一、合理選擇品種：不同微生物產品有不同的功效，畜禽機體內環境的pH值、菌群比例、菌群種類均有不同的需求。在畜禽痊癒後，由於感染不同種類疾病對機體損傷程度以及體內微生物的平衡度也不同，所以使用前要充分了解菌種的功效和種類，使療效達到最佳。
二、保存環境要求：環境中的水分、溫度、溼度以及光照等都能對微生物製劑帶來嚴重的影響，如果在高溫、高溼的環境中很有可能造成微生物製劑的二次發酵，或影響到其代謝產物和營養物質的保存，從而降低微生物的功效。
三、保存時間要求：由於微生態製劑一直都在發生生物性變化，活菌率在保存過程中也會有不同程度的降低，因此，保存時間越短越好。
四、與抗生素謹慎配伍：微生態製劑的療效在於活菌率，而抗生素大都具備廣譜抗菌作用，極易使微生物失去活性，因此在與抗生素同天使用時，最好間隔2個小時以上。 （來源：甘肅農業信息網）
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