關於Indel變異,我該往左還是該往右?

options : -o output VCF file [-] -d debug [false] -q do not print options and summary [false] -m warns but does not exit when REF is inconsistent with masked reference sequence for non SNPs. This overides the -n option [false] -n warns but does not exit when REF is inconsistent with reference sequence for non SNPs [false] -f filter expression [] -w window size for local sorting of variants [10000] -I file containing list of intervals [] -i intervals [] -r reference sequence fasta file [] -? displays help

那。。。如果要右移呢?這是一個難得一見的操作,github有一個程序可以用,這裡。

或許你也好奇,既然右移很少見,那麼,為什麼會有HGVS這個例外呢?

我也不知道真正的原因,有一種說法是,搞NGS的人和搞醫學檢測的人對變異的理解有差異,導致各自的處理方式不同,且沒有相互溝通過,等發現差異的時候已經遲了。但我不知道這個說法是否屬實,姑且聽之任之吧。


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