17世纪初，蒙古族分为三大支：漠南、漠北和漠西。和清朝关系最好的是漠南蒙古，也就是今天的内蒙古；关系一般的是漠北，就是今天的外蒙古；关系恶劣的是漠西蒙古，也就是新疆的蒙古族。
漠西蒙古又分出四大部落，准葛尔部、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特部，最强大的是准噶尔部。准噶尔部相继打败了杜尔伯特、和硕特，土尔扈特迁徙到了俄罗斯顿河与乌拉尔流域。噶尔丹即位后，准噶尔帝国达到顶盛。
噶尔丹是也先的后裔，巴图尔珲台吉第六子，被西藏黄教定为温萨四世活佛。噶尔丹先后征服了哈萨克、叶尔羌汗国后，决心侵略大清。康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵3万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀。喀尔喀三部首领仓皇率众数十万分路东奔，逃往漠南乌珠穆沁一带，向清廷告急。于是康熙决定御驾亲征，率清军在内蒙古的乌兰布通与噶尔丹进行了决战。噶尔丹将万余头骆驼缚足卧地，背上加箱笼，蒙以湿毡，构成"驼城"，依托箱垛，发射弓矢、火器。清军集中火炮进行轰击，在大炮面前，驼城血肉横飞……这是噶尔丹出道以来第一次惨败。
噶尔丹败后，叛乱之心不死，他又以科布多为基地，招集散亡人员，重整旗鼓。1695年，噶尔丹与清军战再于昭莫多，这次噶尔丹不走运，和妻子双双被击毙。外蒙古从此并入大清。
噶尔丹死后，他的大侄儿策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。这货也是一个野心勃勃的首领。他在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派大策零敦多布攻陷西藏，杀死拉藏汗。康熙命皇十四子允禵为抚远大将军，一举荡平了大策零敦多布所部，于是西藏解放。
雍正登基后，与策妄阿拉布坦签定了边界条约，规定以外蒙古杭爱山为界：以西属准噶尔，以东属大清。
然而，策妄阿拉布坦一挂掉，其子噶尔丹策零继位，又开始叛乱。雍正九年（1731年），清朝出兵平叛，噶尔丹策零派卒骗清军称，准噶尔有一支孤军在察罕哈达，引诱清军离开科布多大本营，深入到瀚海之中，然后围歼。傅尔丹不知是计，挑选精兵万人，沿科布多河西进，结果在博克托岭、和通泊等处中了埋伏，损失惨重，仅存2000余人退至科布多。
噶尔丹策零又亲率兵3万，攻掠喀尔喀首领哲卜尊丹巴领地，清廷派驸马策凌率兵驰援。八月初，策凌突袭准噶尔军营地，追至杭爱山南麓时，道路狭窄，光显寺横亘于中，噶尔丹策零大军不易通行，清军设伏兵万余于山侧，再次大败准噶尔军，斩首万余，噶尔丹策零率残部乘夜突围。此战后，准噶尔部元气大伤。
乾隆初，清廷和噶尔丹策零议和，双方划定牧场，息兵罢战。
噶尔丹策零挂掉后，策妄阿拉布坦谋臣大策凌敦多布之孙达瓦齐在姑父阿木尔撤纳的帮助下夺得准噶尔汗位。得到汗位后，达瓦齐和阿睦尔撒纳翻脸，互相攻伐，阿睦尔撒纳战败，率残兵2万降了清朝。但达瓦齐荒淫无度，导致众叛亲离，厄鲁特蒙古多个部落先后归附清朝。准噶尔的内乱使乾隆皇帝决心完成西北统一大业。
乾隆二十年（1755年）二月，清朝发兵5万，兵分两路，直捣伊犁。准噶尔各部落纷纷配合清兵，达瓦齐不战而败，仅带亲信七十余人逃往天山以南，投奔乌什，结果被阿奇木伯克霍集斯擒获后送交清军。
达瓦齐被押至北京后，乾隆鉴于达瓦齐对清朝并无恶意，于是封他为亲王，入旗籍，赐地。又封阿睦尔撒纳为双亲王，食双俸，并加封为辉特汗。但阿睦尔撒纳并不满足，他是觊觎准噶尔汗位，于是不久又聚众叛乱，将清将兆康击败。这一下把乾隆皇帝彻底惹恼了！给准噶尔带来了灭顶之灾！
乾隆二十二年（1757）春，清兵从巴里坤等地分路进击，攻势凌厉，加上准噶尔地区瘟疫流行，叛军很快溃败，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，九月得天花身亡。最后俄国交验了阿睦尔撒纳的尸体。
叛军一败，清兵开始血洗准噶尔。因为乾隆认为准噶尔人反复无常，不可教化，出兵前就下了大屠杀命令，“必应全行剿灭，不得更留余孽”，“此等贼人，断不宜稍示姑息”，“此次进兵非同一般，各将厄鲁特彻底剿灭，永绝根株”，“大兵进剿，厄鲁特等自必畏罪投诚。如有前赴巴里坤者，即将伊等头目先行送赴京师，所属人众亦随即移至内地过巴里坤后，其应行剿戮者即行剿戮。所余妻子，酌量分赏官兵，母得稍存姑息”，“如稍怀叵测，即移至巴里坤，再令移入肃州，即行诛戮”。简单地说就是，除了女人分赏官兵之外，男人全部杀光。于是几十万准噶尔人死于清军的屠刀之下，鲜血染红了厄拉特草原，准噶尔人遭到了灭族之灾，数千里之内，绝无一人，只剩下一个空荡荡的准噶尔盆地。当年成吉思汗天下无敌，嗜血好杀，屠杀了几千万人，他万万没想到金国后裔也给他的后代来了一次大屠杀。
随后清兵又征服了天山南路的小白帽“大、小和卓”，从此天山南北皆并入大清版图。由于这是征服的新疆土，故称为“新疆”。