1908年，美國西部地區的土地非法銷售激怒了當時在任的總統西奧多·羅斯福，他授權司法部長查爾斯·波拿巴（Charles J. Bonaparte）成立一個小型偵探機構，以此來調查這些罪行。1909年5月，該機構擁有了正式名稱：調查局（The Bureau of Investigation 簡稱BOI）。直到1935年7月1日正式改為美國聯邦調查局（FBI）。
FBI標誌
整個20世紀見證了FBI的成功和失敗、榮譽和非議。在保護了美國國家安全的同時，也開展了許多令人咋舌的行動。
1.派臥底潛入卓別林的電影廠
1917年，俄國蘇維埃武裝起義勝利，國際共產主義運動興起，卓別林因演出針砭時弊的電影而成為美國聯邦調查局的調查對象。1922年，美國聯邦調查局特工混進卓別林的電影廠做臥底，監視他的一言一行。時間不長，便有臥底向局長報告，說那裡都是“高談闊論的布爾什維克”，還有大量“電影界激進分子”，討論的主題是“為工人運動和革命作教育宣傳的電影是何等重要”。當時擔任美國聯邦調查局局長的是伯爾恩斯，接到報告後，他立即讓手下收集整理有關電影界思潮的檔案，羅列電影圈內的激進活動，特別是“如何通過電影作共產主義宣傳”，企圖說明由於“電影宣傳共產主義思想”，會對民眾造成思想影響，必須予以密切監視。
2.企圖驅逐愛因斯坦出境
1933年，猶太裔物理學家愛因斯坦被納粹德國列入暗殺目標，後來得以逃往美國，參與了原子彈的研發。二戰後，美國聯邦調查局開始監視愛因斯坦，對於他贊同共產主義理想，支持民權運動、反戰團體和一些社會主義的主張，特工們感到驚恐不安，他們擔心這樣的知名人物批評美國的政策，會在社會上產生負面影響。美國聯邦調查局為了找到把愛因斯坦驅逐出境的罪證，建立了關於愛因斯坦的詳細的個人文件。文件長達1424頁，上面記錄著美國聯邦調查局對愛因斯坦所作調查的各項內容。
3.開展Cointelpro運動，用性生活錄音要挾馬丁.路德金
20世紀50年代和60年代，美國聯邦調查局進行了頗有爭議的Cointelpro行動。這次行動的內容是調查妨礙美國持不同政見的組織的行動。在調查馬丁時，沒有找到任何犯罪證據，於是FBI記錄了馬丁的“醜事”。再回給馬丁的信中寫道，“你會發現你那下流、汙穢、邪惡和低能的談話被記錄下來了。”“你會發現，你那些下流、汙穢、邪惡的伴侶，不論男女，對你駭人聽聞的變態行為的反應，都已被記錄在案。”“你自己聽聽你是個怎樣骯髒變態的動物。”這只是一個小樣本。”最後，信件敦促馬丁在34天內結束生命，“你只有一條出路，你最好在這些內容曝光前完成此事”，這個期限被認為與馬丁赴瑞典領取諾貝爾獎的日期有關。不過，當這封信抵達馬丁家時，他已出國領獎。信件由馬丁的妻子科雷塔拆閱。當馬丁將此信向自己的朋友展示後，他們都認為這很明顯是FBI的作品，意在逼他自殺。當然，馬丁並沒有自殺，4年後，他在田納西州孟菲斯市被暗殺。
此外，FBI北京辦事處於2002年10月22日成立，其辦公地點設在美國駐華使館，作為FBI第45個海外專員辦事處，北京辦事處有2名特工，負責FBI在中國的事務。
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