1859年，英国生物学家达尔文在《物种起源》一书中，阐明了生物从低级到高级、从简单到复杂的发展规律。1871年，他又出版《人类的起源与性的选择》一书，列举许多证据说明人类是由已经灭绝的古猿进化而来。但是达尔文并没有搞清楚人和动物的本质区别，也未能正确解释古猿如何演变成人。
猿进化为人
人类起源于南方古猿，其进化时间约为200多万年，而猿类从原上猿到南方古猿之间（早期至末期）的过渡长达约3000万年！如此对比来看人类进化速度快的不可思议。
南方古猿进化成人类的200万年里究竟发生了什么惊世骇俗的事情？
是什么原因加速了人类的进化？
病毒参与并影响了人类的进化速度
在人类基因组中有10万个已知的病毒片段，占所有DNA的8％以上。要知道人类DNA中真正编码蛋白质的序列，也才只有 1.5%。
病毒入侵
病毒是如何进入人类的基因中？
在一些极为罕见的情况下，病毒会感染卵细胞。然后诡异的事情就发生了，如果卵细胞成功受精，并发育为成年个体的话，整个身体的细胞就会带有这种病毒。如果这个人有了后代，那病毒就会被传下去。
这些所谓的内生性反转录病毒过着两种生活。
一是它们仍然可以从宿主身体内脱离，感染新的宿主（澳大利亚的国宝树袋熊就深受这类病毒疾病的困扰）。
二是经过了数千年的时间，有些病毒逐渐被禁锢起来。它们的DNA发生了突变，丧失了感染新宿主的能力。与此相反，它们能复制的那些基因片段，最后又重新回到了宿主细胞的DNA中。历经无数代的复制造就了现在的基因组。
为了限制这类病毒对身体功能的干扰，哺乳动物制造了许多蛋白质来“锁住”大部分的病毒。最终，大部分内生性的反转录病毒突变过度，变成了DNA的遗传“行李”，不能再有什么作为。但它们还是具有病毒的所有特征，
其实如果这些嵌入基因组的病毒只是复制自己玩一玩，事情好像还不是很复杂，毕竟基因组中的非编码序列有 99%，多出这么一撮似乎问题不大。但是很多嵌入病毒的拷贝会处在与基因表达调控密切相关的区域内，这时事态就变得复杂起来了。基因的表达，受到各种外界和内在因素的影响，可临到最后，人类的基因要如何表达，还要听命于几百万年前潜伏进基因组的病毒。
基因
病毒如何控制基因？
如今人类体内有8%的基因组就是由内源性逆转录病毒组成的。这些病毒基因编码一类称为转录因子的蛋白质来控制基因的活动。转录因子识别DNA代码的特定片段，并将其用作结合DNA和打开或关闭基因的着陆点。
研究表明，这部分具有独特的人类功能的转录因子，属于快速进化的一类，这类转录因子与DNA结合在一起。虽然它们的作用仍然是一个悬而未决的问题，但通常具有更多样化转录因子的生物体也有更多的细胞类型，转录因子促使细胞以新的方式组合在一起，形成更复杂的身体。而且这些转录因子中有一些可能还与我们的免疫系统和大脑有关联。
意大利米兰“住院病人治疗和研究中心”的科研人员找到了病毒如何改变人类进化历程的证据。
意大利科研人员检测来自不同国家的52个民族的人类基因，在139个基因组中发现了400多种不同的变异，这些基因变异对人们是否容易感染病毒至关重要。
感染多种不同病毒人种的基因变异会更多。研究人员还表示，这139个基因组在人类的进化过程中被挑选出来，其中某些基因会使得人类更容易或更不容易感染病毒。
由于人类和果蝇的基因相似度为61%，因此果蝇经常被用作人类基因科研的小白鼠，科学家在对果蝇进行实验和观测后，发现其独有基因的进化速度是其它基因的三倍之多。那么对照人类的独有基因来说，进化速度可能远远超过三倍。
这些变异的独有基因也是由其它基因复制而成，可是在形成之后，它们会快速的进行演变，最终与源基因相似的特征将全部消失。
因此人类基因组中有多少是来自于病毒变异之后的DNA还有待研究，但不可否认的是病毒确实加速了人类的进化速度。
病毒
哺乳动物的胎生来源于一种病毒基因
一种病毒基因在恐龙还统治着这个星球的时候，给人类以及所有真兽亚纲动物的祖先，带来了胎盘。它编码的蛋白质仅由胎盘中的细胞制成，这种病毒蛋白称为Syncytin（合胞素）。而制造合胞素的细胞只位于胎盘与子宫接触的地方。它们融合在一起，形成一个单细胞层（称为合胞体滋养细胞），这对胎儿从母体中吸取营养是至关重要的。合胞体允许病毒将宿主细胞融合在一起，以便它们可以从一个细胞传播到另一个细胞。也就是说蛋白质从母体进入胎儿需要经过病毒的允许。
合胞素的发现改变了我们看待人类这个物种进化的方式。其实我们和病毒一直在交换着 DNA，也可以说我们一直被某种病毒所控制。
所以说，胚胎时期的我们更像是某种病毒的后代。
病毒入侵
病毒与人类基因的“亲缘关系”
人类的基因组曾经遭受逆转录病毒的多次入侵，最终人类把它们俘获同化，封存在我们的身体里。
不敢想象那些逆转录病毒和人类祖先的大战是什么样的情景，人类的祖先一定遭受到了不可想象的灾难爆发，有可能像大面积 HIV 爆发吧。
不过说真的，到底是我们的祖先赢了，还是这些病毒的残部赢了，真不好说。我们自以为聪明地驯化了病毒，利用它们传宗接代。但从病毒的角度讲，人类或许就像中了挖矿病毒的机器，消耗自己的 CPU 为别人跑程序而已。
不同生物体内大部分的基因都来自于几个大的基因家族，而且每个基因家族都有悠久的历史，以脊椎动物眼睛里的视蛋白基因为例，从软体动物到昆虫，乃至哺乳动物的体内都有与人类相似的视蛋白，它们都源于几亿年前某个共同祖先的一个基因。
基因在各类物种之间的同源性，对地球上所有生命的演化都产生了深远的影响，所有现存生物的基因组中都有相互镶嵌的痕迹，而这类进化正是由
病毒充当了载体的角色。耶鲁大学教授-知名科普作家卡尔-齐默在《病毒星球》中写到：在进化史上最近的瞬间，人类才脱颖而出，病毒对人类的进化功不可没，原本就没有什么“它们”和“我们”之分，生物在本质上只是一堆不断混合，不断闪转腾挪的DNA而已。
结语
如果达尔文再多活一百年的话，当他看到病毒参与了人类的进化，并且起到了至关重要的作用时，那么达尔文对人类的起源一定会有更加全面的认识，最终他会给我们一个人类起源谜题圆满的解答。
