自然山體和水系構成了南京“虎踞龍盤”的山川氣勢，例如從鐘山、九華山、雞鳴山、鼓樓崗、五臺山直到西邊明城牆的自然山脈。南京的山川形勝、河湖水系同古都南京的選址建設密不可分，應將與古都格局密切相關的山脈丘陵、河流湖泊列入保護名錄。
要著眼長遠，全面保護南京市區內城河水系，對於少量目前已不存在的重要古河道，預留未來恢復的可能性；重點保護和再現城南的秦淮河水系、城北的金川河水系、城東的清溪、運瀆，以及前湖、琵琶湖、後湖等。禁止任何建設活動破壞山體綠化，並結合舊城改造，努力顯山露水。
南京的綠化是以樹木為特徵的，很有特點，也是襯托南京歷史文化資源的重要環境。古樹名木是活的文物，每一棵古樹都是一段歷史的見證，其滄桑古樸的形象與氣質尤其符合南京古都的特徵。
建議由市園林部門牽頭，對尚存的古樹名木建立保護檔案，掛牌保護；新的城市建設原則上不得破壞古樹名木及周邊環境（10米範圍內）；如遇不可克服的原因，需調整古樹名木佈局的，應在保證樹木成活的前提下，經市園林部門批准同意。
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