历时十多年，波及十八省，轰轰烈烈的太平天国运动曾在江都大地上留下一页。
咸丰三年（1853）二月十三日，太平军占领南京后不久，即派兵渡江北进，兵锋甚锐。二月十四日，太平军至江都，释放了一批为清县衙无端羁押的民众，有个叫王太平的人引导太平军至马桥一带，二月十五日到达丁沟。三月初四至初八，太平军又到湾头、仙女庙、马桥一带，沿途打击了敢于抵抗的清地方武装，同时筹集钱粮，“米载数十艘”。太平军在境内“严禁奸淫，不准吸鸦片水旱烟”。后继续由运河北进高邮，清廷极为震恐，慌忙调集兵力，组建江北大营。四月上旬，清刑部左侍郎、帮办江北大营军务大臣雷以鍼为筹措军饷，镇压太平军，采纳幕僚钱江的建议，在仙女庙设厘金所征收米市厘金，以助军饷（以后各省相继仿行，名目繁多）。并练勇多名，与太平军对垒于“万福桥之东路”。太平军屡窥通、泰、如皋，视江都为其必经之路，在今江都七里的朱家套以东、韩家塘以南一带，曾驻扎屯营一二年。该地一位姓朱的农民在太平军里当兵，并与某王爷过从甚密。到民国年间，人们还见过他家里的太平军服装及王爷的冠服、玉带、大刀等物。宜陵附近的刘家营、赵家营以及韩家塘的“东马厂”、“西马厂”，据传即为昔日太平军的营地和马厩，在这一带农民家里曾发现太平天国的钱币“太平通宝”。邵伯一带的皮草作坊亦为北伐的太平军加工过随身佩备的装水袋。太平军买卖公平，讲求信誉，在当地百姓心中留有良好印象。太平军曾途经双沟乡的星荡村、赵家庄，后清军竟对此地无辜百姓恣意骚扰。当太平军将领再次率众过境，闻知这一情况后，立即派发菜籽，安抚百姓。双沟、丁沟等地村民后来就将开遍菜花之处称为“黄花岭”，以示对太平军的怀念。
其时，太平军与清江北大营争夺的主战场虽说在扬州一带，但在邵伯等地与清军亦有争战。咸丰八年（1858）十月，太平军忠王李秀成率军占领扬州，清军都统德兴阿乘舟狼狈逃进邵伯湖。慑于太平军多次重创江北大营的强大声威，清地方官员在仙女庙等乡镇纷纷办团练，作为对抗太平军的后备兵员。邵伯镇位于京杭大运河的中段，连接南北交通，是兵家必争之地。太平军于咸丰八年九月曾由北路进攻邵伯，十年（1860）四月又由僧道桥偷渡，突袭邵伯。面对太平军的攻势，清军及江都县衙穷于应付，忙得团团转。提督李若珠令副将王万清以水师入邵伯湖堵截，县丞马海曙带兵勇五百及仙女庙团练以济清军。清督办江北团练大臣宴端书于咸丰十年六月特设局于邵伯镇，广征兵员，加强防卫，并以练勇扼守仙女庙，以进一步固守里下河门户。
同治元年（1862），太平军于邵伯湖西厉兵秣马，重振旗鼓，待机歼敌。德兴阿派王万清带队越河进犯，又令总兵黄开榜扼守高邮。其时，北方捻军由淮安西进，有长驱南下之势。晏端书感“南北交警”，慌忙由盐阜赶回邵伯，督乡兵二万余，密布河东岸，巡逻防护，历三昼夜，不敢有半点疏虞。清政府始终视江都的太平军为心腹之患，深恐南北呼应再成燎原之势。同治六年（1867）三月，曾国藩令提督黄翼升以水师二营驻江都三江营，以加强对太平军在江都余部的钳制力量。十二月二十四日，捻军首领遵王赖文光率众由运河西堤向南，经江都双沟乡，驻扎于马家桥一带。二十八日至仙女庙，途经镇西一花粉店时，店内一老一少见到赖文光面皮白皙，颔下有须，穿白袍，骑白马，佩长剑，英姿勃勃。尽管捻军长途跋涉，饥饿疲乏，其首领亦不许部下进店妄取民物。事后老人回忆说：“赖文光不杀老百姓”，“他的部下向老百姓要饭吃，是用金钱与衣服换取的。”捻军深入江都，清军如临大敌。在钞关，汛外委孔昭熊首先前来镇压，结果战败身死。清廷后又调兵遣将，围追堵截。邵伯镇防军候补道关毓兰、提督张元龙、总兵陈东友分路向捻军猛扑，必欲除之而后已。捻军终因寡不敌众，陷入清军重重包围之中。赖文光率众撤至瓦窑铺，后被俘，英勇就义。在江都大地上的太平天国运动至此降下了历史的帷幕。（江玉春）
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