1911年11月，山西光復。江北提督段祺瑞收到山西都督閻錫山的一封信。該信稱：“嘗聞中原名將，首稱段、黎；今黎已高舉義旗，聲動環球，君胡不自振，以與爭功名於史冊耶？我軍屯次葦澤，願與國人共解時局。此地為淮陰拔趙幟樹漢幟之地，望閣下能一張吾漢幟，而媲美於古英。”山西此時已宣佈起義，並與舉兵反清的北洋第六鎮統制吳祿貞組成燕晉聯軍，擬揮師北上，直搗清廷。段祺瑞收到信後，對送信人說，“可勸伯川（閻錫山）再休胡鬧了。”
這一年的年底，已經遭受兩年冷遇的段祺瑞卻忙碌了起來。
以段換馮保“現狀”
1911年11月17日，段祺瑞接到老上司袁世凱佈置的任務，去前線換掉連打勝仗的馮國璋。
此時，是袁世凱抵京就任清廷內閣總理大臣一職的第4天，就在不久前，新任第一軍軍統的馮國璋率部隊攻陷漢口，給革命軍一個大大的下馬威。而袁世凱卻並不高興，急命段祺瑞撤換馮國璋。
武昌起義爆發時，袁世凱隱退在河南彰德，還處於下野中。看似不問政事的他，實則一直與段祺瑞、馮國璋等舊時愛將聯繫緊密。段祺瑞與袁世凱素來交好，他的續絃張佩蘅是袁世凱的表侄女，由袁世凱夫婦一手帶大。在袁世凱1909年歸隱後，攝政王載灃便尋找各種機會“修理”段祺瑞，將他職務頻繁調動，段氏後來自己說起此段經歷是，“一夜之間連降三級”。
辛亥革命後，袁世凱復出，立即改由馮國璋接替蔭昌到前線打仗，段祺瑞則任第二軍軍統。
但隨著革命形勢的發展，袁世凱與馮國璋的矛盾便公開化了。一方面袁世凱派人暗地裡與南京軍民談判接觸,但馮國璋反對南北議和，甚至以文天祥、史可法自詡。
與此同時，馮國璋在11月27日攻陷漢陽，並向武昌發起炮轟。袁世凱急了，一日連發七封電報給馮國璋，不停暗示馮，“不接指示，不得輕舉妄動”，但馮就是完全不接受暗示。無奈之下，袁世凱奏請清廷下令，召馮國璋回京任禁衛軍總統官，任命段祺瑞同時兼任第一、二兩軍軍統。
段祺瑞到達漢口，立即下令停止炮擊武昌，與起義軍維持現有界限。
第一通電促共和
段祺瑞穩住湖北前線的態勢之後，第一步就是配合袁世凱參與南北議和。
段祺瑞派其第一軍總參贊靳雲鵬與第一軍參議官曾毓雋、總參謀官徐樹錚聯繫，原陸軍小學堂總辦廖宇春得到段祺瑞同意後，和北方紅十字會負責人夏清貽同往上海，與黃興的代表，江蘇民軍總參謀顧忠琛等談判，達成五項協議。明確規定，先推覆清政府者為大總統。此後，廖宇春又北上，從袁世凱長子袁克定口中瞭解到，共和之舉，袁世凱“心中已以為然，特口不能言耳”。
於是，在段祺瑞支持下，靳雲鵬在第一軍廣泛活動，聯絡200多名將校贊成共和。擬定實現共和三策：1、運動親貴，由內廷降旨，自行宣佈共和；2、由各軍隊聯名要求宣佈共和；3、用武力脅迫要求宣佈共和。
為了能讓袁世凱順利擔任大總統，段祺瑞在1912年1月，不斷向清廷施壓，要求清帝退位。1月23日，他向朝廷進言，稱共和思想“頗有勃勃不可遏之勢”但是清廷關於共和的討論，由於宗社黨人的堅決反對而擱置。第一策失敗。1月25日，靳雲鵬密電段祺瑞“內廷降旨，已為親貴所阻，全歸無效，請速謀第二策，聯合各軍，上奏要求，事機緊迫，萬勿延緩。”接到電報後，段祺瑞又致電內閣，稱“昨聞恭王、澤公阻撓共和，多憤憤不平……壓制則立即暴動，敷衍亦必全潰。”
第二天，他聯絡各地提督、都統、統制等清廷將領共計47人，電請明降諭旨，速定共和政體，清帝退位，改建民國。是為段祺瑞辛亥年第一共和通電。儘管為北洋系部分將領的聯名通電，事實上，這份勸退書十分客氣，更多是在說兵力單薄糧草缺乏，儘早退位才是明智之選。
電文發出的同一日，袁世凱、徐世昌、馮國璋和王士珍致電段祺瑞，以“忠君愛國，天下大義。服從命令，軍人大道”，勸告段祺瑞“切勿輕舉妄動，聯奏一層尤不可發”。實際上此電背後的授意者，恰是袁世凱。
3日後，孫中山覆電北洋軍將領，盼能一致贊助共和。
第二通電脅清廷
段祺瑞第一通電後，清廷並未屈從。君憲與共和之議，仍然懸而未決。
眼看第一份電文無效，2月4日，段祺瑞再發一電，稱如果少數王公貴族還不贊成的話，將“率全軍將士進京，與王公陳利害，祖宗神明實式鑑之。”是為段祺瑞第二共和通電。
電文到京後，震動京師。清廷親貴起初認為是偽造，內閣電詢段祺瑞，卻得不到回電，才知確實。經過再三討論，終於決定退位，但卻想盡量拖延時日，希望能有變化。
此時，段祺瑞決定使用第三策，武力脅迫。2月5日，他與第一軍8名協統以上將領聯名電奏“共和國體，原以致君與堯舜，拯民於水火。乃因二三王公迭次阻撓，以致恩旨不頒，萬民受困。”這一通電報猶如炸彈，恭親王溥偉罵道，“本爵因朝廷願讓政權，已署名認可，何竟指為敗類？祺瑞此電，脅迫太甚。”
隨後，段祺瑞把司令部從湖北孝感北撤至河北保定，做出要率軍入京的姿態。他一鼓作氣，於2月9日參與直隸總督張鎮芳領銜的電報，要求宣佈共和。10日在北上途中，於信陽又發一電力催解決。2月11日，隆裕太后再也挨不下去，以宣統皇帝名義下詔退位。
次日，統治中國長達260餘年的清王朝宣告滅亡，北京遍懸五色旗，共慶南北統一，並規定此日為南北統一之紀念日。
3月10日，在段祺瑞的努力下，袁世凱終於在京就任臨時大總統。段祺瑞的下屬曾毓雋後來回憶，袁世凱就任前派了20個人籌備，自己是其中之一，當時袁世凱的親信倪嗣沖對他說，老袁是要登帝位的。曾毓雋便悄悄把消息告訴了段祺瑞，段祺瑞聽聞立即變了臉色，說“我們首先通電請清帝遜位，主張共和，而今天我幫助他，他來稱帝，我成了什麼人？將來果然有這事，我決定反對到底。”
此後，段袁二人也果真因為此事決裂。
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