康熙元年（1662年）五月，占据台湾坚持反清复明的郑成功病逝。其弟郑世袭与其子郑经为争夺王位而火并。清廷趁机招抚驻守厦门的郑经，郑经交出了明朝敕命及玉印等。次年五月，郑经杀死郑世袭，台湾内乱平息。郑经向清廷请求仿照朝鲜、琉球藩国方式，占据台湾，永不登陆，不剃发，不改汉族衣冠，否则，虽死不降。
清廷内部对台湾郑氏一直存在着招抚和攻剿两种主张，福建水师提督施琅一贯主张以武力攻剿台湾。朝廷与台湾和谈失败之后，施琅上疏康熙帝，建议以武力进取台湾， 以杜绝后患，并就如何选练士兵、筹集船饷、海上指挥、攻战机宜等事提出全面意见。
施琅（1621~1696），字道侯，福建晋江人，原来是明朝的游击将军，后为郑芝龙手下左先锋，因为诛杀逃兵得罪了郑成功，被迫降清，任清朝福建水师提督。康熙三年（1664年），施琅与另几位郑军降将周全斌、杨富等人率水师，进攻台湾，遭遇台风退回。次年，再攻台湾，又遭遇台风无功而返。朝廷中许多王公大臣，因此对施琅的忠诚产生了怀疑，说他有亲属留在台湾，与郑氏旧恩未断。施琅这次上疏的结果是被朝廷召进京城面陈攻台方略。
施琅进京之后，又上了一道《尽陈所见疏》，详述武力统一台湾的方略。他提出“因剿寓抚”的策略， 即抚与剿并用，但侧重点在于剿，以剿促抚。剿抚都须根据具体情况，敌顺则抚，敌逆则剿，既然朝廷三番五次招抚无效，就应以武力征剿，以强大军事压力迫使郑经就抚。十分可惜，此时正值鳌拜辅政，竟将施琅奏章搁置一旁，非但不理，反而解除他的兵权，留在京师，授内大臣职，实际上是闲散供养。福建水师多是郑成功旧部，均调往外省垦荒，并将战船悉数焚烧，攻台计划尽遭破坏。由此可见，鳌拜擅权多行谬政。
姚启圣，字熙之，一字忧庵，原为浙江会稽人，后随族人籍隶汉军镶红旗。康熙二年中举，授广东香山知县，不久因事革职。平定吴三桂之乱期间，他投效康王帐下，屡献奇谋，很得康王赏识，由代理知县累升至布政使。康熙十七年（1678年），郑经骚扰福建，派悍将刘国轩登陆，连败清军，进围海澄。福建总督郎廷相，提督段应举束手无策，被朝廷革职。由康王举荐，姚启圣升任福建总督，又撤换了其他几位重要官员。
姚启圣采用黄道人的建议，在漳州设修来馆，大力招抚郑经手下官兵，高官厚禄，收买人心，同时将招抚情况公布于众，并不限制投诚官兵往来。有人领了赏银又回到海上，因此消息四处传播，引起郑军矛盾重重，相互猜疑。结果，郑经五镇大将各率所部官兵来降，到第二年，投诚官兵已达13万人。康熙帝对于姚启圣的招降工作十分满意，亲降玺书褒奖，高兴地对大臣们说： “闽督今得人，贼且平矣!”授予姚启圣兵部尚书衔，对黄道人也大加赞赏，优叙黄道人军功，特旨以佥事道任用，后授为直隶霸昌道。
康熙二十年（1681年）正月，郑经病逝，姚启圣收到台湾密报，立即上疏朝廷，建议趁机攻取台湾。康熙帝召集大学士会议，商议攻剿台湾方略。许多人不赞成以武力攻取台湾，认为海上风涛莫测，没有把握。福建最高军事长官镶黄旗满洲都统宁海将军喇哈达，也是反对者之一，连万正色也上奏说： “台湾断不可取。”
赞成以武力攻取台湾的有内阁学士李光地、福建总督姚启圣和福建巡抚吴兴祚等人。李光地是福建安溪人，这些人代表了闽浙沿海地方利益集团。反映了沿海地区人民要求安居乐业的迫切心情。台湾问题最终仍需武力解决，台湾不剿平，东南沿海就不能安定。有人认为，李光地看出康熙帝已决意取台湾，所以逢迎皇上。自古以来“逢迎”都是大臣邀宠的手段，李光地似乎不是这种人，因为康熙帝并不是顺我者昌、逆我者亡的暴君。
施琅与姚启圣在利用风向问题上产生了分歧，因此出师时间迟迟不定。康熙帝召集朝中大臣议事，都认为师期不宜屡变，应限期于夏至以后进取台湾。康熙帝十分开明，对于进兵日期并不作硬性规定，他说： “此事关系重大，施琅身在地方，必然会根据具体情况作出作战计划。”
