明朝万历十年（1582年），辅佐明神宗朱翊钧十年、权倾朝野的太师兼太子太师、吏部尚书、中极殿大学士张居正去世，之后朝堂上就出现了反对他的声音，明神宗也借此惩罚了张居正和他的家族、门生故吏。
张居正的盟友、大太监冯保被抄家贬斥后，还有御史继续参劾张居正，想要皇帝对他进行更大的处罚，但明神宗没有同意，原因是“侍朕冲龄，有十年铺理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
但这一态度并没有持续下去，到了明朝万历十二年（1584年），明神宗再次对张居正家族实施了进一步惩罚。
悦史君认为，有三大因素影响了明神宗，一是他的生母慈圣皇太后李彩凤，虽然之前非常信任张居正，但张居正多次阻挠慈圣皇太后修殿设坛、秋后大赦，而且还在劣质棉布事件后申饬慈圣皇太后的父亲武清伯李伟，直到张居正死后，李伟才被晋封为武清侯，这些旧事不能不让慈圣皇太后对张居正有嫌隙。
还有一个就是张居正的政敌、前任内阁首辅高拱的遗著《病榻遗言》刊印，里面详细写明了自己跟张居正等人的矛盾，以及张居正与冯保等人勾结，欺瞒明神宗和慈圣皇太后。
高拱首先指出，他曾想在第一时间把冯保拿下，因为这个人贪得无厌，而且还愚弄文武百官，但冯保在高拱行动前，勾结张居正把他贬斥回乡，这完全是曲解了他的意思。
还有就是王大臣事件，明神宗登基没多久，一名叫王大臣的男子假扮太监，进入皇宫，很快就被侍卫抓获，冯保等人审讯后，认为王大臣是高拱派来谋刺明神宗的，但在多位大臣的营救下，张居正替高拱说情，最终王大臣被斩，此事不了了之。
高拱提出王大臣是戚继光手下的士兵，而戚继光跟张居正的关系非比寻常，冯保等人为了掩盖事实，故意教王大臣编造假口供，诬陷高拱，张居正则企图把案件坐实。但王大臣在审判官的讯问下翻供，冯保为了掩盖真相，逼王大臣喝了哑药，这样就只有王大臣一人被处理，其他人都得以相安无事。
当时，这件事的知情人大多已经去世，明神宗曾有心重新调查，但被劝止，但张居正在他心目中的形象更差了。
最后一个是辽庶人妃控诉张居正，说当年辽王因与张居正有怨被废，辽王府的财宝都进了张居正的口袋，应该将他抄家，这算是欺凌皇家子孙了，明神宗当然不能忍。
官员们还在继续揭发张居正，这次就上升到了谋朝篡位，说戚继光的军队就是张居正的凭恃，具体表现就是应天府乡试曾有“舜亦以命禹”为题，这是暗示张居正可以接受明神宗的禅让；还有就是有人称许张居正有人主气象，张居正笑而不语，这真是大有问题。
明神宗并不相信张居正会谋反，但他反感的是张居正自比伊尹，伊尹是商朝权相，曾废黜成汤无道的孙子太甲，自己当了商王，三年后才让悔过的太甲继续为王，明神宗对这样的事情不寒而栗。
于是，张居正死后两年被抄家，活着的亲属全部被抓，由于查扣的财物只有约白银10万两，官员们继续对张居正的长子张敬修“追赃”，张敬修招供还有白银30万两，但当晚就自杀了。
这次悲惨的抄家导致张居正家属死了不少，在朝臣劝阻下，明神宗按下了停止键，给了张居正的母亲一所空宅和1000亩田地作为赡养，但对为张居正说情的官员进行处罚。
张居正最后的罪状被定为：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，籍制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，虽然没有惊动地下，但他的家人被发配充军，命运进一步恶化。
至此，明神宗真正大权独揽，但他也厌倦了朝臣争斗，这导致了后面20多年的怠政，对明朝的衰落起到了非常恶劣的影响。