PS：排名不分前後，不計入傳說寶可夢。
NO.1 天然鳥
NO.2 古空棘魚
古空棘魚這隻寶可夢從出生開始就長著一副長者臉，也不知道以後會不會有退化或者進化的形態出現，但古空棘魚確實也是一種神秘的寶可夢，原因就在於其是已經存活了一億年的寶可夢，存在於世的壽命比其它的寶可夢要長得多，比起其它的遭遇滅絕的化石寶可夢來說要幸運得多，誰也不知道古空棘魚是如何存活至今的，這條長者魚因為身上的花紋極其像地圖，因此也被玩家稱為地圖魚，甚至在三代是打開石室的重要寶可夢之一，因此也是屬於神秘的寶可夢的一員，據說野生的古空棘魚非常罕見，因此非常受歡迎。
NO.3 花巖怪
花巖怪應該是四代除了傳說寶可夢之外最具神秘色彩的一隻寶可夢了，在圖鑑上有這麼一句話描述了花巖怪——108個魂魄聚集在一起生成的寶可夢，被綁縛在楔石的裂縫裡。而這108個魂魄因為身前做了壞事，所以才會被束縛住，那麼意思就是說，如果圖鑑的說法屬實的話，那麼花巖怪可能根本就不是什麼寶可夢，而是人類的魂魄的聚合體——生前做足了壞事，是人類的幾率實在太大了；也有說法認為，花巖怪會聽取訓練家的話其實根本不是服從訓練家，而是暫時待在訓練家時間，尋找解開自己封印的機會。
NO.4 死神棺
NO.5 未知圖騰
未知圖騰雖然在對戰上沒有什麼作用（什麼？你的意思是未知圖騰有對戰價值？），但那是因為對戰最多也只能選擇六隻未知圖騰，如果未知圖騰並不侷限於只能最多選擇六隻的話，那麼對戰誰輸誰贏就不一定了，未知圖騰的力量來自於群體，一旦離開了群體就會變得十分脆弱，但是群體在一起的話就可以發揮令人難以置信的力量，甚至是可以憑空創造出事物（跟胡帕不同，胡帕是召喚，未知圖騰是創造），在劇場版中甚至創造了神獸炎帝以及一座巨大的水晶宮殿，可以說是非常可怕了，因為其神秘性，未知圖騰的力量到現在依然成謎。
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