北印度在戒日王去世后复归割据。8世纪初建立的波罗王朝（Pāla）以巴特那为中心，雄踞比哈尔、孟加拉一带，势力一度到达中部的曲女城，其统治者崇信佛教，在那烂陀寺附近修建了欧丹多富梨寺（Odantapuri），在恒河沿岸又建立了超岩寺（Vikramaśila），规模甚至超过那烂陀寺。
这三大寺成为晚期大乘佛教尤其是密教的中心。根据西行求法僧的记述，这一时期佛教虽仍遍布全印，但情势已大不如前。西北方向的输出路线被伊斯兰文化阻断，伊斯兰大军日渐压境。同时，婆罗门教进入了印度教时期而日益强大，出现了商羯罗等一批大师，东部兴起性力派，南方风行虔诚运动，湿婆派及其支派则几乎流行于印度全境，对佛教产生很大冲击。佛教在衰落与边缘化的同时迅速密教化。
密教即秘密之教，有时也称怛特罗（tantra）佛教。怛特罗一词原有织机、丝线之义，后来用作“著作之相续”，密教文献即称为“续部”（tantra）。
怛特罗文化是雅利安文化之外一种古老的印度本土信仰，特重神秘体验，其早期表现形式为湿婆信仰，在吠陀时期已有体现。公元2世纪以后怛特罗文献和教派开始出现，在婆罗门教中逐渐形成了湿婆派，佛教也开始了密教经典的编写。怛特罗在本质上并没有鲜明的哲学属性，因此既可与婆罗门教结合，又可与佛教结合。至7世纪时，湿婆派的理论与实践已经系统化，其影响开始彰显，并被采入佛教。于是佛教进入密教阶段。
佛陀曾经明确表示反对或不鼓励咒术、神通等神秘主义元素进入佛教，却也允许用作禳灾、祛病、防护的目的。阿含类早期佛典就已含有真言或陀罗尼，据说部派时期的大众部和法藏部还曾结集有《持明咒藏》。到了大乘时期，真言和陀罗尼在经典中比比皆是，但还是辅助元素，未以独立形式出现，被称作“杂密”。
由于部派时期有《持明咒藏》的记载，不能说密教与小乘佛教没有关联，但密教哲学思想的主体框架是建立在大乘之上，或取材于中观的空性，或植根于唯识的心学，或杂糅以如来藏的本体而与吠檀多相通，只不过其仪轨行法与传统大乘迥然有异，是密教的不共之处。
依照藏传的分类法，密教的经典可分为事续（kriyā）、行续 （caryā）、瑜伽续 （yoga）和无上瑜伽续（anuttarayoga）四大部。这一分类也大体反应了密教的发展顺序。
事续出现较早，尚属杂密，包括《药师经》、《金光明经》、《摩登伽经》等一些带有密咒成分的大乘经，以及《佛顶尊胜》、《孔雀明王》、《不空罥索》等咒经。此部以解说事相为主，有外法仪轨，而无观行内法。
行续主要解说内在行持仪法，其代表经典是《大日经》（汉译《大毗卢遮那成佛神变加持经》），其内容不再是释迦牟尼对弟子的说教，而是由大日如来（Mahāvairocana，又译毗卢遮那佛）在金刚法界宫为金刚手秘密主等宣说，开显胎藏生曼荼罗，主张“菩提心为因, 大悲为根本, 方便为究竟。”《大日经》以身语意三密的修持方法为究竟法门，树立了即身成佛的教义，确立了大日如来的中心地位，标志着纯密的出现。
胎藏生曼荼罗
瑜伽续主要解说瑜伽观法的修持，其代表经典是《金刚顶经》初会，又称《真实摄经》，其成立年代比《大日经》稍晚，但也不迟于7世纪末，主要解说金刚界曼荼罗，阿閦佛（Akṣobhya）的地位凸显，宣扬大乐（mahāsukha）思想，开始转向左道而出现了性力内容。《金刚顶经》在北印度迅速流传开来，其后的密教又称金刚乘。其他瑜伽续还有《理趣般若》、《秘密名义仪轨》等经典。
金刚界曼荼罗
无上瑜伽续成立较晚，8世纪才开始出现，崇尚性力（śakti），特尊阿閦佛，修法包括生起次第和圆满次第，其中后者为此续所独有，自称最胜而无出其上者，故名无上瑜伽。此续主要包含大瑜伽续（mahāyoga）和瑜伽母续（yoginī）两类，西藏称为父续和母续，有学者依据印度文献主张将此二与前三并称五续。
父续也称方便续，重点解说修持方法，代表经典为《密集》（汉译称《秘密三业》），是最早的无上瑜伽续，此外还包括《大威德》等续。在父续的弘传过程中形成两大流派。智足派（Jñānapāda）由觉吉祥智（Buddhaśrījñāna，8世纪后半，尊称智足）开创，以超岩寺为中心，宝藏寂（Ratnākaraśānti）、莲花生、阿底峡等皆涉此系。
圣者派（Ārya）以龙树、提婆、龙智（Nāgabodhi）、月称等为代表，上述几位除龙智外，皆与中观论师同名异人。据传唐代来华的金刚智即是龙智弟子。母续又称智慧续，偏重修密所得之殊胜智慧，包括《喜金刚》、《胜乐》、《佛颅》、《大幻》、《大时》等续，阿底峡也是母续的弘传者。
密教后期10世纪时出现一支称为易行乘的独特教派，没有特定的经典，代表文献为《道把歌》（Dohā）。该派反对深奥的理论与繁琐的仪轨，主张自然天成、简便易行的解脱之道。有学者认为该派受到了中国道教的影响。
出现于11世纪的《时轮》也属于无上瑜伽续，自认超越父母续之上而称“无二续”，其中有体现佛教联手印度教对抗伊斯兰的愿望。这是印度密教的最后一个阶段，也称时轮乘。
善无畏、金刚智和不空于唐代开元年间从印度来到中国，并称开元三大士，弘扬行续之胎藏与瑜伽续之金刚界密法，其教法被称作唐密，后传入日本。
无上瑜伽部由于涉及男女双修的内容，未在汉地传开，却大行于西藏，形成密集、大威德、喜金刚、胜乐、时轮五大流派。
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