大蔥根系吸水能力弱，耗水分較少，喜溼怕澇。在生長期間若大水漫灌，容易使大蔥發生漚根，幹尖，黃葉，死苗現象。因此大蔥在生產階段要加強管理，預防大蔥漚根。針對如何預防大蔥漚根進行研究調查，總結出以下防治大蔥漚根的有效措施：
（1）改善土壤透氣性 要及時進行鋤劃，破錶散墒，增加土壤透氣性，促進土壤水分蒸發，減少田間溼度。視土壤含水情況可利用刨、劃、挖的辦法。一般沙土可利用鎬或鋤進行淺鋤或刨的方法，黏土土表因黏度大，不易操作，可用刨叉、挖叉在土表進行劃皮的工作，使土壤水分迅速蒸發，增加土壤透氣性。
（2）降低田間溼度 由於大水澆了兩天，積水時間較長，若還有積水要及時疏通排水渠道，儘快將田間積水排淨。降低田間溼度可用草木灰或細乾土撒於苗田，以降低田間溼度。
（3）穩定地溫，促進壯苗發育，提高抗病能力，提高苗田溫度達20℃以上，並配合噴施新高脂膜800倍液防止病菌侵染，提高植株抗大蔥漚根病的能力，提高光合作用強度，保護禾苗茁壯成長。
（4）育苗畦面要平，嚴防大水漫灌，避免苗床地溫過低或床土過溼。掌握好放風時間及通風量大小。（2）有漚根跡象時，及時鬆土，降低溼度，提高地溫。同時用護樹將軍+根施通膠囊灌根，能誘導病毒集結，供護樹將軍靶向消毒，抑制果樹根部病毒傳導式感染及葉片和果實，保養植株輸導系統健康工作。
（5）早追肥 由於積水的作用，土壤養分大量流失，因而造成大蔥生長脫肥嚴重，植株衰黃，光合作用降低。因此要及時追肥補流散，最好追施碳酸氫銨或尿素，使大蔥儘快得到養分補充，轉為正常生長。
（6）早澆水 如果在鹽鹼地種植，大水澆了兩天後，地表呈油漬狀，假溼不幹，就說明出現了返鹼現象，此時要根據不同情況，即使採取澆水壓鹼，澆水催乾的辦法，澆水後地表很快見幹。
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