秦始皇作为中国封建史上的第一位皇帝，人们对他的评论总是褒贬不一，其中最为后人诟病事件之一的就是在他在位期间，他做了一件冒天下之大不韪的事——焚书坑儒。但是其中的真相真的如同史书中记载的那样吗？
秦始皇三十四年焚书令被下达，但是焚书令的所有内容实际上是由李斯提议的。除了秦的历史记录外，李斯要把史官所存的文书全部烧掉。他认为只有秦的记录是有用的，过去战国六国的史记、古代夏商周三代王的记录等等对现实的政策都没有价值。另外，李斯允许博士官收藏书籍，但民间所藏的诗（《诗经》）、书（《尚书》）、百家之书全部都要交到郡守府，由郡尉统一焚毁。李斯虽然认为博士可以各自学习诸子百家，却担心他们向外散播政治言论。
但是在焚书的过程中儒家的书籍并没有全部被烧掉。在汇集各国歌谣的《诗经》中，夹杂着微妙的政治讽刺，李斯担心这些可能会变成对秦朝政治的攻击。《书》是赞美古代帝王的记录，它汇集了从五帝到夏商周三代帝王的历史。赞美古代政治就是对当今政治的批判。李斯因此建议，两人以上集会议论《诗》《书》者要判处弃市刑（在市场上斩首示众的死罪）。在人群面前斩首示众是极其严酷的刑罚。“以古非今”者一族都要被杀死。官吏如果知情不举，让罪犯逃走，也要被判处同样的罪名。自法令下达日起，三十日内仍不烧毁禁书的，要被处以用墨刺字的“黥刑”，送到边境服筑城的劳役。而医药、卜筮、种树之书（农书）并不在焚书的范围中。如果有人想学习法令，就必须以官吏作为自己的老师。秦始皇同意了李斯提出的焚书令议案。他征发多达八十万人进行战争，虽然表面上看似驱逐了蛮夷，但实际上国家的负担很大。李斯的提案就是要压制批评战争的言论。
焚书令颁布的第二年也就是秦始皇三十五年，秦始皇把咸阳诸生中蛊惑百姓的四百六十余人挖坑活埋了。把这个事件称作“阬儒”的，是已将儒学立为王朝统治思想的东汉人，《史记》中写作“阬术士”（阬是本字，也写作“坑”）。实际上被坑杀的对象并不只是儒者，而是包括儒者在内的诸生。诸生中有继承孔子学问的人，但并不限于这些人。坑儒并不是为了打压孔子学说本身，而是要将战时体制下挑动人民不安情绪的人绳之以法。不可否认的是，这是残忍的行为，但事实的真相与通常人们对“焚书坑儒”的印象有很大的差异。