甲狀腺結節的處理方式因結節的良惡性、病理類型、臨床症狀等不同而有所差異。
良性甲狀腺結節可以選擇隨訪觀察、藥物治療、手術切除、微創消融治療等，惡性甲狀腺結節則以手術為主，可以輔以內分泌治療、放射治療等。
結節性甲狀腺腫以及炎性甲狀腺結節在糾正碘缺乏、治療甲狀腺炎症之後多數就會消退了。單發性實質甲狀腺結節需要依據甲狀腺核素掃描協助診斷，如顯示熱結節，惡性可能性較低，可以採取臨床觀察，但是顯示為熱結節，則惡變可能性高，需要採取積極手術治療。多發性實質甲狀腺結節，需要藉助B超級血清學甲狀腺功能。如果有條件的情況下可以選擇細針穿刺活檢判斷腫瘤性質，如果查出良性腫瘤，只需積極治療原發病即可，如果惡性，需要積極手術治療。甲狀腺結節較大出現臨床上的壓迫症狀，如壓迫氣管或者神經，出現胸骨下甲狀腺等，這種情況下需要積極手術治療。甲狀腺囊腫惡變概率非常低，不需要進行特殊處理，可以隨訪觀察。甲狀腺腺瘤有10%惡變的概率，部分合並甲亢，還是需要採取手術治療，可以切除腫瘤或者切除部分腺葉。甲狀腺癌需要根據病理類型、周圍侵犯、淋巴結轉移等情況選擇合適的術式進行手術治療，還需要結合內分泌治療、放射性核素治療以及外放射治療等。手術切除
第一個是留疤，擔心美觀程度。
第二個從後期恢復來講，如果是動手術的話其實是要長期服藥，補充甲狀素。因為甲狀腺被切除掉，這樣的話你的甲狀腺功能就會跟不上，所以後面要終身服藥。
患者的甲狀腺結節一旦可疑為惡性，活檢進一步證實後，應儘早採用手術治療。一般會選擇甲狀腺的切除手術，其中又分為全部切除和部分切除。也有部分病情特殊的患者可能會採取非手術治療。
微創消融治療
超聲介入微創消融治療甲狀腺微小癌是一項新技術，就是利用一根細針經過皮膚穿刺到甲狀腺結節的病灶內部，然後針尖可以發熱，利用這個熱量把腫瘤殺死。這個殺死的腫瘤會被人體的吞噬細胞吞噬掉。所以這個腫瘤會逐漸縮小，最後消失。
微創消融治療具有超微創、皮膚無疤、不損傷甲狀腺功能，術後康復快、無需終身服藥等優點。
雖然消融治療有諸多優點，但應用需要有指徵：
良性結節有手術適應證者首選手術治療。有手術禁忌或患者強烈拒絕手術治療。結節穿刺病理為良性病變者可以考慮消融治療。患者在發現甲狀腺結節之後，需要儘快到醫院就診。就診後一般需要常規檢查甲狀腺功能以及甲狀腺超聲。其中甲狀腺功能檢查能夠直接判斷甲狀腺功能是否存在異常，B超檢查是協助判斷甲狀腺結節良性還是惡性腫瘤首選的方法。患者的檢查結果一旦考慮是良性腫瘤，根據情況選擇手術治療或監測隨訪。