施琅主张先打澎湖，因为据守澎湖的是郑军主力。他说： “郑军以刘国轩最为骁勇，如果打败刘国轩，台湾可不战而下。”姚启圣主张，他与施琅各率一支船队，同时进取台、澎。这样势必分散兵力。姚启圣虽然颇有才略，但是指挥打仗还是外行，有抢功之嫌。施琅反对两路出击，因为即使集中兵力也未必取胜，何况分散兵力，两路出击?而且这也是不必要的，他正确地估计到，打败刘国轩，台湾可不战而下。两路同时进兵，万一有一路打了败仗，就会影响另一路，使整个战役受挫，那时候，朝廷就要治他的罪了。施琅再上《决计功剿疏》，恳请皇上授以专征之权。他表示： “如果皇上信任臣的愚忠，独任臣讨贼，令督抚二臣催办粮饷接应，使臣整训官兵，不限日期，只要风利可行，臣即督师勇进，一鼓荡平台湾。如若失败，请治臣之罪。”
康熙帝又一次召集群臣商讨。大学士明珠说： “若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往则未免彼此掣肘，诸多不便，所以不必命姚启圣同往，着施琅一人进军，似乎可行。”明珠是首辅大臣，于是众臣们都表示赞成。康熙帝经过反复考虑，认为大臣们的意见很好，就同意由施琅自行进剿。康熙帝能完全信任叛将施琅，可见他既善于识人，也能用人不疑。
康熙二十二年（1682年）五月，康熙帝见招抚无效，下令进兵。经过两次激战，郑军主力几乎全军覆没，清军也伤亡数千人，总兵朱天贵阵亡。刘国轩率残兵败将退回台湾，澎湖守军随即投降。康熙帝接到澎湖大捷的战报，非常高兴，立即命令将这个胜利消息，传达给各级官员，并特派一名侍卫赴福建，慰问全部官兵。时恰逢中秋夜，皇上衣锦袍，登楼宴赏，看月宫景物，闻捷报大喜，即脱锦袍赐施琅。又自作一诗，写一手卷，并赐之。
台湾既平，论功行赏独不及蓝理，当时蓝理死战，身被七伤，大肠已流出，裹伤复战。而叙功时，施琅却将蓝理名字删去，因为蓝理刚猛，不肯屈意事人，施琅忌恨他这一点，遂落其名。后来李光地在皇帝面前赞扬蓝理，康熙帝乃接见蓝理并亲自查看他的伤口，既是关心蓝理伤口是否痊愈，也是察臣工是否欺君，并手书“所向无敌”横幅赐蓝理。
这时，姚启圣主张，乘胜直捣台湾。有人主张应诛杀郑军残余，其子女没入军中为奴，以血前恨。黄性震密请保全之，使数万人得以存活。施琅则表示，为国为民不必计较仇怨，只求郑军能不战而降最好。他优待俘虏之后，将他们放回，令其规劝台湾军民来降。被俘郑军感恩不尽，一时台湾军民人心思归。郑军主力既已大部覆没，台湾已是囊中之物，就不必过于着急拿下台湾，其用意无非是少杀伤而多保全。中国人的哲学中有“天时、地利、人和”的观念，战争中的“人和”表现在哪里?就是“网开一面”，不搞“斩尽杀绝”，消灭敌人不是战争的真正目的，只是手段，当可以不杀伤而达到目的时候，又何必再制造伤亡呢?武将不嗜杀，不邀功，才是真智慧，才是真将才。还有一点，那就是中国人的乡土观念也很强，姚启圣是江浙人，对于福建人的伤亡不太介意，而施琅是福建人，战场上拼死搏杀的双方大多为福建人，施琅不忍见到家乡子弟过多的死伤，所以力主招抚，能为家乡父老做一些善事岂不更好?虽然，当初他是坚决主张以武力功剿台湾的。招抚不行当然要用武，可以招抚时，又何必用武呢?当时有人说，施琅回台湾“必报父仇”，施琅则明确表示“断不报仇”。
康熙帝下诏设台湾府。姚启圣推荐蒋毓英担任第一任知府。蒋毓英在任内颇有政绩，使台湾的经济、文化得到发展，其政治地位更加重要。蒋毓英三年任满，升按察副使，专门负责管理台湾府事，等于连任三年，他还主持了第一部《台湾府志》的起草工作。
姚启圣、施琅、蒋毓英等人，为台湾的统一和繁荣做出了重大贡献。多年以后，康熙帝仍然念念不忘他们的功绩。 而康熙帝的知人善任，从善如流，也是使他们能够施展才能的一个重要条件。明君贤臣，共同以国事为重， 通力协作，上下同心，军事和招抚手段并用，终使台湾回归祖国，完成了统一大业。先是平定“吴三桂之乱”，后是统一台湾。在这两次战争中，康熙帝放手重用汉将，才取得了战争的胜利。康熙帝的开明大度真是清取天下的运气。
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