《條例草案》生效後，廣深港高鐵香港段西九龍站將實施“一地兩檢”的通關程序，這意味著乘客可在西九龍站站內一次性地完成清關、出入境及檢驗檢疫的手續，從香港通過高鐵一站直達內地18個站點。
特區政府運輸及房屋局局長陳帆在立法會三讀表決前表示，“一地兩檢”的通關安排符合國家憲法及香港基本法，而廣深港高鐵的優勢及對香港的貢獻是鐵一般的事實。根據《條例草案》所訂明的內容，“一地兩檢”的通關方式不會改變香港特區的出入境制度，以及乘客進入內地辦理通關手續的權利及義務。他希望立法會議員以開放的胸襟親身體驗高鐵的便利。
為發揮廣深港高鐵的最大效益，香港特區政府2017年7月25日宣佈將在廣深港高鐵西九龍站實施“一地兩檢”的通關程序。
特區政府決定以“三步走”的程序落實“一地兩檢”。2017年11月18日，特區政府與內地在香港簽署了《內地與香港特別行政區關於在廣深港高鐵西九龍站設立口岸實施“一地兩檢”的合作安排》（下稱合作安排），啟動“三步走”第一步。全國人大常委會於2017年12月27日批准合作安排，完成“三步走”程序的第二步。
按照“三步走”程序的最後一步，香港應就“一地兩檢”進行本地立法。特區政府於1月26日公佈根據合作安排擬定的“一地兩檢”《條例草案》，並交由立法會進行本地立法。根據香港法律，完成香港本地立法程序需要立法會三讀通過。《條例草案》的首讀工作於1月31日完成，二讀工作於6月13日完成。
廣深港高鐵香港段始自香港西九龍站，全長26公里，由特區政府出資並委託港鐵公司規劃和建設，工程目前已完成99.6%。廣深港高鐵香港段列車已於4月1日起進入試運行階段，預計將於今年年內正式開通運行。（完）
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