“百花村”的創立者或許難以想象，這家繼承了兵團人堅韌不拔品格的企業，會由最初的“國營百花村聯合食堂”發展到今天的“兵團第一股”。
1958年，為了穩定隊伍，讓來自天山南北的軍墾戰士都能吃到家鄉菜，更為了滿足當時新疆各族人民日益增長的物質生活需求，兵團領導決定從內地招募一批廚師，在烏魯木齊繁華地段建設一個彙集全國口味的大型專業餐飲機構。
正是因彙集各方美食元素的獨特經營風格，“百花村”的名號很快傳遍大江南北。在那段激情燃燒的歲月裡，這裡平均每天都要接待南來北往的客人3000餘人次，最高峰時超過8000人次，成為新疆餐飲業發展的標杆。
乘著改革開放的春風，踏著時代前進的腳步，百花村人一路兼程，再創輝煌。1982年，9層的百花村飯店大樓在烏魯木齊拔地而起，成為當時首府的一座地標。以此為契機，“百花村”的業務經營範圍也從餐飲服務業擴展到攝影彩擴、商貿、旅館等行業。1985年，兵團又在百花村飯店的基礎上成立了兵團商業貿易發展中心，“百花村”的經營範圍和規模進一步擴大。
然而，隨著時代的發展，當時風光無限的“百花村”一度沉寂下來。
計劃經濟時代那種小、散、弱的運營模式已無法抵禦市場經濟大潮的衝擊。在何去何從的思考中，決策者認識到市場手段是解決企業面臨困境的最佳途徑。正是基於此， “百花村”新的運營思路也逐漸形成：利用股份制改造企業，全面提升“百花村”經營能力。當時，全國的股份制改造尚處於探索階段，新疆還沒有一家國有企業主動提出實行股份制改造。但兵團人以敢為人先的氣魄堅定地邁出了“百花村”股份制改革的步伐。
1992年，兵團決定，對兵團商業貿易發展中心實行股份制改造，以兵團商業貿易發展中心全部經營性資產作為出資組建股份有限公司。
1993年，作為自治區首批股份制改革試點單位，兵團第一家股份制企業——新疆百花村股份有限公司成功組建。
百花村飯店以兵團商業貿易發展中心為主發起人，聯合兵團石油公司、兵團商貿集團公司、芳草湖糖廠、新疆通久經濟發展旅遊總公司和華夏證券有限公司6家發起人籌備成立了新疆百花村股份有限公司。
1996年6月26日，上海證券交易所股票交易大屏幕上，出現了一個新的股票代碼“600721”。這支新股票由新疆百花村股份有限公司發行，其股票簡稱“百花村”。新疆百花村股份有限公司成為兵團第一家、新疆第三家上市公司。
“百花村”的上市，創造了當時中國股票發行的“兩個之最”，即鎖定股票申購資金最高達189.67億元和中籤率最低為0.61%，開創了兵團國有企業進行股份制改造、公開發行股票的先河，標誌著兵團企業要在更廣闊的資本市場和更大的產業空間尋求發展，也是兵團推進特殊體制與市場機制接軌的里程碑。
以上市為契機，1996年12月，新建的百花村大酒店和百花村購物中心開業。此舉扭轉了“百花村”基礎設施陳舊、經營規模小的局面，同時也向社會重塑了“百花村”形象，為烏魯木齊市民提供了一個高水準的消費目的地，進一步鞏固了“百花村”新疆服務業龍頭企業的地位。
1999年，新疆百花村股份有限公司向銀都度假村輸出了酒店管理服務業務，在擴大了“百花村”外界影響的同時也收到了一定的經濟回報。2000年，新疆百花村股份有限公司又轉型高新信息技術產業，於是就有了今天的軟件園、電腦城。
2009年12月8日，百花村國際信息大廈全面竣工並交付使用，百花村大酒店隆重開業，健身中心、會議中心等一批功能性設施先後改造完成，標誌著“百花村”已經進入了一個新的發展階段。“百花村”也由最初的一個食堂，逐漸發展成為以能源、煤化工為主業，以房地產、高新產業、餐飲、信息產業為輔業，協調發展的綜合性集團公司。
幾經興衰沉浮，尤其是“百花村”上市後，走過了一條艱難坎坷的發展道路，在一個個難關面前， “百花村”一次次闖關過坎並一次次成長。
從2000年起，“百花村”通過引進戰略投資者，開始了股權多元化、企業管理體制和經營機制改革的探索，進一步健全完善了現代企業制度，推進產業轉型結構調整、盤活閒置資產、加強企業管理，收到了顯著成效。
2001年2月，經烏魯木齊市人民政府批准，百花村軟件園有限公司成立，填補了新疆信息產業發展的空白。如今百花村軟件園已逐步形成了軟硬件研發、電子信息產品展示及銷售服務一條龍產業鏈，成為全疆信息產業的集聚地和信息企業的“孵化器”。
2006年，“百花村”開始了“保牌生存、主業再造+資產重組+股改”的攻堅戰，主業向能源行業轉型。2007年至2010年，該公司主業由商業轉向煤焦化進行了二次重大資產重組，置入大黃山豫新煤業、鴻基焦化、天然物產公司等煤業及煤焦化企業資產，形成了焦煤採掘—洗選—焦化及化肥為主的完整產業鏈，推動了企業發展。
2012年以來，“百花村”緊抓“一帶一路”建設機遇，充分利用新疆絲綢之路經濟帶核心區區位優勢，將重組方案確定為引入新的戰略合作伙伴與煤炭、煤焦化業務置出結合操作，引入未來發展趨勢較好的醫藥產業標的，為上市公司業績增長注入新動力。
面對主業煤焦化行業持續低迷，業績持續下滑的現狀，2015年7月至2017年8月， “百花村”通過置出虧損嚴重的煤炭、煤焦化資產，置入成長性較好的醫藥研發服務標的企業資產，收購南京華威醫藥公司 100%股權，順利完成重組，主營業務轉型為醫藥研發服務和生物製藥。
2016年6月8日，百花村重大資產重組方案經中國證監會上市公司併購重組審核委員會審核獲有條件通過，標誌著重大資產重組取得成功。
改革開放以來，“百花村”雖幾經風雨，卻不懈探索、勇往直前，時至今日依然如其名般百花吐豔、芬芳醉人。
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