在《三国演义》中，华佗被曹操所杀，曹操有头痛病，华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻肺汤”(按：也就是人们所熟知的“麻沸散”，是华佗发明的一种麻醉剂)，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。
多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，而华佗所著的《青囊书》也因此失传。
小说家之言不能能正史看，那么在历史上，华佗是怎么死的呢？
华佗是历史上的名医，这众所周知，但是华佗本不是医生，而是士人，他是半路出家为医，虽然以医术精湛而名闻天下。但是， 在中国古代社会里，“万般皆下品，唯有读书高”和“学而优则仕”是众多读书人的信条。华佗所生活的东汉时期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高，名医弃医从政的例子很多。 《三国志》记载，“然本作士人，以医见业，意常自悔”，一语道破了华佗走上从医道路以后的心态。同当时大多数读书人一样，入仕做官也是华佗的人生目标，从医只是他的“业余爱好”。
华佗想走仕途这并没有错，水往低处流，人往高处走，但华佗错在利用医术谋求官职，暴露了没有医德的弱点，最后葬送了自己的性命。
曹操屡次手书招呼，又敕令郡县发遣，而“（华）佗恃能厌食事，犹不上道”。曹操遂“大怒，使人往检”，但是他还是小心地先求证了一下，没有就此给华佗定罪：“若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日；若其虚诈，便收送之。”于是华佗谎言被揭穿，下狱。
在华佗下狱后，曹操手下的头号谋臣荀彧为华佗求情，说：“佗术实工，人命所县，宜含宥之。”而曹操不从，并说：“不忧，天下当无此鼠辈耶？” 显然,曹操认为,像华佗这样的人有的是,不足珍贵。
作为一个医生，把为病人治病当作一个走上仕途的手段而故意拖延并以此为要挟，华佗此举实在是有损医德，是可称为无良医生，曹操对他看不起，当是在情理之中。
所以在华佗死后，曹操头风病虽然还是时时发作，但亦终不悔，并道：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”此话一针见血，道出了华佗的心思和华佗被杀的原因。可叹华佗一代神医，医术固然一流，却错估曹操，一世英雄如曹操岂是轻易被威胁的人？