义熙十三年(417年)9月，太尉刘裕入长安。下令将后秦诸公卿尽数处死，送姚泓至建康处斩。将长安的珍宝珠玉遍赐将士，率北伐众将士拜谒汉高帝刘邦的陵寝，大会文武于故汉未央宫。
长安、洛阳皆已收复，刘裕准备迁都洛阳，来经略北方，王仲德劝谏道：“这种大事必然导致朝廷震动，如今大军征战在外已经一年多，将士们都思念家乡，迁都之议恐怕不行。”刘裕又退一步，准备留在长安，整顿军队，为彻底稳定关中与讨伐北魏做准备，但是他接到了自京口举义旗以来最大的噩耗：刘穆之病故。
刘穆之卒。太尉裕闻之，惊恸哀惋者累日。
惊恸哀惋，极度的震惊和悲哀。刘裕知道，自己一生的功业，到此为止了。
刘穆之对刘裕来讲，是一个特殊的存在。自京口举义旗之后，刘穆之便进入刘裕幕府，此后，讨桓玄、征南燕以及历次征伐，只要刘裕出征，刘穆之或者“事无大小，一决穆之”，或者“总摄内外”，为刘裕调度军需物资，实在是最重要的下属，当仁不让的二把手。
前文曾经讲过，刘裕虽然权势已经位极人臣，但是东晋朝廷的士族门门阀内心里是看不起他的。刘裕一直有着深深的自卑，而刘穆之从一举一动开始教起，使得刘裕的所作所为符合当时士族的礼仪。刘裕的字写得极为难看，刘穆之便告诉他：“写字虽然是小事，但您身居高位，所写之字定然会流传甚广，需要稍加留意。”刘裕却依然写不好，但是由于害怕别人嘲笑，就更想改变字迹，刘穆之建议说：“既然练不好，那写字的时候便写大一点，字大，可以隐藏一些缺点，而且显得有气势。”自此之后，刘裕批复公文的时候，一张纸通常就只写六七个字，嘲笑的声音也渐渐少了。后来刘裕回忆起来这些事情的时候说：“穆之死后，人轻易我。”刘穆之的去世不光从政治上带给了刘裕巨大的打击，更大的影响可能来自心理。义熙十三年的刘裕已经54岁了，而刘穆之去世的时候是58岁。两人年纪相差不大，而刘裕此时最大的儿子，世子刘义符，年仅11岁。自己的位置十分尴尬，退一步为守藩之将，不说朝廷答应与否，多年南征北战的将士是肯定不会答应的。只有进一步登基称帝， 方才符合整个北府军团的利益。可是此时功绩已足，但若要称帝，还需一些部署，刘穆之突然病故，要是自己再不幸身亡，则根本无人可以继承事业，也是无人可以托付的。在多种因素的影响下，刘裕决定，撤军。
萧相守关成汉业，穆之一死宋班师。赫连拓跋非难取，天意从来未易知。
刘裕留次子刘义真为都督雍、梁、秦州诸军事、安西将军、领雍、东秦二州刺史。以长史王修辅佐，王镇恶、沈田子、毛德租、傅弘之领兵协助。
东秦州。这一行政区划的命令下来，陇右流亡到此的汉人们都明白了刘裕的意思，短时间内不会再西进了。但是紧接着，长安的民众听闻大军即将东还的消息，彻底慌了神。三秦父老闻裕将还，诣门流涕诉曰：“残民不沾王化，于今百年，始睹衣冠，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅，舍此欲何之乎！”
众多民众到军营哭诉：“我们在胡人的统治下，百年未见汉人衣冠，所以朝廷军队到来之时，人人称贺。长安的陵寝是朝廷祖宗之坟墓，长安的宫殿是朝廷当年的宅邸，如今舍弃这些却要去哪里呢？”刘裕听闻之后，甚是痛心，但局势如此，不得已而东还，于是下书告诉民众说：
“受命朝廷，不得擅留。诚多诸君怀本之志，今以次息与文武贤才共镇此境，勉与之居。”
借口而已。谁人不知，此时刘裕要是往西，朝廷是决然不敢往东的。崔浩的话，一语成谶：“刘裕之平祸乱，司马德宗之曹操也！”义熙十三年(417年)12月，在停留关中3个月后，太尉刘裕自长安出发，由洛水入黄河，从疏通开的汴渠东归。
祖宗遗愤，雪于一旦，最终，也毁于一旦。