菲律賓地處東南亞地區海上交通線的中心位置，控制蘇拉威西海和巴拉巴克海峽，西鄰中國南海，北鄰香港至蘇瓦的航線，特殊的地理位置使其將控制周邊水域視為國家核心利益。冷戰結束後，菲律賓認為外部的最大安全威脅，不再是周邊國家可能的大規模軍事入侵或東盟國家對海峽、水道、航線控制權的爭奪，而是與中國的南海主權爭端。
2009年2月，菲律賓議會通過了《領海基線法案》，將中國擁有主權的南沙群島部分島礁和中沙群島的黃巖島劃為“菲屬島嶼”。同時，菲律賓政府宣稱將把南海改名為“西菲律賓海”。基於上述國家戰略威脅的判斷和利益訴求，菲律賓大力加強海軍建設，制定相應的海軍戰略和作戰思想。
在黃巖島領土爭議升級的背景下，菲律賓開始實施“重點防禦”戰略，重點防衛首都馬尼拉和與中國南沙群島毗連的西部海域，尤其強調對海洋疆域的防禦與控制。為應對海上突發事件，菲律賓海軍積極推進軍事現代化進程，大力發展海、空協同和機動作戰能力。冷戰結束後，菲律賓海軍的作戰指導思想由近岸防禦發展為近海防禦，並提出“保護海洋國土資源，抵禦外敵入侵，確保海上交通”的海洋戰略。海軍的主要作戰任務是保衛菲律賓眾多島嶼、漫長海岸線和廣闊領海，打擊海盜、毒品走私和恐怖主義，協助政府其他部門保護國家海洋資源和海洋環境，遂行救援、救災行動。
菲律賓海軍的“近海防禦”方法主要有以下三種：本土防禦，在聯合作戰思想的指導下，組織各地海陸空軍部隊，實施三軍協同作戰。外圍偵察監視，利用飛機、水面艦艇和固定偵察系統實施不間斷的偵察，監視對象為各種漁船、海盜船、商業貨輪以及各種飛機，戰時擴大至敵方飛機和艦艇；海上防禦，平時艦艇在偵察機的支援下對捕魚作業區和專屬經濟區進行巡邏，戰時海空力量進行有效協調，快速在各防區對敵海空目標實施打擊。菲律賓作為相對貧窮的國家，沒有大量資金採購新型海軍武器裝備，主戰艦艇大多是美國二戰時期製造的。因此，菲律賓注重從現代戰爭的特點和本國國情出發，通過引進、改裝加強海軍建設。
早在2011年初，阿基諾三世政府就宣佈將添購艦艇，“以加強護衛國家海上資源的實力”，撥款80億比索用於換代菲律賓的海軍裝備，並發表《國情諮文》宣稱將不惜以武力保衛其“南海領土”。2011年3月．菲律賓向美國購買一艘“漢密爾頓”級大型巡邏艦，並通過改裝具備了驅逐艦功能，在海洋主權爭奪中増加了些許發言權。在部隊建設方面，菲律賓海軍於2004年組建特種部隊，由海軍司令管轄，配備巡邏艇和飛機等裝備，主要在沿岸和近海地區活動，目的是加強對爭議島嶼的控制。協同作戰方面，菲律賓海軍從20世紀，90年代開始強調與美國海軍聯合作戰，十分重視登陸、反登陸作戰，並進行了多次針對性演練。在菲美兩國舉行的“肩並肩”年度例行演習中，演練內容設定為針對南海無人島礁或黃巖島的反登陸作戰。此外，菲律賓海軍近年來也加強了同印度尼西亞、馬來西亞、日本、印度、澳大利亞等國海軍的合作，不斷提高多國聯合作戰能力。
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