支付寶對接的是貨幣基金（升級前是天弘餘額寶，升級後與博時現金收益貨幣A和中歐滾錢寶A三大貨基並行），因此其收益與貨幣市場和相關貨幣工具有著緊密的聯繫。
1、提高了現金比例，導致收益降低。餘額寶從去年四季度到今年一季度，現金資產從56.65%升至61.03%，總資產從15806.95億元升至16950.87億元。我們估算一下，總資產取個平均，就是16378.91億元，新增了4.38%的現金資產，債券比例少了3.2%。也就是說大約有717.4億的收益水平下降了，其中大部分的收益是從債券水平降到了存款的水平。好比你賣掉本來有較高收益的債券，得來的錢去存銀行吃利息一樣。
有人說從去年四季度到今年一季度，餘額寶的收益率總體還是有些上升的，這怎麼解釋？很明顯，餘額寶是用攤餘成本法來計算每日收益的，從去年到現在餘額寶新增了不少資金，即使在現金比例增加的情況下，由於資金基數大，對沖了現金比例提高所帶來的收益損失，收益率短期依然會上漲，但之後在基數大、現金比例高兩個條件下，收益率下滑是必然的。
但基金經理肯定不傻，這麼做也是有原因的。提高現金比例是為了防止恐慌性擠兌，從而發生系統性風險。畢竟這種規模的資金幾乎相當於內陸一個省的GDP總量，發生任何動盪對於金融系統來說都是致命的。
2、分流後的大量資金需要立刻平攤成本，導致收益降低。這就像公司招新人一樣。剛招來的新人頭幾個月不可能立馬給你創造收益，但這幾個月你得發工資，這其實說的難聽點也是一種“損失”。同樣，餘額寶大量資金分流到博時現金收益貨幣A和中歐滾錢寶A，而這兩隻基金的規模只有30-40億的規模，大量的“新人”資金還沒建好倉，還沒創造收益，卻立馬要分攤原有基金的收益給新增投資者，可能這些新增資金可能是基金原有規模的一倍甚至更多。這種情況下，相對以前的較高收益就會被新資金平攤掉，收益率不降低才怪嘞！
3、出於壓縮規模考慮。在限存、搶購的這種遏制方法下，餘額寶從去年年底到現在，總資產依然環比增長7%以上，壓都壓不住。因此最簡單粗暴的方法，那就是降低收益率。與銀行不同的是，商業銀行只能說是“被”降低利率，而餘額寶則是主動降低“利率”。
4、監管層希望資金迴流到銀行、股市等，不希望資金過於集中。因為現在互聯網理財越來越發達，加上通脹，銀行的一般性存款會越來越少，股票說實話這行情也很難賺錢，但股市和銀行又是資金流入實體經濟的最直接渠道。通過一些措施降低餘額寶的收益率，也算是一種無奈之舉。所以，未來的餘額寶會越來越像市場上普通的貨幣基金，收益率不會太高，且波動更加頻繁。
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