1、三聖獸的前身
在圓朱市的燒焦塔中，150年前曾有三隻不知名的寶可夢在這裡被燒死，後來鳳王駕臨，用神秘的力量復活了這三隻可憐的寶可夢。復活之後，這三隻寶可夢的樣子發生了改變，成為了城都地區傳說中的三聖獸。看圖片中光影的樣子，你們覺得這三隻寶可夢原本是誰？
2、小剛的遭遇
在橘子群島旅行時，小剛因為內木博士及其助手不會照顧自己而留下來幫她們料理家務。後來卻不知道發生了什麼，小剛獨自一人回到了關都地區，並暈倒在去真新鎮的路上，最後被小智媽媽給帶回了家。從此，小剛對那段過往閉口不提，一旦被問起或者聽到了內木博士的名字，就立刻出現那副鬼樣子，口中還不斷念叨著不要再問我了。小霞猜想小剛可能是因為受到了失戀的打擊，可是小剛這個一路都在收到好人卡的失戀狂魔怎麼可能就這樣被輕易打擊到呢？這也著實令人好奇他的身上究竟發生了什麼。
3、GS球的秘密
GS球是一個神秘的精靈球，它裡面裝著什麼也沒有人知道。最初它在南國的內木博士手中，但她研究了許久也研究不出什麼所以然來，因此交由小智讓他將GS球帶給大木博士去研究，可是資深研究者大木博士對於這可精靈球也研究不出什麼答案，便讓小智把它帶去給精靈球製作大師鋼鐵先生，不過鋼鐵先生也是毫無頭緒。最後，GS球就留在了鋼鐵先生那裡，關於它的秘密也就石沉大海，再也沒有被提及。
4、小智的父親
小智的父親一直都是一個很神秘的人物，從未出場過，只是從小智母親的口中得知他是一位寶可夢訓練家，而且應該還是一位蠻厲害的訓練家。除此之外，再也沒有關於小智父親的相關信息，小智也從未提及過他父親的事情，甚至連小智家裡的照片中都沒有他父親的身影。因此，小智的父親極有可能在小智沒有出生或者小智還特別小的時候就過世了。再不然就是在外旅行，進行著苦行僧般的訓練。
5、達克多的剩餘四隻精靈球
在神奧聯盟鈴蘭大會中出現了一位神秘的神獸男達克多，從比賽開始，他統共就只派出過一隻達克萊伊，知道在準決賽遇上了小智，他才派出了他的第二隻寶可夢拉帝歐斯。最後他憑藉這兩隻寶可夢將小智的六隻全部幹掉了成功進入決賽，至於他剩餘的四隻寶可夢是什麼就不得而知了，會不會也是神獸呢？天知道。
6、謎擬Q的秘密
謎擬Q，畫皮寶可夢，身上一直披著皮卡丘形的破布而聞名。雖然它身披皮卡丘形的畫皮，但是它本身卻無比憎恨皮卡丘，總是想要置它於死地。武藏收服的那隻謎擬Q就對皮卡丘充滿了恨意，每當火箭隊與小智他們開打時，這隻謎擬Q就會失去控制，發了瘋似的瘋狂攻擊皮卡丘，將武藏的指令完全置之腦後。甚至在百貨商店見到了皮卡丘樣子的氣球，它都無法忍受，一定要將它們全部毀了才行。至於謎擬Q的這股恨意從何而來，我們則不得而知，此外，謎擬Q的真身也是一大謎團，就說見過謎擬Q真身的人都會染上怪病死去，所以沒有人知道它的真面目是什麼。因此，多次見到謎擬Q真身還活著的喵喵絕對是個幸運兒。
7、武藏母親的下落
武藏的母親叫做宮本，原本是火箭隊的高級幹部，後來不知所蹤。據說她是被火箭隊的老大派出去找尋夢幻，在她歷盡艱險找到夢幻後，試圖將它收服時，夢幻突然消失了。隨後同行的人只是在濃霧中聽到她的慘叫聲，從此之後宮本銷聲匿跡，沒有人知道她去了哪裡。
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