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在清之前，文武百官有公务需要禀明皇帝时，除了面见直陈之外，还可以写奏疏，称为“题本”。但是由于每日公文数量繁多，单靠皇帝一人之力显然不能全部处理完毕。
于是明代又设内阁，由大学士专门处理题本，先初步拟定对题本的回复再交由皇帝过目批准，至清初亦然。
但是，这一制度的缺陷也很明显：因为题本本身并不保密，这样，涉及到一些机密事务，或者弹劾等敏感问题时，就显得颇不方便，对上书者会造成一些不必要的麻烦。
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此外，由于题本需要经过内阁大学士之手再转交给皇帝，这样皇帝看到的题本其实是经过了内阁的筛选的；如果内阁出现权臣甚至是奸臣的话，就非常容易堵塞言路，蒙蔽天聪，将皇帝控制起来。
基于这一问题，清代皇帝发明了密折制度。所谓密折——也即秘密奏折。从形式上讲，它是将要汇报的事情写在白纸上然后折叠，并加上封套或是匣子，只有皇帝和当事人才有权拆封，这样就有效地避免了泄密。
从渠道上讲，密折并不通过内阁转交，而是直接呈送皇帝御览，待皇帝批复之后，再直接发还给奏事人，这样就杜绝了内阁在其间上下其手瞒天过海的可能性。
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从内容上讲，按照规定，题本中只能汇报公事，而密折的内容则无所不包，从军事政治经济，到老百姓的街谈巷议，都可以写进密折。
用密折奏事并非所有人都能享受这一待遇，需要达到一定品级的官员才有“密折专奏之权”，或者皇帝也会赐予某些低级官员这一权利。
密折制度在顺治年间产生，但极少使用。到康熙时期才开始普及，雍正扩大了密折制度的范围。在康熙时期，仅有百余人有此权力；雍正甫一登基，就赋予各省督抚们密折专奏之权。此外，也有大量的道员、知府、同知乃至副将等中下层官员获得这一权力。
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在雍正年间，有密折专奏之权的官员达到千余人之多，是康熙朝的十倍以上。雍正皇帝对密折的偏好使文武百官也不能不格外重视之。
在雍正的鼓励下，凡是官员认为有参考价值的情况，无论事情是否为职责所在，均要写在密折中上奏。密折，不仅是官员们的一种权力，更成为忠于皇帝的责任和义务。
雍正的密折制度在相当程度上维护了社会的稳定、百姓的安定，同时又使各级官吏惶惶不可终日，不仅严于律己，而且严以待人，在官吏之间造成了紧张气氛。
在康熙末年吏治松弛的大环境下，这是有助于雍正匡正吏治。也正因为如此，它具有一定的时效性。到雍正驾崩，乾隆即位后，就出现了要求废除密折制度的呼声。
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