1865年，一個浩罕國的軍閥阿古柏.伯克，趁清朝對付太平天國的機會，侵入中國西北部。在英國和俄國的支持下，幾年後他在新疆大約100萬平方公里土地上建立了一個叫“洪福汗國”的偽政權。阿古柏的建國，讓侵略成性的沙俄看到了機會，沙俄一方面承認阿古柏的政權，另一方面藉口保護在中國的商業活動，出兵侵佔了新疆商業重鎮伊犁及其周邊土地。
1873年，剛剛平定了捻軍起義的左宗棠準備進疆平叛。但在這個時候，日本人又開始找事。這一年，日本政府藉口54名船員在臺灣被土著人殺死，決定出兵遠征臺灣。福建船政大臣沈葆楨被任命負責守衛臺灣，他認為以日海軍的實力，臺灣很難防守，建議朝廷以談判為主。可是日本人咄咄逼人，不願談判。這就讓清政府內部產生了爭論：是進行一次大膽的海上計劃，還是來一場長途跋涉的陸地決戰。 其實經過十年洋務運動，清政府也認識到了海軍的重要性。恭親王奕欣對慈禧就清朝海防孱弱表態：如果我們還是這樣隨波逐流，不奮起直追，將會面臨更大的麻煩。洋務運動的領袖李鴻章曾向慈禧提議建設一支擁有四十八艘艦船的強大海軍，分成三個中隊佈置在海岸線的北、中、南三個方向。現在面對海防和路防之爭，他認為：1北京離海岸近，離新疆遠。2新疆土地貧瘠，不值得花費氣力收復。3新疆周圍盡是強鄰，不易固守。4加強海防不是放棄新疆，是保存實力以待捲土重來。他認為日本威脅最近，請求慈禧取消在新疆的戰役，把錢移到建設海軍上來。 
路防代表人物左宗棠明確反對李鴻章，他認為:俄國領土與中國接壤，既能進攻中國內陸，又能在海上威脅京師，不僅追求商業利益，還對中國有領土要求，因此俄國是心腹之患，日本只是肢體之病。左宗棠和李鴻章說的都有道理，清政府也難以作出決定。正在這時，有英國公使威妥瑪表示願意出面在中日之間調停。於是1874年9月10日，中日兩國在北京談判，雙方達成協議：中國向日本賠銀50萬兩，承認日本對琉球的主權。 
了結了和日本的糾紛後，清廷在1875年4月23日任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。左宗棠早已做好了出軍準備，一到新疆，打的阿古柏軍節節後退。半年後，阿古柏向英國求救，不等倫敦傳來消息，他已經兵敗自殺身亡。阿古柏的兒子領著一些殘兵敗將逃到俄國，“洪福汗國”就此滅亡，新疆大部被收復，只剩下俄國人佔領的伊犁。清軍在新疆的速戰速決給了俄國不小的震動，再加上俄國不久前才和土耳其大戰過一場。於是清政府和俄國就伊犁的歸屬進行了談判，半年後，雙方達成協議：清朝賠償俄國900萬軍費，俄國歸還中國伊犁，這場嚴重的邊疆危機終於解決了。
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