在達延汗時代，蒙古本部經過百餘年的分化整合，逐步形成幾大勢力。除汗廷直接控制的部落外，還有永邵布部、鄂爾多斯部、蒙郭勒津部、喀爾喀部、兀良哈部、科爾沁部以及朵顏三衛。經過滿都海徹辰夫人時期的鐵腕執政，永邵布部、鄂爾多斯部、蒙郭勒津部、喀爾喀部、兀良哈部已經相繼歸附汗廷。親政後的達延汗面對的局面相當安定，在最初幾年，他按部就班的用懷柔手段逐步擴大汗廷的實力。
在呼倫貝爾東部和大興安嶺以東的嫩江流域，是成吉思汗二弟哈撒兒後裔所屬的科爾沁部，此時實力雄厚，號稱“二十萬科爾沁”。達延汗對之克盡兄弟之禮，並保證絕不會拆分科爾沁原有部落，也不派汗廷官員管轄，只需他們向可汗效忠即可。科爾沁部首領鄂爾多固海審時度勢，歸附汗廷。而對朵顏三衛，達延汗通過聯姻、結盟和互訪等方式，逐步將他們納入自己的統治之下。
和風細雨，潤物無聲，年輕的達延汗讓蒙古本部的各首領都在名義上服從於汗廷，在表面上做到了政令統一。但這種統一是極不穩定的，各部首領實力雄厚，大汗的政策一旦觸及到了他們的既得利益，便會戰火頻起。親政後第十年，戰亂不可避免的暴發了。
1509年，達延汗任命次子烏魯斯博羅特為右翼濟農，掌管永邵布、蒙郭勒津、鄂爾多斯三部。這一任命使得永邵布部首領亦不剌、鄂爾多斯部首領滿都賚的極為不滿，於是暗中聯絡蒙郭勒津部首領火篩，決定發動叛亂。
鄂爾多斯是成吉思汗陵——“八白室”所在地，烏魯斯博羅特濟農剛一到任，便到八白室拜祭。亦不剌等人趁機在典禮上向濟農的侍從挑釁，雙方發生爭執，遂致毆鬥。烏魯斯博羅特濟農手下大臣巴布岱一時衝動，將亦不剌的手下砍死。一直在等待機會的亦不剌等人立即大呼：“剛來此處便草菅人命，日後還不得將我們斬盡殺絕麼！？”這句話就是信號，一時間，八白室內外伏兵四起。
面對這突然的變故，烏魯斯博羅特濟農的屬下毫無防備，雖拼死保護主人的安全，並奪得馬匹讓濟農逃走，但終於寡不敵眾，烏魯斯博羅特濟農在混亂中被殺。“八白室之變”發生時，達延汗的三子巴爾斯博羅特正在土默特部探親，聞變後趁夜色逃走，一路上以打獵果腹，在飢寒交迫中趕回汗廷，向父親報告了事變經過。
一夜之間，風雲突變，右翼三部叛離，還折了愛子。達延汗勃然大怒，決定親征討伐。鄂爾多斯、永邵布兩部都兵強馬壯，而且還是護衛八白室的“大有福者”。達延汗不得不認真對待，不但讓左翼察哈爾、喀爾喀、兀良哈三部集所有丁壯參戰，還向科爾沁部發出諭旨，要求援助。
科爾沁部首領鄂爾多固海此時已經被達延汗封為“諾顏”，正愁沒有報效的機會，接到諭旨後帶領其子布爾海率主力前來。汗廷所能調集的軍隊幾乎傾巢而出。而在叛亂者一方，亦不剌、滿都賚都是直接置烏魯斯博羅特於死地的禍首，自然沒有退路，集中所有精銳準備迎戰，而蒙郭勒津部的火篩此時看到汗廷來勢兇猛，便玩起了坐山觀虎鬥，不派兵參戰。
天平倒向了汗廷一方。達延汗率大軍到達答闌特里溫之地時，右翼軍隊已經先期抵達，雙方對峙，誰也不先出手。此時，右翼軍隊數量大約有三萬人，而達延汗的部隊則有5到7萬人。右翼軍是背水一戰，生死存亡全繫於此。而汗廷軍則有些七拼八湊，求戰之心不夠熱烈，若是對峙久了，便會士氣低落。為了速戰速決，達延汗派布爾海、巴嘎遜塔布囊和巴爾通三將率小股騎兵為先鋒，衝擊叛軍陣營，誘其出陣。
果然，早已繃足了勁的右翼軍一遭到進攻就如堤壩破口一樣，大軍宣洩而出，以弓形陣向汗廷軍發動猛攻。達延汗用以誘敵的部隊幾乎全軍覆沒，布爾海陣亡，但戰略意圖已經達到，而且讓失去兒子的科爾沁首領鄂爾多固海紅了眼睛，率軍死戰。面對敵軍的弓形陣，達延汗將軍隊編為六十一組，以牛角陣形迎擊。同時，命兀良哈軍單獨列陣，並將自己的大纛矗立於其軍陣當中，誘惑右翼軍隊主攻方向。
亦不剌、滿都賚看到這面大纛，認為達延汗便在兀良哈軍中，指揮其主力向之猛攻。兀良哈軍以一軍之力哪裡抵擋得住，經過激戰後敗退，但右翼軍隊主力亦有相當損失，銳氣已失，人馬俱疲。趁此機會，達延汗高舉起代表可汗的黑色大纛，指揮全軍向右翼軍隊發起猛攻，一舉擊潰其主力。亦不剌、滿都賚率殘部敗走，達延汗緊追不捨，直追到柴達木，將滿都賚斬殺。亦不剌逃到哈密，被白帽回所誘殺。見到亦不剌、滿都賚敗亡，蒙郭勒津部的火篩連忙向大汗表示忠誠。右翼的叛亂平息。
基於對這次叛亂的反思，達延汗決定將本部各部落進行重新劃分，而以自己的兒子為各部之首，避免動亂。在答闌特里溫之戰後不久，達延汗冊封三子巴爾斯博羅特為右翼濟農，統領三部，而以四子阿爾蘇博羅特統領蒙郭勒津部的七個鄂托克，劃為土默特部。
土默特部首領火篩見到大汗要把自己的部落拆分，又用濟農剝奪了自己對部落的治權，這才後悔沒有與亦不剌等人一起反叛。此時雖然孤掌難鳴，但為了權力也不得不鋌而走險，於是發動叛亂。以一部之力起兵，勝算絕少。雖然在圖爾根河(今呼和浩特之大黑河)一戰中，火篩主動出擊，一度使得汗廷的討伐軍陷入混亂，達延汗本人也因乘騎陷入泥濘而狼狽不堪。但最終還是戰敗，火篩被迫投降，不久鬱鬱而終。他的蒙郭勒津最終完全被巴爾斯博羅特濟農統管，成為其世襲部落。
至此，蒙古本部所有不安定因素全部解除，達延汗開始了他一生中最影響後世的業績——分封諸子。
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