為文官集團的代表內閣的首輔，他相當於把內廷和外廷都抓在手上，行使的是一個代理皇帝的職權，這在明朝是非常少見的。但作為代皇帝，他相當於把原本屬於萬曆的皇權抓在了手裡，萬曆年紀小的時候沒概念，等他長大了回過神來，就惱羞成怒的展開報復，連與自己朝夕相處的大伴馮保也給收拾了；而作為代理皇帝的張居正，他同時也得維護皇權，這必然會損傷文官集團的利益，比如實行一條鞭法使國庫充實，但是卻讓地方官吏少了很大塊的收入；文官集團想要陽奉陰違，磨洋工，他就採用考成法對官僚進行考核；重用御史言官來操縱人事的任免對官員進行監督。他在世的時候由於他的威權能夠彈壓得了，但是等他一死，皇帝和群臣的怨恨就像潮水一樣迅速得反撲過來，將他生前嘔心瀝血構建起來的一切都沖毀了。
而和張居正形成強烈對比的申時行，他就是一個內閣老好人，不想得罪任何一方，想盡辦法來調和轉圜皇帝和文官集團的衝突；淡化一切個人色彩，推行的政策也都是修修補補，沒有大動作。他因為和皇帝私底下的來往記錄被公開，被文官集團罵作兩面派，從而失去文官集團的信任，不得不退休回家。就算是像申時行一樣的搗糨糊高手，在這個皇帝和文官集團對立的蠶繭中，最終也是玩不轉。
接下來出場的就是文官集團裡的異類海瑞。說海瑞是異類，恰恰是因為他是明朝官場上唯一一個嚴格按照儒家的道德禮儀來行事的官員。他的施政都嚴格按照大明律的規定來。他是當時文人集團所提倡的道德禮儀的範本，所以他敢罵皇帝，也敢罵同僚。 當整個文官集團面對這樣一個完美的範本時，心裡恨得牙癢癢，但明面上又找不到藉口來反對，只能是把他高高掛起來，放在一個不會產生破壞力的地方，作為一個牌坊給供起來。
至於說到武將。在和平年代，武將歷來是被打壓的，明朝武將的地位要低於文官，我們經常可以看到明朝的很多仗都是文官打的，比如於謙，袁崇煥。戚繼光是當時最有才能的武將。在抗擊倭寇的時候，他因地制宜採取募兵制練兵，創造出鴛鴦陣，為擊退倭寇立下了汗馬功勞。他當時訓練的戚家軍，也算是一個特例，因為明朝的軍制是衛所制，正規軍都是由相應的軍戶來供養的。隨時承平日久，軍備廢弛。等外敵入侵的時候，重新整備正規軍，時間上來不及，而且流程繁瑣，根本就不是一兩個武將就能推動得了的。所以戚繼光只能自己到義烏招募農民練兵，創立的鴛鴦陣居然用上了藤牌，毛竹和鐵叉這樣的農具當武器。
由於兵制的限制，戚家軍要想生存，必須要投靠當時的權臣張居正，也只有得到張居正的支持，戚繼光的戚家軍才能正常運轉，所以可以看到戚繼光雖然個人很清廉，但是他也花了很多銀子去維護和張居正的關係，送美女，送珍奇異寶，掏得當然不會是他自己的腰包。也正是由於他和張居正的特殊關係，使他在張居正倒臺後受到牽連，再大的軍功和能力也得不到萬曆的原諒。
《萬曆十五年》最後一章說的是明朝哲學家李贄。李贄深受儒家道德禮儀和明朝官場的壓抑幾十年，到了晚年他了盡對家族和社會的責任後，突然無所顧忌得將滿腔憤懣噴洩而出，對當時官場的虛偽，還有儒家理學倫理道德對人性的束縛進行抨擊。雖然他對儒家和官場的言行和態度都非常決絕，行為也很乖張，但是他還是沒有辦法脫離他思想形成的土壤，就像人再怎麼對抗地心引力，最終還是得落回地面一樣。他半出家後維持一個不錯的生計也是靠他所反對的官僚階層的接濟，他的思想只是在作批判，但是還是沒能跳出儒家理學的束縛，以不同的格局來構建一個新的思想體系來替代當時僵化的道德禮儀。
最後引用原文結束“在這個時候，皇帝的勵精圖治或者宴安耽樂，首輔的獨裁或者調和，高級將領的富於創造或者習於苟安，文官的廉潔奉公或者貪汙舞弊，思想家的極端進步或者絕對保守，最後的結果，都是無分善惡，統統不能在事業上取得有意義的發展，有的身敗，有的名裂，還有的人則身敗而兼名裂。”
