一、传染性疾病
影响繁殖的传染性疾病有猪瘟、猪伪狂犬病、猪繁殖与呼吸综合征、猪细小病毒病、猪乙型脑炎、猪圆环病毒病等病毒性疾病和钩端螺旋体、衣原体、布鲁市菌等细菌性疾病以及附红细胞体、弓形虫等寄生虫性疾病，均会引起母猪流产、产死胎，甚至会造成妊娠期习惯性流产，进而造成母猪异常淘汰，其中影响最大的疾病是猪瘟、猪伪狂犬病等病毒性疾病。繁殖类疾病在异常淘汰中的占比最高，为35.3%。
损伤肢蹄的传染性疫病有猪口蹄疫、水泡病、链球菌病，葡萄球菌病、滑液支原体和猪丹毒等几种，易形成蹄壳受损、跛行、关节肿胀、关节炎等，迫使母猪异常淘汰。
二、物理性损伤
单体限位栏的广泛应用，使母猪自由活动方式和空间严重受限，同时水泥地面常因饮水、返潮、粪尿润湿造成湿滑，易损伤肢蹄，尤其在寒冬因湿冷、母猪四肢伏垫腹下，易致残、致瘫，且难治愈。另外，限位栏设计存在缺陷，下端横杆与地板间距过小，母猪侧卧四肢伸下横杆，受惊时易别伤肢蹄造成损伤甚至骨折。空怀、妊娠母猪采用3-4头小群养模式、高床限位分娩模式，肢体损伤类疾病造成的非正常淘汰比例达22.13%。
分娩产床也是母猪机械性损伤的重灾区，金属漏缝地板间隙条距不合理，母猪躺卧有时乳房被挤进地板缝隙、乳头被夹拉伤,有时趾壳也被夹住别掉。限位栏、产床内母猪后躯易受粪尿污染，因母猪尿路短，饮水量小，尿液冲洗尿路作用减弱，泌尿系统易受感染。限位栏与产床的点对点模式，母猪缺乏运动，长期处于应激状态，糖皮质激素水平高，免疫力下降，体况随之下降，神经一内分泌系统调节能力相对弱化，造成在产仔的时候，母猪产力降低，甚至没有产力，子宫收缩无力，产程增长至3h以上。产程过长、助产不当，母猪体力衰竭或子宫受创或子宫脱垂，造成死亡或淘法。
母猪采用小群饲养，智能化群养系统时，合群打斗，容易造成怀孕母猪流产，智能化群养系统流产率达9.34%，且损伤肢蹄。而过分依赖智能化系统的检测设备，对发情或返情母猪鉴定分离不及时或未分离，发情或返情母猪的爬跨和拱肚行为，会严重影响同栏母猪妊娠早期的妊娠率，以及妊娠后期的分娩率，还会直接导致流产、妊娠终止。而采用动态群养模式则进一步增加合群频次，管理难度远远大于静态群养模式。母猪配种21d内转入智能化群养系统，配种受胎率仅为72.73%。
人为损伤，在转群、人工授精、接产、助产等过程中，操作不规范、方法不正确、工具粗糙、动作粗暴等导致母猪体内外机械性损伤，造成隐性感染、持续感染，严重时丧失生产力使母猪淘汰率攀升。
三、饲养管理不当
1. 配种因素。部分母猪发情症状不明显，无爬跨、静立行为，阴户红肿不明显，黏液较少，外观几乎看不出发情特征，如果配种员责任心不强，操作不够精细，查情不严谨或不运用公猪进行试情，就会漏配，长此以往会造成这类母猪卵巢囊肿，后续情期即便发情也可能不排卵，只能被动淘汰。
2. 防疫免疫因素。母猪群传染性疾病的免疫方式分定期普免和跟胎免疫，往往两种方式一个厂同时采用，有时因母猪返情、流产、早产、内吸、产死胎、仔并窝、久配不孕等异常原因，未能理顺免疫程序，跟胎免疫的疫苗被漏注，造成母猪免疫紊乱而淘汰。
3. 环境变化因素。季节更替，极端气候环境对生产母猪会产生很大影响，夏季、冬季的影响尤为突出，导致最热和最冷月度异常淘汰率最高。夏天炎热，水压较低，鸭嘴式饮水器出水量少且水温过高，导致母猪饮水量不够，易形成热应激、便秘、泌乳减少，致使在每年7.8.9月高温期母猪淘比例最大,月度异常淘汰占甚至11.6%，更甚者肠道损伤、急性死亡；而且高温会致公猪精液质量下降，间接导致与配母猪不易受孕。冬季严寒，猪体表毛细血管收缩，脂质分泌减少，蹄壳变硬变脆，易出现裂缝诱发蹄病，最冷月度淘汰率高达10.70%，甚至高达12.15%。
4、饲料营养因素。哺乳期间饲料中缺乏钙、磷等，导致骨密度降低，母猪易发生病理性骨折。如营养供给不足，母猪动用脂肪储备泌乳，造成体况下降，过度损失体况会导致母猪过瘦(日测情评分低于2分)；初次配种体重较轻，妊娠期过度饲喂。哺乳期失重过多，断奶体况差，断奶后正常发情率低或久配不孕，导致初胎母猪的异常淘率最高，达到21%。饲料霉菌毒素易造成后备母猪难以正常发情和受孕，也容易造成经产母猪繁殖障碍，排卵异常，难以受孕。
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