市面上售賣的發酵床可以分為兩大類，幹撒式發酵床、溼式發酵床。溼式發酵床需要加水提前發酵，養殖環境需求堅持一定溼度，溼式發酵床在不進行發酵的情況下，菌種處於溼環境中衰減較快，所以不宜空置較長時間。幹撒式發酵床將菌種與墊料混合後即可鋪入圈舍，無需加水無需等候，鋪設完成後即可立刻開端養殖，如果沒有糞尿進入墊料，就不會啟動發酵過程。因此，發酵床菌種類型的選擇，與對水分的需求控制，直接影響到發酵床的運行結果。
發酵床的運行結果除了與發酵床菌種的類型有關之外，與菌種的活力、通風狀況、日常維護等也是分不開的。
首先是發酵床的菌種活力與穩定性。因為豬的糞尿的分解就是靠微生物菌種的生命活動來完成的，微生物的種類、微生物活力的強弱、菌種數量的多寡及活性都是極其重要的。部分養殖戶會因發酵床的價格問題選擇雜牌的菌種，導致發酵床使用半年甚至三兩個月就不行了，損失的費用遠遠大於購買品牌發酵床的價格。金寶貝發酵床發酵劑含有十幾種有益功能微生物，功能活菌數在35億/克以上，菌種經過篩選、提純、復壯等多道工序，獲得國家正式發明專利，菌種功能強大，性能穩定可靠，操作簡單，維護方便。
再者就是發酵床圈舍通風情況。發酵床圈舍的通風透氣性直接影響菌種的活力和圈舍的水分、溫度等。保持圈舍良好的通風，一是可以及時排除發酵床產生的廢氣和水汽，二是補充豬呼吸和墊料發酵消耗的氧氣，三是在天氣熱時可以起到降溫的作用。
如果圈舍內密不透風或者通風強度不足，發酵產生的溼氣難以排出，會上升到屋頂凝結成水珠，再滴到發酵床墊料上，時間一長，墊料溼度過大，影響發酵床功能，甚至導致發酵失敗，豬不能正常生長或生長緩慢。可以通過天窗、地窗、引風機、翻倒、撬動，使發酵床的運行趨於正常化。
除此之外，發酵床養殖雖說是懶漢養豬法，但豬會出現扎堆集中排洩糞尿的情況，為了避免此處的菌種超負荷工作，需要人工把糞便進行翻攤，發酵床在為豬舍創造乾淨無臭優質環境的同時，也需要做好發酵床的日常維護管理工作，工欲善其事，必先利其器正是這個道理。
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