明代五軍都督府，創設於元至正二十一年（1361年），起初為大都督府，至洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“權不專於一司，事不留於壅蔽。” 為由將大都督府一分為五，自此之後成為定製直到明亡。明末時期的大都督府是明朝中軍都督府、左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府五都督府的總稱﹐統領全國軍隊的最高軍事機構。
朱元璋初置統軍大元帥府，後改為樞密院，又改之為大都督府，節制中外諸軍事。從其職能上看，由最初的掌天下兵馬大權，主導國家軍事建設的實權機構逐漸虛有其名；從任職人員上看，由功勳宿將位列其中，到掌府官員尸位素餐；從其與兵部的關係看，由以都督府為主，到兩者之間相互牽制，再到兵部凌駕於五府之上成為國家軍事的最高管理機構。
為什麼朱元璋要設立五軍都督府這一行政機構。首先，行樞密院改製為大都督府，是朱元璋自身勢力發展的結果。在至正十九年（1359年），朱元璋被小明王韓林兒升為江南等處行中書省左丞相時，已經佔領了現在的江蘇南京、太湖以西，往南經江蘇、安徽、浙江三省交界處，到浙東的一塊長方形地區。到至正二十一年（1361年），被封為吳國公時，又已佔領袁州、建昌、南康、撫州等九個州府。隨著自身勢力的發展，已經為朱元璋進一步加強政權建設打下基礎。而當時西有陳友諒、東有張士誠、南有方國珍，北方元政府勢力依然強大。所以政權的主要任務依然以軍事鬥爭為主，故而對於如何將自身軍事力量加以整合，成為朱元璋所面臨的當務之急。這成為此次軍事機構改制的重要背景。
其次，由行樞密院到大都督府的這一變化，朱元璋最主要的目的在於通過這種改制，來達到對軍權更為有效的控制。一方面是，對邵榮等在朱元璋集團內部具有一定離心力的領軍將領加強控制。《明史·常遇春傳》載“先是，太祖所任將帥最著者，平章邵榮、右丞徐達與遇春為三。” 而且其後來出任樞密院最高長官一樞密院同知，地位高於其他主要將領，但其本身並非朱元璋的嫡系。 至正二十一年（1361年）改制之後，原先任職於樞密院的將領並未隨之轉入大都督府，而是陸續調入朱元璋直接掌握的中書省，“以樞密院同知邵榮為中書省平章政事，同僉常遇春為參知政事。” 徐達也由樞密院轉為中書省右丞。雖然就改制的結果看，邵榮仍為除朱元璋以外諸將中地位最高者，卻從相對獨立的樞密院改為直接隸屬於朱元璋的中書省，受到朱元璋的種種牽制，併成為之後“邵榮謀叛”的誘因。 但反觀朱元璋方面，通過改制之後的人事調動，進一步加強了對掌軍將領控制，此當為大都督府設立的主要目的之一。另一方面，對朱文正的任職，來為之後的政權建設打下基礎。朱元瑋以自己的侄兒朱文正擔任大都督府大都督，其最直接的目的，便是通過扶持朱文正，來確保軍權的掌控。這種計劃帶有長期性，因為從改制的人事調動來看，朱元璋首先是將諸將納入自己的直接掌握的中書省內，但中書省這種軍政合一的領導體制，只是為了適應戰時的需求，一定程度上來說是權宜之計，並不適合於將來的政權建設。而朱文正任職大都督府大都督，就可以確保之後中書省軍政分離，軍權繼續能夠掌握在朱元璋手中。
所以，大都督府的設立，朱元障一是通過改制來進行人事調動，以加強對領軍將領的控制。二是，命朱文正為大都督，為將來中書省軍政分離之後，對於軍權能夠對繼續掌控打下基礎。洪武十三年(1380)以大都督府權力太大﹐在廢丞相制的同時，為防止軍權的過分集中，也廢大都督府，改為中、左、右、前、後五軍都督府，分別管理京師及各地衛所。五軍都督府各設左、右都督，正一品；都督同知，從一品；都督僉事，正二品。以中軍都督府斷事官為五軍斷事官。
洪武十五年（1382年），置五軍十衛參軍府，設左、右參軍。洪武十七年（公元1384年），五軍各設左、右斷事2人，提控案牘1人，並從九品。
洪武二十三年（1390年），升五軍斷事官為正五品，總治五軍刑獄。分為五司，每司設稽仁、稽義、稽禮、稽智、稽信5人，均為正七品，各理其軍之刑獄。同時，朱元璋為了防範統軍將領的專權，又規定五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。每逢戰事，由皇帝臨時委派專人擔任總兵官，統率衛所部隊出征，戰事結束，總兵歸還將印，軍隊歸還衛所。
永樂元年(1403)﹐建留守行後軍都督府於北京﹐後仍分五府﹐稱“行在”中﹑左﹑右﹑前﹑後都督府。十八年﹐定都北京﹐除“行在”二字﹐洪熙元年(1425)﹐複稱“行在”。
宣德三年(1428)﹐革“行在”都督府。正統六年(1442)﹐復建五府﹐無“行在”字。各都督府設左右都督(正一品)。都督同知(從一品)﹑都督僉事(正二品)﹐其屬有經歷司經歷(從五品)﹑都事(從七品)等。都督初間以公﹑侯﹑伯為之﹐可參與軍國大事﹔後率以公﹑侯﹑伯署府事﹐同知﹑僉事參贊軍事。清 袁賦誠《睢陽尚書袁氏家譜》：“九世樞（袁可立子），由官生初授詹事府錄事，次任南京都督府後軍都事。”
五軍都督府分領在京除親軍指揮使司外的各衛所和在外各都司衛所。凡武職世官﹑流官﹑土官之襲替﹑優養﹑優給等項﹐所屬皆上報於府﹐府再轉送兵部請選。選定後﹐經府下達都司衛所。首領官之選授和給由﹐皆由吏部。其它如武官誥敕﹑水陸步騎之操練﹐軍伍之清勾替補﹐俸糧﹑屯費與屯種之器械﹑舟車﹐軍情聲息﹐邊腹地圖文冊﹑薪炭荊葦諸事﹐移與相關機構會同處理﹐各府只有統兵權﹐調兵之權在兵部﹐每逢戰事發生﹐由皇帝命將為帥﹐調領五軍都督府所轄衛所之兵佩印出徵。軍還即歸印於朝﹐兵回衛所。明中後期五軍都督府失去了參政﹑議政權，由“總內外諸軍事”的中樞機構變成處處受制於兵部的單純執行命令的機構，則是一分為五背後都督府實權削弱殆盡的事實。。
五軍都督府和兵部都聽命於皇帝， 五軍都督府調有統兵權而無調兵權，兵部擁有調兵權而無統兵權。五軍都督府和兵部相互節制互不統屬。
抗倭英雄戚繼光、女帥秦良玉都是明末傑出的五軍都督府左都督。
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