元太祖的第十七世孫子名為俺答汗，孛兒只斤氏，又名索多汗、名包·格根也就是大元汗（達延汗）的親孫子孫，也是蒙古族右翼土默特萬戶的重要首領，另外他還是頗負盛名的政治家、軍事家。1542年間，其兄長麥力艮濟農逝世後，右翼三萬戶的中心轉至土默特，而這右翼三萬戶事實上的首領卻是阿勒坦成。但是在俺答汗的率領下，蒙古右翼土默特萬戶駐紮至古豐州川，而且實力日漸強大，逐步發展成為當時右翼蒙古中最有力量的萬戶，緊接著豐州川被習稱為土默川。
當然還有其他萬戶的存在，但是有且僅有一個萬戶的做法讓其他萬戶厭棄，那便是兀良哈。兀良哈萬戶地處偏北方，每當蒙古向南對明朝邊境發起進攻時，兀良哈萬戶就乘機在背後侵襲另外一些蒙古萬戶，這讓被襲擊的萬戶門對兀良哈萬戶更加憤恨，因此，兀良哈便成為其他萬戶集體徵討的對象。到了1583年，其他萬戶在忍受中爆發，把兀良哈萬戶給擊潰了，將其收入。蒙古大汗博迪汗封阿勒坦為索多汗（此為護衛汗庭的小汗之意，與蒙古大汗有原則性的區別），這是阿勒坦稱汗之始。
到了16世紀中期，俺答汗作為的右翼蒙古的首領帶領著他們順利徵得青海蒙古及青海湖周圍的土著部落，並將一部分將士留下在此駐牧，青海湖上廣袤的草原成為蒙古的新牧場。16世紀後期，俺答汗還不止一次兩次討伐瓦剌。土木堡之變以後大明朝不僅僅丟掉的是河套地盤，而且在那之後很多漢族農民都散亂的投奔蒙古。之後大明即將要滅亡之際，張家口出塞，再至後套，到處都是漢族村莊。胡化漢人日多。俺答汗還著有列傳《阿拉坦汗傳》。
俺答汗不僅恢復了土默川的經濟而且還在更大程度上發展了它。在“俺答汗封貢”之前，為了能夠衝破明朝在經濟上的禁錮，解決僅有的遊牧經濟難以滿足自我需要的問題，於是俺答汗決定開始發展土默川的農業生產。在那個時候從事農業生產的基本上都是從山西等地逃入蒙古的漢人和蒙古虜獲的漢人，所以到了16世紀七八十年代，農業的發展基本解決了使漠南中西部地區的糧食問題。與此同時手工業也漸漸地有所發展，俺答汗按照失去的大都修建新的城市，建成後，新城被當地人稱作“庫庫和屯”，意思就是“青色的城”。後來庫庫和屯城發展成為蒙古草原政治、經濟、文化的中心。
俺答汗在重建蒙藏關係上還有著一定的貢獻，俺答汗想要和西藏宗教搞好關係。就在1578年，蒙古正式接受了格魯派藏傳佛教，俺答汗贈給索南嘉措“聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛”稱號，除此之外他還向上追認了兩世，自稱為三世達賴，俺答汗還獲得了“咱克喇瓦爾第徹辰汗”稱號，兩人都給予雙方最至高無上的稱號，以示友好和對雙方的尊重，至此蒙藏關係在新的環境下又再一次友好的建立了起來。
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