明朝時期，蒙古分裂為韃靼和瓦剌兩部。瓦剌分為瓦剌分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四大部，另有輝特等小部，稱為漠西蒙古。所轄地區北至額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游地區，南至天山，東到阿爾泰山和蒙古杭愛山分界線，西包巴爾喀什湖地區。
十七世紀，準噶爾部強大起來，將土爾扈特部向西壓迫，致其與部分杜爾伯特部、和碩特部牧民西遷至伏爾加河下游地區。
這時，輝特部強大起來代替出走的土爾扈特部。漠西蒙古重新洗牌，形成和碩特部、準噶爾部、杜爾伯特部、輝特部四衛拉特，衛拉特盟主長期是和碩特部首領。（和碩特首領氏族是成吉思汗弟弟的後代，因此地位較高，擔任衛拉特盟主。）
1634年，準噶爾部的首領哈喇忽剌去世，其子巴圖爾即位，開始對外對外擴張。
1636年，和碩特首領兼衛拉特盟主固始汗遣使歸順後金。
1637年，和碩特首領兼衛拉特盟主由鄂齊爾圖汗繼任（固始汗大侄子）。
1638年，準噶爾部巴圖爾琿臺吉定都博克塞裡（博克賽爾蒙古自治縣）。
1640年，制定《衛拉特法典》。
1644年，清順治元年，清兵入主中原。
1646年，衛拉特各部（包準噶爾部）首領22人聯名奉表貢，歸順清廷。
1653年，準噶爾巴圖爾琿臺吉去世，其第五子僧格繼承臺吉。
1664年，康熙三年，滿清朝廷消滅南明政權在重慶一帶的最後一支抗清武裝力量——夔東十三家，統一中原。
1670年，僧格被自己的兩個哥哥（車臣和卓特巴巴圖爾）所暗殺，噶爾丹（僧格的同母異父弟）趁機奪得準噶爾部的臺吉位。
1676年，噶爾丹打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗（和碩特部首領），統一了漠西蒙古諸部。
1678年，噶爾丹獲五世達賴喇嘛贈 “噶爾丹博碩克圖汗”稱號，準噶爾汗國正式形成。
1678年，噶爾丹出兵南疆，佔領葉爾羌汗國；同時，又用兵於哈薩克，鞏固在那裡的統治。
1688年，噶爾丹突然率兵越過杭愛山，大舉進攻土謝圖汗，迫使喀爾喀蒙古諸部南遷進入內蒙古，向清帝國投降。
1690年，噶爾丹繼續向喀爾喀蒙古進攻，長驅東進，直取烏珠穆沁，然後撥轉鋒芒，在赤峰附近的烏蘭布通南下。
喀爾喀諸部首領聯名向清廷求救，康熙率領清軍與噶爾丹的準噶爾軍在烏蘭布通交戰，準噶爾軍被裝備有重型火炮的清軍隊打敗。同時，噶爾丹後方發生叛亂，策妄阿拉布坦（僧格長子，按準噶爾法律應為準噶爾部首領合法位繼承人）率軍進攻噶爾丹後方，控制了北到額爾齊斯河上游、東到烏布蘇湖的整個地區，包括吐魯番、庫車等新疆的廣大領土，從背後形成了對噶爾丹根據地科布多的包圍。
1695年，噶爾丹再度進兵喀爾喀，康熙再次親征，經過了極為慘烈的戰爭，噶爾丹的3萬鐵騎難以擊敗康熙的20萬大軍，大敗虧輸。同時，策妄阿拉布坦又奪取了噶爾丹控制下的哈密，切斷了他的迴路。
1697年，在逃亡一年後，3月13日在阿爾泰的阿察阿穆塔臺，噶爾丹服毒自殺。
1698年9月，策妄阿拉布坦遣使清朝，獻上噶爾丹屍體，向清朝臣服。1699年，策妄阿拉布坦正式登上了首領的寶座。
1722年，康熙帝在北郊暢春園病逝，胤禛繼承了皇位，次年改年號雍正。
1727年，策妄阿拉布坦去世，其子噶爾丹策零即位。清廷發軍進攻準噶爾，結果大敗，清軍退出科布多。
策妄阿拉布坦與其兒子噶爾丹策零統治時期（1698年—1745年），是準噶爾汗國的鼎盛階段，管轄包括今新疆、青海、蒙古高原西部、西伯利亞南部以及中亞地區的哈薩克以及烏茲別克等廣大地區，人口達到五百餘萬，擁有三十萬大軍，數次擊敗清朝軍隊，使哈薩克及烏茲別克等中亞王國成為向其領土的組成部分。
1735年，清廷和準噶爾帝國簽訂和約，規定兩大帝國以漠北杭愛山為界，以東屬清，以西屬準噶爾。
1735年，雍正帝去世，弘曆即位，以明年為乾隆元年。
1745年，噶爾丹策零去世，其子策妄多濟那穆扎勒即位，稱為阿佔汗。
由於阿佔汗年少又荒唐不理政務，並且囚禁了替自己管理國家的姐姐鄂蘭巴雅爾，致使姐夫薩英博落克秘密擁立阿佔汗的異母兄喇嘛達爾扎，殺死了阿佔汗，汗國長年陷於內亂。
1753年，猛將策零頓多布之孫達瓦齊即位。
達瓦齊登位後，暴虐混淫，倒行逆施。於盟友阿睦爾撒納大動干戈，阿睦爾撒納戰敗，投向清朝。
1755年春，清朝籌集大軍分南北兩路進攻達瓦齊。達瓦齊軍在清軍和阿布賚軍的東西夾擊下，很快就潰逃瓦解，達瓦齊被俘。
1757年，清朝又平定阿睦爾撒納的叛亂，準噶爾汗國徹底滅亡。
從1690年至1759年，共經歷了70年，兆惠率清軍征服天山南路，至此天山南北盡併入清帝國版圖。
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