關於載灃攝政不久，就下諭罷免袁世凱，其原因有各種記載見諸於野史、筆記、研究文章中。
說法之一，是載灃為完成胞兄載湉之遺囑，除袁世凱為其報戊戌之遺恨。至於光緒是以何種形式囑託於載灃，說法亦各異。有云光緒臨終拉著載灃的手，叫他殺袁世凱；有云光緒遺孀隆裕在光緒故後，在其硯臺盒內，發現了光緒親用硃筆所寫的“必殺袁世凱”的手諭，隆裕因而面諭載灃，殺袁世凱報仇。這些傳聞沒有切實可靠的證據，不能說其無，也不能肯定必有。
其實不單載灃想奉旨殺袁，想殺袁而後快的朝中權貴大有人在！比如載澤，倒未必有什麼世仇未報，主要是袁世凱的軍權在握，實在令人眼熱，往國家意義上來說，這是不穩定因素，按個人因素來說，誰都想控制軍政大權，最最重要的是-袁世凱是個漢人。
袁世凱是在戊戌政變中出賣維新派起家的漢族官僚，他手握重權、掌管新軍，北京周圍新建的陸軍一共六鎮，其中五鎮是袁世凱的部隊。東三省、直隸、山東的巡撫、總督大多是袁世凱的心腹親信。他控制著清政府北方的軍政大權，又和慶親王奕劻金錢勾結，因此他早就被皇族少年親貴視為大逆不道。袁世凱一旦亂國不可收拾，而且能鉗制袁世凱的慈禧太后已死，兵權在握的袁世凱是小皇帝溥儀的極大威脅。更有甚者密告載灃，袁世凱有心擁立隆裕太后垂簾聽政，要把攝政王趕下臺。因此無論從何種角度看，載灃都得除掉袁世凱報兄仇、絕後患。
袁世凱手裡掌握著如此重要的軍事力量，顯然，直接殺袁世凱必然不是最好的選擇，否則很可能會控制不住軍隊。但是，載灃又不得不對付袁世凱，只要將袁世凱壓下去了，那麼他自己的威信便上來了。載灃對付袁世凱，既是為了收權，也是為了立威。
因此，載灃最後選擇罷免袁世凱的官職。袁世凱想了想，也沒有反對載灃的決定，因為他確信即使自己離開臺面，可是在背後，他仍然是北洋新軍的主導者，順便陪載灃玩玩“以退為進”。
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