陳寅恪是現在公認的史學大師，甚至稱為“教授中的教授”。余英時在總結陳寅恪一生的學術研究，曾說到他有三個轉變，即從“殊族之文，塞外之史”到“中古以降民族文化史”再到新中國成立後的“心史”。其中第二個轉變，也就是研究“中古以降民族文化史”時期，正是從他到西南聯合大學開始，一直延續到1949年。
為什麼陳寅恪會放棄曾經浸淫幾十年的中外語言比較、佛教史和交通史研究？一個原因是陳寅恪在1938年從香港輾轉來到雲南蒙自西南聯合大學任教時，託運的大量書籍和手稿被人偷走，幾十年的研究心血自此喪失。第二個更深層的原因則是面對中國大片國土淪陷，社會上很多人覺得中國必亡。陳寅恪嘗試從文化和歷史上面尋找中國不會亡的依據，為聯大的學生和世人樹立抗戰到底的決心。
1940年，陳寅恪完成了他的代表作《隋唐制度淵源略論稿》。這本書的出版，一舉奠定了陳寅恪在中古史研究的地位。在該書中，陳寅恪提出了“關隴集團”和“關中文化本位說”。陳寅恪認為，從魏晉南北朝紛亂格局到隋唐大一統時代，決定統一因素的並不是南方的宋、齊、梁、陳等經濟發達的政權，而是處於西北部的，武力和經濟相對落後的西魏—北周政權。陳寅恪在該書中多次提到，經濟和武力是否強大固然重要，但是用文化收攏人心更是關鍵。西魏—北周之所以能夠奪得天下，“除整軍務農、力圖富強等充實物質之政策外，必應別有精神上獨立有自成一系統之文化政策，其作用既能文飾輔助其物質即整軍務農之進行，更可以維繫其關隴轄境以內之胡漢諸族之人心，使其融合成為一家，以關隴地域為本位之堅強團體”。
陳寅恪的理論頗具有時代色彩。其背後的目的，是想以此說明，雖然中國軍隊在抗戰中處於劣勢，但是隻要文化精神不滅，即使中國亡國，也能再次復興。因此，陳寅恪提出了歷史學的重要性：“國可亡，而史不可滅。國亡然能有史，則殷鑑不遠。從善去惡，國可再建。如無史，何所鑑戒？何所取法？華夏民族無從因襲，將不復存在矣。”
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